1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2015. 4. 10. 소외 B와 사이에, 원고 소유의 시흥시 C 목장용지 1,608㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)와 원고가 위 지상에 1997. 9. 1. 신축한 축사 및 퇴비사 588.6㎡(축사 1동 288㎡, 축사 2동 210.6㎡, 퇴비사 90㎡로 이루어져 있다. 이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)를 합계 11억 3,000만 원에, D 제방 101㎡를 1,000만 원에 각 B에게 매도하는 내용의 매매계약을 체결하였는데, 당시 작성된 이 사건 토지 및 건물에 대한 매매계약서(갑 제2호증의 1)의 특약 사항란에는 매매대금 11억 3,000만 원 중 이 사건 토지의 매매대금은 평당 122만 원으로 계산하고, 나머지 매매대금은 이 사건 건물 가격으로 정산한다는 취지로 기재되어 있다.

그 후 원고는 위 각 부동산에 관하여 2015. 5. 11. B 명의로 소유권이전등기를 경료해 주었다.

나. 원고는 2015. 5. 26. 피고에게 위 각 부동산의 양도에 관하여, 구 조세특례제한법(2015. 12. 15. 법률 제13560호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제69조의2 축사용지에 대한 양도소득세 감면규정을 적용하고, 이 사건 토지 및 건물의 양도가액 11억 3,000만 원 중 이 사건 토지 가액을 593,429,730원(위 매매계약서의 특약사항에 따라 평당 122만 원으로 계산한 금액), 이 사건 건물 가액을 536,570,270원으로 각 안분하고, 환산취득가액을 이 사건 토지 38,592,000원, 이 사건 건물 349,102,966원으로 하고, 산출세액 및 감면세액을 164,937,991원으로 하여 양도소득세 예정신고를 하였다.

다. 피고는 2016. 8. 19.부터 같은 해

9. 8.까지 원고에 대한 양도소득세 조사를 실시한 후 ① 원고가 양도 당시 구 조세특례제한법 제69조의2의 감면요

건을 충족하지 않는 것으로 보아 축사용지에 대한 양도소득세 감면을 부인하고, ② 양도차익의 계산에 있어,...