1. 피고는 원고에게 1,094,659,171원 및 이에 대하여 2019. 5. 31.부터 2020. 9. 16.까지는 연 6%의, 그...

1. 기초사실

가. 원고는 토공사 및 주택건설 등을 목적으로 하는 건설회사로서 피고와 사이에 4개 택지개발사업지구(이하 ‘이 사건 각 사업지구’라 한다)의 택지조성공사(이하 ‘이 사건 각 공사’라 한다)에 관하여 아래와 같은 내용의 공사도급계약(이하 ‘이 사건 각 도급계약’이라 한다)을 각 체결하고, 위 공사를 모두 완성하였다.

한편 이 사건 각 공사의 종류는 토공사와 기타공사(도로, 상ㆍ하수도 공사 등, 이하 ‘기반시설공사’라고 한다)로 분류된다.

순번 이 사건 각 사업지구 계약체결일 공사금액(원) 1 B 주택지구 조성공사 2010. 8. 30. 23,346,779,138 2 C 택지개발사업 조성공사 1공구 2007. 12. 7. 28,703,745,000 3 D 택지개발사업 조성공사 1공구 2008. 8. 25. 58,153,687,000 4 E 사업도시 조성공사 2007. 5. 18. 54,014,200,000

나. 이 사건 각 사업지구 중 피고가 유상으로 공급하는 주택건설용지에는 구 주택법(2013. 3. 23. 법률 제11690호로 개정되기 전의 것) 제2조 제3호 소정의 국민주택의 건설을 위하여 공급되는 부분이 포함되어 있었던바, 원고와 피고는 이 사건 각 도급계약에 따른 총 공사비 중 이 사건 각 사업지구의 전체 공사부지 면적에서 국민주택부지 면적이 차지하는 비율을 곱하여 산출된 금액에 대해서는 구 조세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제106조 제1항 제4호 소정의 국민주택 건설용역의 공급가액으로서 부가가치세가 면제되는 것으로 판단하고, 이 부분에 대한 매출세액은 원고에게 납부의무가 없다고 보아 피고가 원고에게 이를 지급하지 않는 대신, 원고가 이 부분에 지출한 재료비 매입세액을 공제 내지 환급받지 못하게 되는 사정을 고려하여 피고가 이를 보전해 주고, 국민주택부지 면적비율을...