1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 서울특별시장은 2004. 11. 20. 낙후된 취락지역을 개발, 정비하여 주거환경을 개선하고 공공임대주택을 건립하여 서민주거생활 안정에 기여할 목적으로, 사업시행자를 서울주택도시공사(구 에스에이치공사, 이하 ‘SH공사’라고 한다)로 지정하여 서울 구로구 천왕동, 오류동 일대 485,076.5㎡를 천왕 도시개발구역으로 지정하고 개발계획을 수립하였다.

나. SH공사는 2007. 2. 8. 천왕지구(이하 ‘이 사건 사업지구’라 한다) 전체 면적에 관하여 도시개발사업의 단지조성공사를 입찰에 부쳤는데, 원고와 율림건설 주식회사가 시공자로 선정되었다.

이에 따라 원고와 율림건설 주식회사는 2007. 4. 11. SH공사와 사이에 이 사건 사업지구 도시개발사업 단지조성공사에 관한 공사도급계약(이하 ‘이 사건 계약’이라 한다)를 체결하였는데, 전체 공사는 토공사, 우수공사, 오수공사, 상수도공사, 포장공사, 구조물공사 및 문화재 시굴조사(이하 ‘이 사건 공사’라 한다) 등으로 구성되어 있었다.

다. 이 사건 사업지구 중 SH공사가 유상으로 공급하는 주택건설용지에는 주택법 제2조 제3호에서 정한 ‘국민주택’의 건설을 위하여 공급되는 부분이 포함되어 있는데, 당초 이 사건 계약에서는 우수공사비, 오수공사비, 상수도공사비, 포장공사비, 구조물공사비, 문화재 시굴조사비는 전부가 부가가치세 과세대상인 것으로 하고, 토공사와 그 부대공사비는 조세특례제한법 제106조에 따라 직접공사비에 전체 공사면적에서 국민주택 부지면적이 차지하는 비율을 곱하여 산출한 금액이 국민주택 건설용역의 공급가액으로서 부가가치세가 면제되고 나머지만 부가가치세의 과세대상인 것으로 하였다.

그러나, 서울특별시는 SH공사가...