**지방법원-2013-구합-9602(2014.05.28)

조심2013중2810(2013.09.04)

중간예납법인세액 계산시 당해연도에 법인세율 인하에 따른 공제감면세액을 재계산하여 이를 법인세 산출세액에서 차감하는 것이 타당함

중간예납법인세액 계산시 당해연도에 법인세율 인하에 따른 공제감면세액을 재계산하여 이를 법인세 산출세액에서 차감하는 것이 타당하므로, 처분청이 2012사업연도 중간예납법인세액을 청구법인이 과소납부하였다고 하여 납부불성실가산세를 포함하여 과세함이 타당함

법인세법 제63조(중간예납)

2014누54402 법인세경정거부처분취소

****물류 주식회사

**세무서장

**지방법원 2014.05.28. 선고 2013구합9602 판결

2014.10.07.

2014.11.11.

1. 제1심 판결을 취소한다.

2. 원고의 청구를 기각한다.

3. 소송총비용은 원고가 부담한다.

1. 청구취지

피고가 2013. 3. 8. 원고에 대하여 한 2012년도 귀속분 중간예납에 대한 가산세

6,639,063원 부과처분을 취소한다는 판결

2. 항소취지

주문과 같은 판결

1. 처분의 경위

가. 원고는 **시 **동 451에서 화물자동차터미널 시설을 운영하는 법인이다.

나. 원고는 2012. 3. 25. 2011 사업연도 법인세를 '산출세액 3,140,927,424원, 최저한

세 적용대상 공제감면세액 1,658,463,712원, 중간예납・원천납부세액 519,319,290원'으로

신고하였다.

다. 원고는 2012. 8. 23. 2012 사업연도 법인세 중간예납 신고시에는, 개정된 구 법

인세법(2013. 1. 1. 법률 제11607호로 개정되기 전의 것, 이하 '개정 법인세법'이라 한

다) 제55조의 법인세율을 적용하여 직전 사업연도 산출세액을 2,857,206,749원으로, 공

제감면세액은 재계산 없이 1,658,463,712원으로 하여 중간예납세액 583,501,580원을 신

고, 납부하였다.

라. 피고는 개정 법인세법의 세율로 직전 사업연도 산출세액을 재계산하여 산출세액

이 변동되는 경우, 개정된 구 조세특례제한법(2011. 5. 19. 법률 제10653호로 개정되기

전의 것, 이하 '개정 조세특례제한법'이라 한다) 부칙 제51조에 따라 중간예납세액 계산시 감면

된 법인세액은 개정 조세특례제한법 제132조 제1항의 규정을 적용하여 재계산하여야 한다고

보아 최저한세 적용대상 공제감면세액을 1,374,743,037원으로 하여, 2013. 3. 8. 원고에

게 납부불성실가산세 6,639,063원을 포함하여 2012 사업연도 법인세 148,499,400원을

경정・고지하였다(이하 위 납부불성실가산세 부과처분을 '이 사건 가산세 처분'이라 한

다).

마. 원고는 이 사건 가산세 처분에 불복하여 2013. 5. 28. 조세심판원에 심판 청구를

하였고, 2013. 9. 4. 기각결정을 받았다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1 내지 3호증(가지번호 포함)의 각 기

재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 가산세 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는, 피고가 이 사건 가산세 처분의 근거로 삼고 있는 개정 조세특례제한법 부칙 제51

조에서 말하는 '제132조 제1항의 개정규정'이란 개정 조세특례제한법 제132조 제1항 중 중소기

업 졸업기업에 대한 최저한세율 변경 부분을 의미하는 것이어서, 법인세율이 변경된

경우에도 최저한세를 재계산해야 한다는 근거가 될 수 없고 이에 따라 공제감면세액도

다시 계산할 수 없으며, 가사 원고의 신고방법이 잘못된 것이라 하더라도 최대한 간편

한 방식으로 중간예납을 할 수 있도록 하려는 제도의 취지나 법인세 중간예납 신고 납

부서 서식 등에 비추어 원고의 잘못된 신고에는 정당한 사유가 있으므로, 피고의 이

가산세 처분은 위법하다고 주장한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 쟁점별 판단

(1) 개정 조세특례제한법 부칙 제51조의 의미

가) 개정 조세특례제한법 제132조 제1항의 내용 및 최저한세액의 계산

개정 조세특례제한법 제132조 제1항은 '법인세액 계산'과 관련하여 개정 조세특례제한법 제132

조 제1항 각호에 규정된 감면 등을 적용받은 후의 세액이 최저한세 과세표준(개정 조

특법 제132조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 손금산입 및 소득공제 등을 하지 아니한

경우의 과세표준)에 최저한 세율을 곱하여 계산한 세액(법인세 최저한세액)에 미달하는

경우 그 미달하는 세액에 상당하는 부분에 대해서는 감면 등을 하지 아니한다는 내용

의 최저한세제도를 규정한다. 이와 같은 개정 조세특례제한법 제132조 제1항은 최저한세율, 감

면대상의 범위 등에 관하여 빈번하게 개정되어 왔는바1), 개정 조세특례제한법 제132조 제1항은

종전 규정에서 중소기업이 중소기업에서 벗어나 중견기업이나 대기업 등에 해당되는

경우 최저한세율 인상에 따라 세부담이 증가하는 것을 완화하기 위해 중소기업에 해당

하지 않게 된 기업의 최저한세율을 단계적으로 인상하는 내용을 추가하였을 뿐, 종전

의 최저한세액 계산방식에 대한 골격 및 내용을 그대로 유지하였다.

한편, 조세특례제한법은 본문이 아닌 부칙에서 중간예납세액 계산시에도 위와

같은 최저한세제도가 적용된다고 규정해왔는바, 개정 조세특례제한법 역시 부칙 제51조에서

2011. 1. 1. 이후 사업연도의 법인세법 제63조 제1항에 따른 중간예납세액을 계산할

때에는 직전 사업연도의 최저한세액은 위 제132조 제1항 개정규정을 적용하여 계산하

1) ① 2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정된 조세특례제한법 제132조 제1항은 최저한세율에 관하여 종전에는 100분의13(과세표준

이 1천억원 이하 부분은 100분의 10, 중소기업의 경우에는 100분의 7)으로 규정하였으나, 이를 100분의 14(과세표준이 100억

원 초과 1천억원 이하 부분은 100분의 11, 과세표준이 100억원 이하 부분은 100분의 10, 중소기업의 경우에는 100분의 7)로

개정하였고, ② 2010. 3. 12. 법률 제10068호로 개정된 조세특례제한법 제132조 제1항은 감면대상에서 제30조(감가상각비의

손금산입특례)에 따라 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금으로 산입하는 연구・인력개발준비금 및 특별감가상각비를 배

제하는 등, 최저한세액의 계산에 관하여 빈번한 개정이 있었다.

고, 이 경우 법인세법 제63조 제1항 제1호에 따른 감면된 법인세액은 개정 조세특례제한법 제

132조 제1항의 개정규정을 적용하여 계산하도록 규정하고 있다(다만 원고는 개정 조특

법 제132조 제1항의 개정과 무관하게 11%의 최저한세율이 적용되어 원고의 2011 사

업연도 최저한세액은 1,482,463,712원이 되므로, 2012 사업연도에 중간예납세액을 계산

함에 있어서 기준이 되는 2011 사업연도 최저한세액은 위 금액과 동일하다).

나) 개정 법인세법에 의한 세액 계산의 기준

개정 법인세법은 구 법인세법(2011. 12. 31. 법률 제11128호로 개정되기 전의

것) 제55조를 개정하면서 과세표준 200억 원 초과구간을 새로이 규정하고, 부칙 제26

조를 통해 2012. 1. 1. 이후 개시하는 사업연도의 중간예납기간에 대한 중간예납세액을

계산할 때 제63조 제1항에 따른 직전 사업연도의 법인세로서 확정된 산출세액은 직전

사업연도의 과세표준금액에 제55조 제1항의 개정규정을 적용하여 계산하도록 규정하였

다. 이로 인해 원고가 2011 사업연도 법인세를 신고할 당시에는 세율 22%(원고의

2011 사업연도 과세표준은 14,386,033,746원이다)를 적용하여 산출세액 3,140,927,424

원을 신고하였으나, 2012 사업연도에 법인세 중간예납을 할 때에는 개정 법인세법 규

정에 따라 동일한 2011 사업연도 과세표준에 대해 세율 20%를 적용하여 산출세액

2,857,206,740원을 기준으로 중간예납세액을 계산하게 된다.

다) 중간예납시 공제감면세액의 산정방식

개정 조세특례제한법에 따른 최저한세액의 변동이 없는 상태에서 개정 법인세법상의

세율이 변경되어[개정 법인세법 이전의 구 법인세법(2011. 12. 31. 법률 제11128호로

개정되기 전의 것) 제55조에 의하더라도 원고의 2012 사업연도 과세표준에 대하여는

세율의 변동이 예정되어 있었으나, 개정 법인세법 부칙 제26조에 따라 중간예납세액의

계산을 위해 2011 사업연도 산출세액을 계산함에 있어서도 개정 법인세법의 세율이

적용되게 되었다] 2012 사업연도의 중간예납세액을 계산함에 있어 2011 사업연도의

산출세액이 감소하게 되었는바, 산출세액의 감소는 필연적으로 공제감면세액(산출세액

- 최저한세액)의 감소를 초래하게 되지만, 위 부칙 제26조에서 산출세액에 대하여만

개정 법인세법 제55조 제1항의 개정규정을 적용하도록 규정하고 있어서, 공제감면세액

에 대하여도 개정된 세율을 적용하여 다시 계산하여야 하는지가 문제되고, 이는 공제

감면세액의 계산 근거가 되는 개정 조세특례제한법 제132조 제1항 및 그 부칙 제51조의 해석

을 통해 판단할 수 있다.

살피건대, 앞서 인정한 사실 및 개정 조세특례제한법 제132조 제1항 및 부칙 제51조의

내용에 비추어 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 개정 조세특례제한법 부칙 제51조의 '제

132조 제1항의 개정규정'을 문언해석상 '개정된 부분'으로 국한하여 해석할 이유는 없

는 점, ② 법인세법에는 중간예납세액을 산정하는 데에 필요한 '감면된 법인세액'의 구

체적 계산방법에 관하여 아무런 규정을 두고 있지 않는 한편, 조세특레제한법에서 감

면된 법인세액의 계산방법을 규정하고 있는바, 개정 조세특례제한법 부칙 제51조 후단은 중간

예납세액과 관련하여 "법인세법 제63조 제1항 제1호에 따른 감면된 법인세액"을 계산

함에 있어 '개정 조세특례제한법 제132조 제1항'을 적용하도록 규정하고 있는 점, ③ 중간예납

세액을 계산할 때 최저한세액의 계산방법을 따로 규정하지 않은 채 중간예납세액의 계

산방법만을 규정하는 입법형식을 취하는 법인세법이 개정 법률의 부칙조항을 통해 중

간예납세액의 계산방법에 대하여만 개정 법인세법상의 세율을 적용하도록 규정하였다

하더라도, 산출세액이 감소함에 따라 필연적으로 감소하게 되는 공제감면세액에도 당

연히 그 적용이 있다고 해석되는 점, ④ 개정 조세특례제한법 제132조 제1항에 의한 공제감면

세액의 계산은 과세표준에 법인세법에서 규정한 '세율'을 곱한 '세액'의 계산을 전제로

하고 있으므로, 법인세법상의 '세율'이 변경된 경우 위 개정 조세특례제한법의 개정규정에 의한

공제감면세액 계산의 전제가 되는 '세액'이 변경될 수 밖에 없는 점 등을 종합하여 보

면, 원고와 같이 개정된 법인세율로 산출세액을 재계산하는 경우에는 개정 조세특례제한법 제

132조 제1항, 부칙 제51조에 따라 개정된 법인세율을 적용한 산출세액에 최저한세액을

공제하여 공제감면세액을 다시 계산하여야 한다.

(2) 원고가 법인세 중간예납의무를 해태한 것에 대하여 정당한 사유가 있는지 여부

세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납

세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고・납세 등 각종 의무를 위반한 경우 법이 정

하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의・과실은 고려되지 아니하

고, 법령의 부지・착오 등은 그 의무의 위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아

니하는바(대법원 2004. 6. 24. 선고 2002두10780 판결, 대법원 2007. 4. 26. 선고 2005

두10545 판결, 대법원 2009. 4. 23. 선고 2007두3107 판결 참조), 앞서 인정한 사실 및

관련 규정에 의해 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 법인세법상의 세율이 변경되어

산출세액이 변경되면 당연히 공제감면세액이 변경되리라는 것은 쉽게 알 수 있는 사실

인 점, ② 비록 개정된 법인세법에서 공제감면세액에 대해 개정된 세율에 따라 계산하

도록 하는 직접적인 규정을 두고 있지 않으나, 공제감면세액의 계산은 그 이전부터 법

인세법에 규정되어 있지 않고, 조세특례제한법에 규정되어 있었던 점, ③ 법인세법 시

행세칙의 서식 제58호 '법인세 중간예납 신고납부계산서'에 기재된 작성방법에 의하더

라도 위 개정 법인세법 및 조세특례제한법 규정들에 따라 충분히 변경된 세율에 따른 공제감면

세액을 계산하여 기재할 수 있다고 보이는 점 등을 위 법리에 비추어 보면, 원고가

2012 사업연도 법인세 중간예납신고에서 직전 사업연도인 2011년에 실제 감면받은 세

액을 적용한 것에 정당한 이유가 있다고 볼 수 없다.

(3) 소결

따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없고, 이 사건 가산세 처분은 정당하다.

3. 결 론

그렇다면 원고의 청구는 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 달리하여

부당하므로 제1심 판결을 취소하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

재판장 판사 곽**

판사 정**

판사 허**