주문
1. 원고의 청구를 모두 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.
이유
1. 처분의 경위
가. 원고는 자신의 비용으로 한국만화영상진흥원 건물(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)을 건축하고, 공유재산 및 물품관리법 제27조에 따라 재단법인 한국만화영상진흥원(이하 ‘이 사건 재단’이라 한다)에 이 사건 건물의 관리를 위탁하였다.
나. 원고는 무상임대의 경우 관련 매입세액이 공제되지 않는 것으로 보아 이 사건 건물 신축비용을 매입세액으로 공제하지 않은 채 2008년 제1기부터 2010년 제1기까지의 부가가치세를 신고납부하였다.
다. 이후 원고는 지방자치단체의 부동산임대업이 부가가치세의 과세사업이므로 관련 매입세액이 공제된다고 보고, 2011. 7. 25. 피고에게 2008년 제1기 부가가치세와 관련하여 매입세액 746,141,727원을 공제하여 경정하여 줄 것을 청구하였으나, 피고는 2011. 10. 21. 위 매입세액은 공익목적으로 발생한 것일 뿐 부동산임대업과는 연관이 없다는 사유로 원고의 경정청구를 거부하였다. 라.
원고는 다시 2011. 10. 25. 2008년 제2기부터 2010년 제1기까지의 부가가치세와 관련하여 이 사건 건물 신축에 든 매입세액 3,291,034,366원을 공제하는 것으로 경정하여 줄 것을 청구하였으나, 피고는 2012. 1. 18. 이 사건 건물의 임대는 피고의 고유목적사업인 만화도시화 사업을 위한 것으로서 과세사업인 부동산임대업으로 분류되지 않는다는 이유로 부가가치세 경정을 거부하였다
(이하 2011. 1. 21.자 부가가치세 경정거부처분과 2012. 1. 18.자 부가가치세 경정거부처분을 통틀어 ‘이 사건 각 처분’이라 한다). [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2호증의 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 이 사건 각 처분의 적법 여부
가. 원고의 주장 1 조세법률주의 위반 다음과 같은 이유로 원고가 이 사건 재단에 이 사건...