1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 건설업을 영위하는 회사로 2012. 1. 20. A, B, C(이하 ‘이 사건 건축주’라 한다)으로부터 서울 동대문구 D 소재 지하 2층, 지상 14층의 E빌딩 신축 공사를 공사대금 25억 6,300만 원으로 정하여 도급받아 위 건 건물을 신축하였다

(단, 건축물 대장에 의하면, 이 사건 건축주는 2011. 4. 13. 건축 허가를 받아 2011. 9. 2. 착공한 것으로 되어 있다). 나.

원고는 피고에게 2012년 2기, 2013년 1기 부가가치세를 자진신고납부할 당시 위 건물 중 7~13층 부분(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)이 조세특례제한법 제106조 제1항 제4호에서 정하는 ‘국민주택’에 해당하여 원고의 이 사건 건물에 관한 건설 용역 제공은 부가가치세 면제 대상이라고 보고 납부세액을 계산하였다.

다. 그러나 피고는 2013. 12. 6. 이 사건 건물은 조세특례제한법 제106조 제1항 제4호에서 정하는 ‘국민주택’에 해당하지 아니하여 원고는 이 사건 건물 건설 용역 제공과관련한 부분의 2012년 2기, 2013년 1기 부가가치세를 납부하여야 하고, 원고가 2013년 1기 부가가치세 신고 당시 제출한 매입세액 8,000,000원 상당의 매입세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당하여 구 부가가치세법(2011. 12. 31. 법률 제11129호로 개정되기 전의 것) 제17조 제2호에 따라 위 매입세액이 공제 대상에서 제외된다고 보아, 원고에 대하여 2012년 2기 부가가치세로 96,510,000원을 경정고지하고, 2013년 1기 부가가치세와 관련하여 원고가 당초 환급신고한 40,340,774원 중 20,438,406원만을 환급하고, 나머지 19,902,368원의 환급을 거부하는 처분을 하였다

이하에서 피고가 2012년 2기 부가가치세 96,510,000원을 경정고지한 부분과 2013년 1기 부가가치세 19,902,368원의 환급거부처분 중 위 매입세액 불공제에 따른...