2004-0296 (2004.11.30)

취득

기각

재인정절차 등이 있음에도 이를 이행하지 않는 이상 부동산을 기업부설연구소로 지정받지 않은 것을 이유로 취득세 등을 추징한 것은 타당함.

지방세법 제282조【기업부설연구소용 부동산에 대한 면제】 / 지방세법 시행령 제228조 【기업부설연구소】

청구인의 심사청구를 기각한다.

1. 원처분의 요지

처분청은 청구인이 ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 건물 622.35㎡ 및 그 부속 토지 329.29㎡(이하 이 사건 부동산 이라 한다)를 1999.1.29. 취득한 후 1999.2.24. 구 지방세법(2000.12.29. 법률 제6312호로 개정되기 이전의 것 이하 같다) 제282조에 의한 기업부설연구소용으로 감면신청을 하고 취득세와 등록세를 면제하였으나, 처분청에서 2003.11.28. 세무조사시 기업부설연구소로 지정받지 않은 채, 2001.10.1. (주)경안에 매각한 사실을 확인하고, 사실상 취득가액(874,890,511원)을 과세표준으로 지방세법 제112조제1항 및 같은 법 제131조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 20,997,370원, 농어촌특별세 3,849,510원, 등록세 31,496,050원, 지방교육세 5,774,270원, 합계 62,117,200원(가산세 포함)을 2004.2.10. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 이 사건 부동산을 취득하기 전에 ○○협회에 회사사정으로 인하여 이 사건 부동산 소재지가 아닌 ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 520-3번지 소재의 부동산으로 기업부설연구소인정서를 1999.1.14. 교부받았고, 그 후 소재지 변경절차를 인지하지 못하여 이 사건 부동산 소재지로 변경하지 못하였으나, 실제적으로는 이 사건 부동산에서 기업부설연구소를 운영하고 있는데도 취득세 등을 추징하는 것은 실질과세의 원칙에 위배되며, 또한 연구소 설치 후 2년 이내에 정당한 사유 없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우에 추징하기로 되어 있으나, 청구인은 연구소를 2년이상 계속 사용하다가 청구인이 지분을 100% 소유한 (주)○○으로 소유권을 이전한 것이므로 추징대상이 아니라고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은 기업부설연구소용으로 취득한 이 사건 부동산의 소재지가 아닌 다른 곳으로 연구소 인정을 받았으나, 실제적으로는 이 사건 부동산을 연구소로 사용하고 있는 경우, 취득세 감면대상이 되는지 여부에 있다 하겠다.

먼저 관계법령의 규정을 살펴보면,구 지방세법(2000.12.29. 법률 제6312호로 개정되기 이전의것. 이하 같다)제282조에서 대통령령이 정하는 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내의 것에 한한다. 이하 이 조에서 같다)에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세 및 종합토지세를 면제하지만, 연구소 설치후 2년 이내에 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 하고 있고, 같은법시행령 제228조에서는 법 제282조에서 "대통령령이 정하는 기업부설연구소"라 함은 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년이내에 기술개발촉진법 제14조의 규정에 의한 기준을 갖춘 연구소로서 과학기술부장관의 인정을 받은 것을 말한다고 하고 있으며, 구 기술개발촉진법시행령(2001. 7. 16. 대통령령 제17305호로 개정되기 전의 것) 제14조제1항에서 법 제8조의3제1항제2호에서 "대통령령이 정하는 기준에 해당하는 기업부설연구소"라 함은 다음 구분에 의한 연구전담요원을 늘 확보하고 독립된 연구시설을 갖춘 기업부설연구기관으로서 총리령으로 정하는 사항을 신고하여 과학기술처장관의 인정을 받은 기관을 말한다고 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 살펴보면, 1999.1.14. ○○협회에 ○○도 ○○시 ○○면 ○○번지상 부동산으로 기업부설연구소인정서를 교부받은 다음 1999.1.29. ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 소재 이 사건 부동산을 취득하자, 1999.2.24. 이를 기업부설연구소용으로 감면 신청하여 취득세 등을 감면받았으나 2003.11.28. 처분청에서 세무조사를 실시한 결과 이 사건 부동산은 기업부설연구소로 인정받지도 않았을 뿐만 아니라 2001.10.1. (주)○○으로 소유권을 이전한 사실을 확인하므로 2004.2.10. 취득세 등을 부과 고지한 사실이 제출된 관계 증빙자료를 통해 알 수 있다.

이에 대하여청구인은 기업부설연구소용으로 취득한 이 사건 부동산의 소재지가 아닌 다른 곳으로 연구소 인정을 받았으나, 실제적으로는 이 사건 부동산을 취득후 2년동안 연구소로 사용하고 있었으므로 비과세하여야 한다고 주장하고 있으므로 이를 보면,구 지방세법제282조에서 기업부설연구소용 부동산을 취득한 후 4년 이내에 기술개발촉진법 제14조의 규정에 의한 기준을 갖춘 연구소로서 과학기술부장관의 인정을 받은 기업부설연구소는 그 취득한 부동산에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제하지만, 연구소 설치후 2년 이내에 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있고, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추 해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것(대법원 1998.3.27. 선고 97누20090 판결)으로서 기업부설연구소용의 부동산에 대하여 세금감면혜택을 받기 위해서 법령상 기업부설연구소로 인정받은 연구소와 실제 부동산 소재지는 일치하여야 할 것인 바, 청구인의 경우 기업부설연구소를 인정받기 위하여 신청한 서류상에도 이 사건 부동산 소재지가 아닌 ○○도 ○○시 ○○면으로 되어 있는 점, ○○협회의 담당부서에서 위 연구소의 소재지가 ○○시 ○○면 임을 확인한 사항 등을 종합하여 볼 때, 1999.1월 청구인이 인정받은 기업부설연구소는 이 사건 부동산의 소재지가 아닌 ○○도 ○○시 ○○면을 소재지로 하고 있음이 명백할뿐더러 2004.11월 현재도 동지역에서 운영되고 있으므로 이 사건 부동산의 경우 법령에서 요구한 감면요건을 결하고 있어 지방세 감면대상으로 보기는 곤란하다 하겠으며, 현지 확인한 바와 같이 이 사건 부동산이 실제적으로 취득후 일정기간동안 기업부설연구소로 제공되었다고 하더라도 이러한 사실만으로는 관할 협회(과학기술부로부터 위임됨)의 인정을 받아야 하는 법령상 감면요건을 충족시키고 있다고 볼 수 없고, 또한 청구인은 이 사건 부동산을 소재지 변경 등 재인정절차를 인지하지 못하여 기업부설연구소로 인정받지 못하였다고 주장하나, 이는 청구인의 내부적 사정에 불과할 뿐 이것으로 감면요건을 갖추지 못한 것을 정당화할 수도 없다하겠으며, 위와 같이 재인정절차 등이 있음에도 이를 이행하지 않는 이상 이에 대한 청구인의 실질과세원칙의 주장도 설득력이 없다 하겠고, 기업부설연구소로 2년 이상 계속 사용한 다음 100% 지분회사인 (주)○○에게 이 사건 부동산을 소유권 이전하였으므로 감면하여야 한다는 주장도 이 사건 부동산을 소재지로 한 기업부설연구소로 인정받지 못하여 감면이유가 되지 않는다고 하겠으므로 처분청이 이 사건 부동산에 기업부설연구소로 지정받지 않는 것을 이유로 취득세 등을 추징한 것은 잘못이 없다고 하겠다. 한편 청구인이 추가로 의견 진술한 내용을 살펴보면, 청구인의 경우는 대법원 판례(대법원 1987.10.28. 선고85누444판결)나 감사원심사청구례(1998.825. 감사원심사결정 제264호)와 동일한 사례라고 주장하나 위 판례 등은 법령상 인정된 기업부설연구소를 오래전부터 가지고 있으면서 행정기관의 토지이용계획이나 연구소환경개선 등의 사유로 다른 지역의 토지를 기업부설연구소용도로 취득 감면받았으나 유예기간이 경과할 때까지 연구시설용으로 허가받은 건축물이 준공되지 않아 기업부설연구소인정제도의 ‘선설립-후신고제’ 원칙상 소재지 변경 등의 재인정절차를 가질 수 없었던 부득이한 사유가 있어서 인용한 것이나 청구인의 경우는 위 판례 등에서와 같은 부득이한 사유를 제시하지 못하면서 등록된 소재지와 다른 지역에 독립된 건물 등 인적·물적 시설을 완비하였음에도 재인정절차를 이행하지 않는 경우이므로 청구인이 인용한 사례와는 다르다 하겠다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2004. 11. 30.

행 정 자 치 부 장 관