주문
1. 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.
이유
1. 처분 경위
가. 원고는 2014. 6. 12. 원고가 2014. 5. 30. 소외 주식회사 B(이하 ‘소외 회사’라고 한다)로부터 전남 C 토지 1,485㎡ 및 위 지상 가동, 나동 건물의 각 100분의 55 지분(이하 ‘이 사건 부동산’이라고 한다)을 962,500,000원에 매수하는 내용의 매매계약을 체결하였다면서 이 사건 부동산의 취득가액을 962,500,000원으로 하여 산출한 취득세 38,500,000원, 농어촌특별세 1,925,000원, 지방교육세 3,850,000원 합계 44,275,000원을 신고납부하였다.
나. 원고는 2014. 6. 17. 이 사건 부동산에 관하여 위 매매를 원인으로 하는 소유권이전등기를 마쳤다.
다. 피고는 소외 회사에 대한 세무조사 과정에서 원고가 2014. 9. 30. 소외 회사의 주주인 D으로부터 소외 회사의 총발행주식 40,000주 중 55%를 매수하여 과점주주가 되었음에도 피고에게 취득세 등을 신고하지 아니한 사실을 알게 되었고, 이에 피고는 2016. 1. 11. 원고에게 과점주주에 대한 취득세 6,197,980원, 농어촌특별세 525,860원 합계 6,723,840원을 부과고지하였다. 라.
소외 회사는 2016. 4. 4. 광주지방법원에 이 사건 부동산에 마쳐진 원고 명의의 소유권이전등기는 착오에 의하여 이루어진 것이므로 말소되어야 한다는 취지로 소유권이전등기 말소를 구하는 소송을 제기하였는데(광주지방법원 2016가단507425), 2016. 7. 5. 위 사건은 무변론으로 원고 승소 판결이 선고되었고 2016. 7. 22. 확정되었다.
마. 원고는 2016. 8. 12. 피고에게 원고가 이 사건 부동산에 관하여 납부한, 위 가.
항 기재 취득세 등의 환급을 구하는 지방세환급 신청을 하였다.
바. 피고는 2016. 8. 17. 원고가 이 사건 부동산을 정상적인 부동산 매매계약에 따라 취득하여 소유권이전등기를 마친 이상 기 납부한 취득세 등을 환급할 이유가 없다는 사유로 위...