1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 과학기술분야 정부출연연구기관 등의 설립운영 및 육성에 관한 법률(이하 ‘과기출연기관법’이라 한다) 제8조 제1항에 따라 방송통신, 미디어, SW콘텐츠, IT분야 등 과학기술분야의 연구를 주된 목적으로 설립된 정부출연연구기관이다.

나. 원고가 수행하는 사업은 연구개발비의 재원 등 사업의 성격에 따라 다음과 같이 구분되는데, 원고는 정부출연사업, 국가연구개발사업 및 수탁연구개발사업을 비수익사업으로, 기술료징수사업을 법인세법 제3조 제3항에 따른 수익사업으로 구분하여 법인세를 신고하여 왔다.

구분 내용 정부출연사업 원고가 정관에 따라 그 설립목적을 달성하기 위하여 정부출연금을 받아 독자적으로 수행하는 연구개발사업 국가연구개발사업 중앙행정기관이 법령에 근거하여 연구개발과제를 특정하여 그 연구개발비의 전부 또는 일부를 출연하거나 공공기금 등으로 지원하는 과학기술 분야의 연구개발사업 수탁연구개발사업 국가가 아닌 민간에서 연구개발과제를 특정하고 그 연구개발비를 부담하는 연구개발사업 기술료징수사업 정부출연사업, 국가연구개발사업, 수탁연구개발사업 등으로부터 발생하는 지식재산권 등 연구개발성과를 실시하고 기술료를 징수하는 사업

다. 원고는 수익사업 및 비수익사업을 수행하면서 각 사업에서 발생하는 손익에 관하여 법인세법 제113조 제1항에 따른 구분경리를 하지 아니하였는데, 연구개발사업을 수행하는 과정에서 취득한 지식재산권 등의 출원등록유지홍보 등에 관련된 비용(이하 ‘이 사건 비용’이라 한다)을 수익사업인 기술료징수사업에서 직접 발생하는 비용이라고 보아 수익사업의 개별손금으로 산입하여 2010년부터 2014년까지의 각...