광주고등법원 2013. 04. 25. 선고 2012누1197 판결

나. 한편， 감사원은 2011. 7. 1. 원고의 발행주식(상법 제370조의 규정에 의한 의결권 없는 주식을 제외한다)의 30% 이상을 보유하고 있는 일본국 법인인 OOOO(OOOO OOOO， 이하 '소외 회사'라고 한다)의 2008년도 자산총액(직전 사업연도 말일 현재 대차대조표에 표시된 자산총액을 말한다)이 0000원 이상이므로， 원고가 조세특례제한법상 중소기업에 해당하지 않음에도 불구하고， 피고가 원고의 중소기업 특별세액감면신청을 부당하게 받아들였다며 피고에게 감면된 세액의 추가징수를 요구하였다.

다. 이에 따라 피고는 원고의 발행주식 중 49%를 보유하고 있는 소외 회사가 2008. 3. 31. 현재 자산총액이 000원(= 자산총액 일본국 법화 000엔 × 2008. 3. 31. 종가 환율 000원/00000엔)에 해당하므로 원고가 조세특례제한법상 중소기업에 해당하지 아니한다는 이유로， 2011. 8. 12. 원고에 대하여 위 공제감면세액 00000원 중 원고가 중소기업에 해당함을 전제로 하는 중소기업 특별세액감면액 00원의 공제를 부인하고， 여기에 가산세 0000원을 더한 0000원을 원고에 대한 2008년분 수시분 법인세로 추가 부과하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2011. 8. 25. 조세심판원에 심판청구를 제기하였 으나， 조세심판원은 2011. 12. 21. 원고의 심판청구를 기각하는 결정을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실， 갑 제1 내지 4호증， 을 제1 내지 5호증의 각 기재(각 가 지번호 포함， 이하 같다)， 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

"(1) 이 사건 처분의 근거가 된 중소기업기본법시행령(2005. 12. 27. 대통령령 제 19189호로 개정된 것， 이하이 사건 개정 시행령'이라 한다) 제3조 제1호 나목의 "법인"， 제2호의 "기업" 및 [별표 2] 제1호의 "기업"이라 함은 국내법인만을 의미하는 것이고 소외 회사를 포함한 외국법인을 의미하는 것으로 볼 수는 없음에도 불구하고， 외국법인인 소외 회사 또한 위 "법인" 또는 "기업"에 해당한다고 본 것은 외국법인의 투자유치 활성화에 역행하는 것으로서 이 사건 개정 시행령의 개정취지에 반한다.",(2) 설령 이 사건 개정 시행령의 투자법인의 범위에 외국법인이 포함된다고 하더라 도， 이 사건 개정 시행령 제3조 제2호의 [별표2] 제1호에 관하여 외국법인의 자산총액을 원화로 환산할 경우에는 직전 사업연도 말일의 종가환율- 또는 직전 사업연도의 평균환율을 적용하여 환산한 금액 중 적은 것을 적용함이 상당한데， 직전 사업연도 말일 현재의 종가 환율로만 환산하여야 한다고 해석하는 것은 그 법적 근거가 없는 것으로 조세법률 주의에 반하고， 법률적으로 허용될 수 없는 유추해석 및 확장해석일 뿐만 아니라， 원고의 법적 안정성이나 예측가능성을 침해하는 것으로서 위법하다.

(3) 설령 소외 회사의 자산총액이 000원을 초과하여 원고가 중소기업에 해당되지 않게 되었다고 하더라도， 이는 이 사건 개정 시행령의 시행으로 인하여 중소기업에 해당하 지 아니하게 된 경우라고 할 것이므로， 부칙 제2항의 경과조치규정에 따라 이 사건 개정 시행령의 시행일로부터 3년이 되는 2008. 12. 27.까지 원고를 중소기업으로 보아야 한다.

(4) 마지막으로， 원고가 중소기업에 해당하지 아니하게 되었다고 하더라도，구 조세특 례제한법시행령(2008. 12. 31 대통령령 제21196호로 개정되기 전의 것) 제2조 제5항에 따 라 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 볼 수 있으므로， 원고가 중소기업 특별세액감면의 대상이 됨은 명백하다고 할 것이어서 결국 이 사건 법인세 부과처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지와 같다.

다. 판단

(1) 외국법인에 대해서는 이 사건 개정 시행령의 적용이 제외되는지 여부

"살피건대， 이 사건 개정 시행령 제3조 제1호 나목， 제2호 및 [별표 2] 제1호는 자산 총액(직전사업연도 말일 현재 대차대조표에 표시된 자산총액을 말한다)이 0000원 이상인 법인이 발행주식(상법 제370조의 규정에 의한 의결권 없는 주식을 제외한다) 총수의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 기업을 중소기업에서 제외하는 것으로 규정하고 있는바，① 종전 중소기업기본법 시행령(2005. 12. 27. 대통령령 제19189호로 개정되기 전의 것，이하구 중소기엽기본법 시행령'이라 한다)에서 투자법인의 범위를 증권거래법 제2조의 규정에 의한 주권상장법인 또는 협회등록법인으로 한정하던 문구가 개정을 거쳐 삭제됨으로써 투자법인의 범위에 대한 제한을 폐지하고，투자법인이 내국법인인 경우뿐만 아니라 외국법인인 경우까지 중소기업 적용배제의 범위를 확대한 것으로 보이는 점，② 중소기업기본법 및 같은 시행령은 중소기업에 대한 창업 촉진， 경영합리화와 기술향상， 판로확보， 기업구조의 전환 및 사업영역의 보호 등의 지원을 제공하기 위하여 중소기업의 범위를 근로자수나 자산총액 등으로 제한하고， 중소기업이 아닌 기업으로부터 투자를 받은 경우 소유와 경영의 실질적인 독립성이 존재할 것을 요구하고 있는데， 중소기업의 소유 및 경영의 실질적 독립 여부를 투자법인의 국적과 상관없이 투자법인의 규모와 지분율로만 판단하는 것이 위와 같은 중소기본기업법 전체의 취지에도 부합하는 것으로 보이는 점，③ 중소기업기본법 및 같은 시행령이 중소기업으로서 보호가치가 있는 기업을 효과적으로 지원하기 위하여 중소기업의 범위를 정하는 이상，굳이 투자법인을 법인세법상 내국법인으로 한정하면서 법인세법상 외국법인을 제외한다고 볼 명문의 근거 또한 없는 점，④ 중소기업을 지원함에 있어서 외국 법인이 투자한 회사를 모두 중소기업으로 우대할 이유는 없다고 보이고， 이는 외국법인이 국내원천소득이 존재하지 아니하여 법인세 납부의무가 존재하지 아니한다거나 국내에서 일체의 영업이나 사업을 하지 않고 영업소나 사업장도 없으며 오로지 투자만 한 외국법인인 경우라고 하더라도 마찬가지일 것인 점，⑤ 2012. 1. 1. 시행된 중소기업기본법 시행령(2012. 1. 25. 대통령령 제23527호로 개정되기 전의 것) 제3조 제2호 나목에서 "외국법인을 포함하되"라는 규정을 삽입하였고， 제7조의2 제3항에서 "제3조 제1항 제2호 나목에 따른 외국법인의 경우 자산총액을 원화로 환산할 경우에는 직전 사업연도 말일 현재의 종가 환율 또는 직전 사업연도의 평균 환율을 적용하여 환산한 금액 중 적은 것으로 한다"는 규정을 도입한 것은 외국법인 또한 투자법인에 포함된다는 것을 확인하면서 그 요건을 상세히 설시한 것으로 보일 뿐이고， 이를 이 사건 개정시행령의 시행 당시 외국법인의 투자유치를 활성화하기 위해서 외국법인에의 적용을 유보하였다가 이후 외국법인에 중소기업이 종속되는 것을 막고 중소기업의 독립성을 보호할 필요가 있다는 반성적 고려에서 위와 같이 시행령을 개정한 것으로 볼 수는 없는 점 등을 고려하면， 이 사건 개정 시행령 제3조 제1호 나목， 제2호 및 [별표 2] 제1호 "법인"에는 내국법인 뿐만 아니라 외국법인까지 포함하는 것으로 해석함이 상당하다. 따라서 이 사건 개정 시행령이 외국법인에는 적용되는 것은 아니라는 취지의 원고 의 주장은 이유 없다",(2) 자산총액을 직전 사업연도 말일 종가 환율로 환산하는 것이 적법한지 여부

살피건대， 이 사건 개정 시행령 제3조 제l호 나목， 제2호， [별표 2] 제1호는 투자법 인의 자산총액이 5천억원 이상인지 여부를 직전 사업연도 말일 현재 대차대조표에 표시된 금액으로 판단하도록 규정하고 있고，외국법인의 경우에 자산총액을 원화로 환산함에 있어 적용할 환율에 대한 명확한 규정이 존재하지 아니하나，① "직전 사업연도 의 말일 현재 대차대조표에 표시된 자산 총액"을 자산총액의 기준으로 정하고 있어 외화 표시 자산의 경우 일정 시점의 환율로 평가하는 것이 부득이한데，직전 사업연도의 말일 현재 대차대조표에 표시된 외화 표시 자산총액을 원화로 환산함에 있어 당해 대차대조표 작성 기준일인 직전 사업연도의 말일 현재의 종가환율을 적용하는 것이 문리 해석상 당연한 것으로 보이는 점，② 이후 중소기업기본법 시행령이 기준환율에 관하여 "직전 사업연도 말일 현재의 종가환율 또는 직전 사업연도의 평균환율을 적용하여 환산한 금액 중 적은 것으로 한다"는 취지로 개정되었다고 하더라도，이를 그 이전에 시행된 이 사건 개정 시행령의 문언을 해석함에 있어서 위 개정 규정을 원용하여 직전 사업연도 말일 현재의 종가환율이 급격하게 변동하는 경우 직전 사업연도의 평균환율을 적용하여 환산한 금액 또한 자본총계로 볼 수 있다고는 해석할 수 없는 점，③ 투자법인의 실질적 자산가치가 변동되지 아니하였음에도 환율의 급격한 변동으로 인하여 투자법인의 자산총계가 수치상 증가함으로써 당해 법인의 중소기업 해당성이 달라지는 결과가 발생한다고 하더라도， 이는 외화 표시 자산의 경우 일정 시점의 환율로 평가함 에 따라 당연히 발생할 수 있는 문제이고， 위와 같은 사정을 이유로 납세의무자가 법률문언과는 달리 자유롭게 기준환율을 선택할 수 있다고 볼 수는 없는 점 등을 고려하면， 외국법인의 자산총액은 직전 사업연도 말일 현재 대차대조표에 표시된 금액을 해당일의 종가 환율로 환산한 금액을 기준으로 판단하여야 하는 것으로 해석된다. 따라서 투자법인의 자산총액을 직전 사업연도 말일 종가 환율로 환산하는 것이 조세법률주의나 유추해석 또는 확장해석 금지의 원칙에 반한다는 점을 전제로 한 원고의 주장 또 한 이유 없다.

(3) 이 사건 개정 시행령 부칙 제2항의 적용 여부

살피건대， 기록에 의하면， 이 사건 개정 시행령의 시행일인 2005. 12. 27. 당시 시행 되던 구 조세특례제한법 시행령(2006. 2. 9. 대통령령 제19329호로 개정되기 전의 것， 이하 같다) 제2조 제l항은 조세특례 등의 대상이 되는 중소기업의 범위에 관하여 규정 하면서 '실질적인 독립성이 중소기업기본법 시행령 제3조 제2호 및 [별표 2]의 규정에 적합할 것'을 요구하고 있었는데， 구 중소기업기본법 시행령 제3조는 '증권거래법 제2조의 규정에 의한 주권상장법인 또는 협회등록법인으로서 자산총액이 0000원 이상인 법인이 발행주식 총수의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 기업이 아닐 것'을 중소기업의 요건으로 규정하고 있어 일본국 법인으로서 증권거래법 제2조의 규정에 의한 주권상장법인 또는 협회등록법인에 해당되지 않았던 소외 회사가 그 발행주식의 30%이상을 보유한 원고는 구 중소기업기본법 시행령 제3조가 정한 중소기업의 요건을 충족하고 있었다가，이 사건 개정 시행령 제3조가 중소기업의 요건을 주권상장법인 또는 협회등록법인인지 여부와는 무관하게 '자산총액(직전 사업연도 말일 현재 대차대조표에 표시된 자산총액을 말한다)이 0000원 이상인 법인이 발행주식 총수의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 기업이 아닐 것'으로 개정된 후 소외 회사의 자산총액이 0000원을 초과하게 됨으로써 일응 이 사건 개정 시행령 제3조의 요건을 충족하지 못하게 되었다는 점은 인정된다. 그런데 이 사건 개정 시행령 부칙 제2항은 '이 영 시행 당시 종전의 규정에 의하여 중소기업에 해당하는 기업이 이 영의 시행으로 인하여 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우에는 그 시행일부터 3년간 그 기업을 중소기업으로 본다'고 규정하고 있으므로， 이 사건 개정 시행령 부칙 제2항이 원고에게도 적용되는지 여부에 관하여 보건대， ① 이 사건 개정 시행령 부칙 제2항이 3년의 유예기간을 부여한 취지는 기존에 중소기업의 요건을 충족하여 기존 법령에 따른 혜택을 누리고 있던 기업이 이 사건 개정 시행령으로 인하여 예상하지 못한 불이익을 입는 것을 방지하기 위한 것인데， 이 사건에서와 같이 소외 회사의 자산총액을 원화로 환산함에 있어서 그 기준이 되는 환율이 급격하게 변동하는 등의 사정으로 일시적으로 중소기업의 요건을 충족하지 못하게 된 것 이라면， 그로 인한 불이익 또한 기업이 예상하지 못한 불이익으로서 이 또한 방지하여 야 할 필요가 있는 점，② 당초 이 사건 개정시행령의 시행 당시 관련 회사가 주권상장법인 또는 협회등록법인이 아닌 법인으로서 그 자산총액이 0000원 이상인 경우라면 당해 회사에 대하여 이 사건 개정 시행령의 적용이 3년간 유예되고 사실상 중소기업의 요건을 갖추지 못하였음에도 중소기업에 대한 조세특례제한법상의 혜택을 부여함에 반하여，이 사건의 경우와 같이 이 사건 개정 시행령 시행일인 2005. 12. 27. 이후 환율 변동 등으로 인하여 관련 회사의 자산 총액이 5，000억 원 이상이 됨으로써 일시적으로 중소기업의 요건을 충족하지 못한 기업에게 이 사건 개정 시행령 부칙의 적용을 배제하게 되면，당해 기업을 중소기업으로 보호할 가치가 더 크다고 할 것임에도 불구하고 중소기업에 대한 혜택을 박탈하는 결과가 되어 국세기본법 제18조 제1항이 규정하고 있는 과세의 형평과 해당 조항의 합목적성에 위배되는 것으로 볼 여지가 있는 점，③ 이 사건 개정 시행령 부칙 제2조의 '이 영의 시행으로 인하여 중소기업에 해 당하지 아니하게 되는 경우'란 위 시행령 시행일인 2005. 12. 27. 이전 중소기업에 해 당하던 기업이 다른 요건의 변동 없이 오직 이 사건 개정 시행령의 시행만으로 중소기업에 해당하지 않게 된 경우뿐만 아니라， 이 사건 개정 시행령의 시행 당시 관련 회사의 자산총액 기준으로 중소기업에 해당하였다가 이후 환율의 급격한 변동으로 관련 회사의 자산 총액이 기준을 초과하게 됨에 따라 이 사건 개정 시행령이 적용됨으로써 중소기업에 해당하지 않게 된 경우까지 포함하는 것으로 해석하는 것이 보다 자연스럽고， 이와 달리 축소 해석해야 할 합리적인 근거가 없는 점(한편， 이 사건 개정 시행령은 중소기업의 요건을 충족하지 아니한 기업에 대하여 중소기업으로 보는 기간은 시행일로부터 3년으로 한정하고 있으므로， 개별 기업의 중소기업 불인정 유예기간이 무제한 적으로 확대된다고 볼 수도 없다)，④ 이후 중소기업기본법 시행령이 급격한 환율변동 으로 인한 문제를 시정하기 위하여 "직전 사업연도 말일 현재의 종가환율 또는 직전 사업연도의 평균환율을 적용하여 환산한 금액 중 적은 것으로 한다"고 개정되었는데，이는 급격한 환율변동으로 인하여 중소기업 해당 여부가 좌우되는 것을 방지할 필요가 있다는 반성적 고려에서 이루어진 것으로 보여 이와 같은 사정을 이 사건 개정 시행령 부칙을 해석함에 있어서도 고려할 필요가 있는 것으로 보이는 점 등을 고려하면， 원고는 이 사건 개정 시행령 시행 당시 종전의 규정에 의하여 중소기업에 해당하던 기업으로서 위 시행령의 시행으로 인하여 중소기엽에 해당하지 아니하게 되었다고 봄이 상당 하므로， 이 사건 개정 시행령 부칙 제2항에 의하여 위 시행령의 시행일인 2005. 12. 27.부터 3년 간 원고를 중소기업으로 보아야 할 것이다. 결국 원고가 중소기업기본법상 중소기업에 해당하지 아니하여 조세특례제한법상의 특별세액 감면대상인 중소기업 이 아님을 전제로 하여 이루어진 피고의 이 사건 처분은 위법하다고 할 것이다. {한편， 원고는 구 조세특례제한법시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21307호로 개정되기 전의 것) 제2조 제5항은 "제1항을 적용할 때 기업이 중소기업기본법 시행령 [별표1]과 [별표2]의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속한 과세연도부터 중소기업으로 보고，중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다" 고 규정하고 있고， 중소기업기본법 시행령 [별표 2]가 이 사건 개정 시행령 제3조('증권 거래법 제2조의 규정에 의한 주권상장법인 또는 협회등록법인'부분의 삭제)로 결국 개정되었기 때문에 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 원고를 중소기업으로 볼 수 있다고 주장하므로 보건대， 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제5항이 적용되기 위해서는 위 시행령의 시행일인 2008. 2. 22. 이후 최초로 중소기업기본법 시행령 [별표 1]과 [별표 2]가 개정된 경우에 해당하여야 하는데， 원고가 주 장하는 중소기업기본법 시행령 [별표 2]의 개정은 2005. 12. 27.에 이루어진 것이 명백 하고 2008. 2. 22. 이후에 위 [별표 2]의 개정으로 원고가 새로이 중소기업에 해당하지 아니하게 되었다고는 볼 수 없으므로 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제5항이 원고의 경우에 적용된다고 볼 수는 없다. 따라서 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제5항이 적용됨을 전제로 한 원고의 이 부분 주장은 이유 없다}

라. 소결론

따라서 원고가 조세특례제한법상의 특별세액 감면대상인 중소기업이 아님을 전제로 하여 이루어진 피고의 이 사건 처분 중 원고의 법인세 과세기간인 사업연도의 초일인 2008. 1. 1부터 이 사건 개정 시행령의 시행일로부터 3년이 경과하는 시점으로서 원고 가 중소기업으로 간주되는 2008. 12. 27.까지의 법인세 추가 부과처분 부분을 취소하여 야 할 것인데， 과세기간 중 일부 기간에 대해서만 특별세액 감면대상에 해당한다는 점 을 이유로 따로 법인세의 과세금액을 산정할 수 있는 자료가 없으므로，이 사건 처분 전부를 취소할 수밖에 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용할 것인바， 제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로， 원고의 항소를 받아들여 이를 취소하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

심급 사건

-광주지방법원 2012.09.13.선고 2012구합1334

광주고등법원 2013.04.25.선고 2012누1197

-대법원 2015.4.23.선고 2013두10458

참조조문