1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

처분의 경위

원고는 2012. 6. 22. 민법 제32조에 의하여 ‘기독교를 통해 사회일반의 정신적 피폐를 극복하고 종교활동을 펼쳐 기독교선교의 발전에 공헌함’을 목적으로 설립된 법인으로, 등기부상 기독교선교, 기독교문화진흥에 관한 지원 및 건의, 기독교 간행물의 발간 및 배포, 위 목적달성에 필요한 부대사업 일체를 사업으로 하고 있다.

원고는 2012. 4. 20. B 주식회사(이하 ‘이 사건 법인’이라 한다)의 전 대표이사 C으로부터 이 사건 법인의 주식 94,500주(지분율 45%)를 출연받았고, 2013. 8. 1. D로부터 이 사건 법인의 주식 2,508주(지분율 1.19%)를, 2014. 12. 30. C으로부터 이 사건 법인의 주식 2,000주(지분율 0.95%, 이하 2012. 4. 20. 및 2013. 8. 1. 취득한 주식을 합하여 ‘이 사건 주식’이라 한다)를 각 액면가액(주당 1만 원)으로 양수하는 계약을 체결하였다.

서인천세무서장(이하 ‘조사청’이라 한다)은 2016. 10. 16.부터 2016. 10. 31.까지 이 사건 법인에 대한 법인통합조사를 실시하여 이 사건 주식 중 이 사건 법인 발행주식 총수의 5%를 초과하는 부분은 증여세 과세가액에 산입하고, 특수관계에 있는 내국법인의 주식에 대한 재산가액의 30% 초과 보유 가산세 및 출연재산명세서 미제출 가산세 등을 부과하여야 한다는 과세자료를 피고에게 통보하였다.

피고는 조사청이 통보한 과세자료에 따라 2016. 12. 6. 원고에게 2012. 4. 20.자 증여분에 대한 2012년 귀속 증여세 694,891,529원(가산세 포함), 2013. 8. 1.자 증여분에 대한 2013년 귀속 증여세 91,111,675원(가산세 포함), 2014. 12. 30.자 증여분에 대한 2014년 귀속 증여세 162,058,124원(가산세 포함) 및 2015년 귀속 증여 가산세 126,323,089원 합계 1,074,384,417원을 결정ㆍ고지하였는데, 그 구체적인 내역은 아래와 같다

이하 '이...