1. 피고가 원고에게 한 별지1 목록기재 ‘처분일’ 및 ‘처분세액’란의 각 법인세 및...

1. 처분의 경위

가. 원고는 한방샴푸 제조ㆍ판매업 등을 하는 회사이고(이하 ’원고 회사‘라고 한다), B는 원고 회사의 대표이사이자 원고 회사 주식의 100%를 가지고 있는 사람으로서, B와 원고 회사는 상호간에 법인세법 소정의 특수관계에 있다.

나. 그런데 원고 회사는 2005. 1. 3.부터 2012. 6. 20.까지 7회에 걸쳐 B와 사이에, 원고 회사가 B 소유의 특허권을 이용하여 제품을 생산ㆍ판매하고 B에게 일정한 특허사용료를 지급하기로 하는 내용의 각 특허권 개발 및 사용료 계약(이하 통틀어 ‘이 사건 각 계약’이라 한다)을 체결한 후, 그에 따라 2005.부터 2012.까지 B에게 특허권 사용료를 지급하였는데, 그 중 2008.부터 2012.까지 지급된 특허권 사용료는 합계 8,994,026,101원(이하 ‘이 사건 사용료’라고 한다)이다.

다. 한편 피고는 2013. 8. 20.부터 같은 해

9. 24.까지 원고 회사에 대하여 세무조사를 실시한 후, B의 특허가 원고 회사의 제품에 실시되지 않았다고 보아 이 사건 사용료를 업무무관비용으로 손금불산입하고, 접대성 경비를 복리후생비로 잘못 계상한 등의 오류가 있다고 보아 이를 손금불산입 등으로 처리하여, 별지1 목록기재 중 ‘처분일’ 및 ‘처분세액’란과 같은 내용의 각 법인세 및 부가가치세 부과처분(이하 위 처분을 모두 합하여 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다. 라.

이에 원고 회사는 2014. 4. 8. 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원은 같은 해

9. 23. ‘이 사건 처분은 이 사건 사용료의 적정범위를 재조사하여 이를 초과하는 부분에 대하여만 업무와 무관한 비용으로 보아 손금불산입하는 것으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.’라는 내용의 결정을 하였다.

마. 위 결정에 따라 피고는, "원고 회사가 B의...