1. 피고가 2017. 6. 7. 원고에게 한 2017년 1월 귀속 원천징수법인세액 451,542,000원에 관한 경정청구...

1. 처분의 경위

가. 원고는 미합중국(이하 ‘미국’이라고 한다)의 법률에 따라 설립된 유한책임회사로서, 2017. 1. 17. 내국법인인 B 주식회사(이하 ‘B’라고 한다)와 사이에, 원고가 B에게 MIMO(Multiple Input Multiple Output, 다중입출력가능 안테나시스템) 관련 특허(이하 ‘이 사건 특허’라고 한다)에 관한 사용권을 부여하고, 그 대가로 미화 260만 달러(이하 ‘이 사건 사용료’라고 한다)를 지급받기로 하는 내용의 계약(이하 ‘이 사건 계약’이라고 한다)을 체결하였다.

나. 원고와 B 사이에 이 사건 계약이 체결될 당시 작성된 특허사용계약서(이하 ‘이 사건 계약서’라고 한다)에는 이 사건 특허에 관하여 ‘별첨A에 명시된 특허 및 그와 관련된 권리를 포함하여 원고가 현재 또는 미래에 소유하거나 지배하는 모든 특허와 특허출원을 의미한다.’고 기재되어 있는데, 별첨A에 기재된 특허는 미국 등 세계 각국에 등록된 12개의 특허로, 그 중 국내에 등록된 특허는 없다.

다. B는 2017. 1. 31. 이 사건 사용료를 원천징수 대상 국내원천소득에 해당하는 것으로 보아, ‘대한민국과 미합중국간의 소득에 관한 조세의 이중과세 회피와 탈세방지 및 국제무역과 투자의 증진을 위한 협약’(이하 ‘한미 조세협약’이라고 한다) 제14조 제1항에 따른 제한세율 15%를 적용하여, 미화 39만 달러에 해당하는 법인세 451,542,000원을 원천징수하여 피고에게 납부하였다. 라.

원고는 2017. 4. 11.경 피고에게 이 사건 사용료는 국내에 등록되지 않은 특허권 사용에 대한 대가일 뿐 원천징수 대상 국내원천소득이 아니므로, B가 이 사건 사용료와 관련하여 원천징수한 세액은 원고에게 모두 환급되어야 한다는 취지로 경정청구를 하였으나, 피고는 2017. 6. 7. '법인세법...