1. 피고가 2016. 1. 22. 원고에게 한 2014년 귀속 법인세 5,911,470,000원에 관한 경정거부처분 중 247...

1. 처분의 경위

가. 원고는 미합중국(이하 ‘미국’이라고 한다)의 네바다주 법률에 따라 설립된 유한책임회사로서, 2014. 3. 7. 내국법인인 B 주식회사(이하 ‘B’라고 한다)와 사이에, 원고가 B에게 AP기술메모리기술 관련 특허(이하 ‘이 사건 특허’라고 한다)에 관한 사용권을 부여하고, 그 대가로 미화 3,800만 달러(이하 ‘이 사건 사용료’라고 한다)를 지급받기로 하는 내용의 계약(이하 ‘이 사건 계약’이라고 한다)을 체결하였다.

나. 원고와 B 사이에 이 사건 계약이 체결될 당시 작성된 특허사용계약서(이하 ‘이 사건 계약서’라고 한다)에는 이 사건 특허에 관하여 ‘별첨A에 기재되거나 명시된 특허를 포함하되, 이에 한정되지 않는다. 별첨B에 기재된 특허 및 그와 관련되거나 그에 따라 발생하는 권리를 의미한다.’고 기재되어 있는데, 별첨A, B에 기재된 특허는 총 167개로, 그 중 미국 등 세계 각국에 등록된 특허는 160개이고, 위 등록된 특허 가운데 국내에 등록된 특허(등록번호가 기재된 것을 말한다)는 7개이다.

다. B는 2014. 4. 18. 이 사건 사용료를 원천징수 대상 국내원천소득에 해당하는 것으로 보아, ‘대한민국과 미합중국간의 소득에 관한 조세의 이중과세 회피와 탈세방지 및 국제무역과 투자의 증진을 위한 협약’(이하 ‘한미 조세협약’이라고 한다) 제14조 제1항에 따른 제한세율 15%를 적용하여, 미화 570만 달러에 해당하는 법인세 5,911,470,000원을 원천징수하여 피고에게 납부하였고, 원고에게는 원천징수세액(주민세 미화 57만 달러 포함)을 제외한 미화 3,173만 달러(= 3,800만 달러 - 570만 달러 - 57만 달러)를 지급하였다. 라.

원고는 2015. 10. 14. 피고에게 이 사건 사용료는 대부분 국내에 등록되지 않은 특허권 사용에 대한...