1. 이 사건 소를 각하한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

처분의 경위

원고는 풍력발전 관련 기술개발업, 도소매업 등을 목적으로 설립된 회사로, 2010. 1. 1. 본사를 서울에서 천안시로 이전하여 조세특례제한법 제63조의2에 따라 법인세를 감면받았다.

피고는, 원고가 자회사인 해외현지법인 중 중국, 베트남 소재 법인 파견자에게 지급한 급여는 업무와 관련 없는 비용이므로 손금에 산입해서는 안 됨에도 이를 산입하고, 조세특례제한법에 따른 지방세 감면비율을 산정할 때 장기출장 중인 인원 및 이들에 대한 급여를 제외해야 함에도 이를 제외하지 않았다는 이유로, 2014. 3. 3. 원고에 대하여 2008년 귀속 법인세 258,708,600원, 2009년 귀속 법인세 326,844,300원, 2010년 귀속 법인세 189,524,190원, 2011년 귀속 법인세 216,679,560원, 2012년 귀속 법인세 321,904,320원의 부과처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.

원고는 이 사건 처분에 불복하여 2014. 5. 31. 조세심판원장에게 심판청구를 하였는데, 조세심판원장은 2015. 7. 27. 파견직원에 대한 인건비 손금불산입 부분에 관해서는 원고의 심판청구를 인용하여 이를 취소하는 결정을 하였으나, 출장직원 관련 감면비율 조정부분에 관해서는 원고의 심판청구를 기각하는 결정을 하였다.

피고는 조세심판원장의 결정에 따라 이 사건 처분 중 2008년 및 2009년 귀속 각 법인세 부과처분을 취소하고 2010년, 2011년, 2012년 각 법인세를 감액경정한 후 세액을 환급함으로써, 이 사건 처분 중에는 2010년 귀속 법인세 106,619,660원, 2011년 귀속 법인세 150,734,080원, 2012년 귀속 법인세 297,780,030원의 부과처분(각 가산세 포함) 부분이 남게 되었다.

한편 대전지방국세청장은 원고에 대한 세무조사를 실시하였고, 피고는 그 결과에 따라 2015. 7. 1. 원고에 대한 2010년 귀속 법인세를 333,693...