원고의 청구를 기각한다.

소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 멀티탭, 스위치, 콘센트 등의 전기배선기구를 제조판매하는 회사이다.

나. B은 원고의 대표이사이자 사내이사이고, C, D은 각 원고의 사내이사이다.

또한 C는 B의 아들이고, D은 B의 동생이다.

다. 원고는 아래와 같이 B, C, D(이하 통칭하는 경우 ‘B 등’이라 한다)으로부터 특허권을 양수하는 내용의 특허권양수도계약(이하 ‘이 사건 양수도계약’이라 한다)을 체결하였다

(이하 순번 제1 내지 6항 기재 특허권을 ‘전체 특허권’이라 하고, 그 중 순번 제2 내지 6항 기재 특허권을 ‘쟁점 특허권’이라 하며, 개별적으로 특정하는 경우 ‘순번0 특허권’이라 한다). 순번 양도인 계약일 양도대상 특허권 양도대금 1 B 2014. 12. 31. E 포함 18개 항목 500,000,000원 2 2015. 2. 27. F 115,000,000원 3 C 2015. 2. 27. G 310,000,000원 4 H 5 D 2015. 4. 22. I 250,000,000원 6 J

라. 원고는 이 사건 양수도계약에 따라 B 등에게 양도대금을 지급하면서, B 등의 소득세를 원천징수하여 납부하였다.

또한 원고는 쟁점 특허권의 감가상각비로 2015년 101,250,250원을, 2016년 135,000,000원을 손금처리하여 법인세 과세표준을 신고하였다.

마. 피고 중부지방국세청장은 2018. 3. 27.부터 2018. 6. 16.까지 원고에 대한 세무조사를 실시하였고, 그 결과 ‘전체 특허권은 원고의 기업부설연구소 등을 통해 직접 연구개발된 것이므로 그 권리가 당초부터 원고에게 귀속된 것인데, B 등의 명의로 등록한 뒤 원고가 다시 그 권리를 취득하는 거래 형식을 취한 것’이라고 판단하였다.

바. 이에 따라 ① 피고 중부지방국세청장은 2018. 8. 1. 원고에 대하여 구 법인세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제106조 제1항 제1호 나.

목에 근거해 전체 특허권 양도대금...