도·소매업에도 외국인투자 감면이 적용되는지 여부

외국인투자기업의 조세감면기준은 외국인투자지역으로 보는 종전의 수출자유지역에서 공장시설을 설치하는 경우라면 조세감면기준을 충족하는지와 무관하게 조세감면 대상에 해당한다고 봄이 타당함.

조세특례제한법시행령 116조의2 조세감면의 기준 등

1. 피고가 2005. 2. 28. 원고에 대하여 2002년도 귀속 법인세 123,682,535원, 2003년도 귀속 법인세 124,276,612원의 감면경정청구를 거부한 처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

주문과 같다.

1. 원고는 ○○ ○○○ 시스템 주식회사가 출자한 외국인 투자기업으로서 ○○자유무역지역 내인 ○○○도 ○○구 ○○동 974-6번지에서 콘트롤, 케이블과 그 조각기 보세가공 및 판매업을 영위하여 왔는바, 원고가 2004. 12. 16. 피고에게 2002년 사업년도(2001. 11. 1. - 2002. 10. 31.)와 2003년 사업년도(2002. 11. 1. - 2003. 10. 30.) 귀속 법인세 과세표준 및 세액을 신고함에 있어 외국인투자기업의 감면대상 사업에 산업자원부 ○○수출자유지역관리소장으로부터 조세감면결정통지를 받은 사업소득인 '콘트롤 케이블용 원·부자재 및 금형, 공구류 등 타사제품 수출업'('이 사건사업'이라고 한다)을 누락하였다는 이유로 외국인 투자감면세액을 재계산하여 2002년 감면세액을 123,682,535원, 2003년 감면세액을 124,276,612원으로 경정하여 달라는 내용의 감액경정청구를 하였음에 대하여, 피고는 2005.2.28. 이 사건 사업은 타인이 생산한 제품을 매입·판매하는 무역업(도·소매업)에 해당하므로 이로 인한 소득은 조세특례제한법 제121조의2에서 정한 감면대상소득에 해당하지 않는다는 이유로 원고의 신청을 거부하는 처분('이 사건 처분'이라고 한다)을 하였다.

2. 살피건대, 관련 법령은 별지와 같은바, ① 외국인투자촉진법 제11조 제1항은 외국인투자기업이 증자하는 경우에 당해 증자분에 대한 조세감면에 대하여는 제9조 및 제10조의 규정을 준용하도록 하는데, 외국인투자촉진법 제9조는 외국인투자지역에 입주하는 외국인투자기업이 영위하는 사업을 영위하기 위한 외국인투자로서 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 외국인투자에 대하여는 법인세·소득세·취득세·등록세 및 재산세를 각각 감면하도록 하고, 외국인투자촉진법 시행령 제9조 제3항은 그 조세감면 기준에 관하여 외국인투자지역 안에서 새로이 공장을 설치하는 것으로 하며, 외국인투자기업이 법인세 등의 감면을 받고자 할 대에는 당해 외국인투자기업의 사업개시일이 속하는 과세연도의 종료일(증자의 경우에는 외국인투자의 신고가 있는 날부터 2년이 되는 날)까지 재정경제부장관에게 감면신청을 하여야 하고, 재정경제부장관은 주무부장관과 협의하여 그 감면 여부를 결정하고 이를 통지하도록 규정하고 있고, ② 외국인투자촉진법이 1999. 5. 24. 개정되어 기존의 외국인투자촉진법에 따른 외국인투자기업의 조세감면에 대한 사항이 조세특례제한법에서 정하는 바에 따르는 것으로 변경되었으며, 그 외국인투자촉진법 부칙 제5조 제1항은 개정되는 조세특례제한법에 의한 조세감면은 이 법 시행 후 최초로 조세감면신청 또는 조세면제신청을 한 것부터 적용하고, 이 법 시행 전에 외국인투자촉진법에 의하여 조세감면결정을 받은 것은 조세특례제한법에 의한 조세감면결정을 받은 것으로 본다고 규정하고 있으며, ③ 조세특례제한법 제121조의4는 외국인투자기업이 증자하는 경우에 당해 증자분에 대한 조세감면에 대하여는 제121조의2 및 제121조의3의 규정을 준용하고, 조세특례제한법 제121조의2는 외국인투자촉진법 제9조와 대동소이한 내용을 규정하면서, 그 조세감면의 기준에 관하여 조세특례제한법 시행령 제3항에서 외국인투자촉진법 제18조 제1항 제2호의 규정에 의한 외국인투자지역 안에서 새로이 시설을 설치하는 것 중 제조업을 영위하기 위하여 새로이 공장시설을 설치하는 경우로서 외국인 투자금액이 미화 5천만 불 이상이어야 한다는 등의 보다 엄격한 기준을 정하고 있는 반면, 제4항은 법률 제5982호 정부조직법 중 개정법률 부칙 제5조 제3항의 규정에 의하여 외국인투자지역으로 보는 종전의 수출자유지역에서 공장시설을 설치하는 경우에는 "제3항의 규정에 불구하고" 조세특례제한법 제121조의2 내지 제121조의7의 규정을 적용하도록 하고 있고, ④ 갑 제1호증의 1, 2, 을 제2호증의 1, 2의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고가 1999. 3. 31. 기존의 제조업 외에 이 사건 사업을 영위하기 위하여 10억 원(＄833,333 상당)을 증자한 다음 2002. 4. 2. 외국인투자법 등 관련 규정에 따라 외국인투자기업의 조세감면에 대한 결정권한을 위임받은 산업자원부 ○○수출자유지역관리소장에게 조세감면신청을 하였음에 대하여, ○○수출자유지역관리소장은 1999. 4. 28. 외국인투자촉진법 제9조와 그 시행령 제10조에 따라 이 사건 사업에 대한 유상증자분이 조세감면의 적용을 받는 사업에 해당한다는 내용의 조세감면 결정통지를 원고에게 하였으며, 원고가 2002. 4. 15. 같은 내용으로 25억 2,000만 원(＄1,938,462 상당)을 유상증자한 다음 2002. 4. 22. 산업자원부 ○○수출자유지역관리소장에게 조세감면신청을 하였음에 대하여, ○○수출자유지역관리소장은 2002. 4. 23. 조세특례제한법 제121조의2 제8항과 제121조의4 제1항에 따라 이 사건 사업에 대한 유상증자분이 조세감면의 적용을 받는 사업에 해당한다는 내용의 조세감면결정 통지를 원고에게 한 사실이 인정되는바, 외국인투자촉진법과 조세특례제한법의 개정내용, 외국인투자촉진법 부칙의 경과규정, 산업자원부 ○○수출자유지역관리소장이 원고에게 한 조세감면결정 통지의 내용 등을 종합하면, 조세특례제한법 시행령 제116조의2 제4항에서 규정한 외국인투자기업의 조세감면 기준은 외국인투자지역으로 보는 종전의 수출자유지역에서 공장시설을 설치하는 경우라면 제조업을 영위하기 위하여 새로이 공장시설을 설치하는 경우로서 외국인 투자금액이 미화 5천만 불 이상이어야 한다는 등의 엄격한 조세감면의 기준을 충족하는지와 무관하게 조세감면 대상에 해당한다고 봄이 상당하므로 산업자원부 ○○자유무역지역관리원장이 이와 같은 견지에서 한 조세감면결정과 그에 따른 원고의 감액경정청구는 적법한데도 피고가 이와 다른 견지에서 한 이 사건 처분은 위법하다.

3. 그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 주문과 같이 판결한다.