1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 주식회사 명보디앤씨로부터 천안시 서북구 두정동 2056 일대의 토지를 신탁받아 사업시행자로서 위 토지 지상에 공동주택 481세대와 근린생활시설 14세대(이하 통틀어 ‘이 사건 아파트’라고 한다) 신축사업을 시행하였고, 2014. 10. 10. 이 사건 아파트 사용승인을 받았다.

나. 이 사건 아파트 수분양자들은 2014. 10.경부터 이 사건 아파트에 입주하여 거주하고 있다.

다. 원고는 2014. 11. 4. 피고에게 이 사건 아파트의 신축에 소요된 공사비와 금융비용 등을 반영하여 과세표준인 취득가격을 84,279,906,903원으로 계산하여 이 사건 아파트 취득세 2,359,837,390원, 지방교육세 134,847,850원, 농어촌특별세 102,131,370원을 신고납부하였다. 라.

원고는 2014. 12. 30. 피고에게 이 사건 아파트의 공사비 증액분 1,883,557,489원에 해당하는 이 사건 아파트 취득세 55,645,550원, 지방교육세 3,029,050원, 농어촌특별세 2,294,150원을 추가로 신고납부하였다.

마. 행정자치부장관은 2015. 12. 11. ‘부동산 취득 과정에서 지급한 학교용지부담금은 지방세법 시행령 제18조 제1항이 규정한 취득세 과세표준이 되는 취득가격에 해당한다’는 유권해석(이하 ‘이 사건 유권해석’이라 한다)을 하였다.

바. 충청남도지사는 2015. 12.경 원고의 이 사건 아파트 취득에 관한 지방세 세무조사를 실시하여, 2015. 12. 30.경 원고에 대하여, 원고가 학교용지부담금으로 납부한 908,846,469원을 이 사건 아파트 취득가격에 추가로 포함함으로써 증액된 이 사건 아파트 취득세 25,447,690원, 지방교육세 1,454,150원, 농어촌특별세 1,101,350원을 추징하는 취지의 세무조사결과를 통지하였다.

사. 피고는 2016. 1. 12. 원고에게 위 세무조사결과를 토대로 하여 이 사건 아파트 취득세 25,447,690원,...