1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2010. 2. 25. 서울 영등포구 양평동3가 23-5 공장용지 753.4㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)에 관하여 매매를 원인으로 소유권이전등기를 마쳤다.

원고는 이 사건 토지를 아파트형공장을 설립할 목적으로 취득하였다는 이유로, 구 지방세법(2010. 12. 27. 법률 제10416호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제9조, 구 서울특별시 감면조례(2010. 3. 2. 서울특별시조례 제4945호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제21조 제1항에 근거하여 피고에게 취득세, 농어촌특별세, 등록세, 지방교육세(이하 ‘취득세 등’이라 한다) 감면을 신청하여 취득세 등 151,800,000원을 면제받았다.

나. 원고는 이 사건 토지에 지식산업센터(아파트형공장)를 신축하여 2012. 9. 5. 사용승인을 받았고, 그 무렵 아파트형공장이 아닌 부분에 대하여 감면받은 취득세 등 40,954,490원을 신고납부하였다.

피고는 2015. 5. 10. 원고가 지식산업센터 중 802호를 지원시설로 용도변경하였다는 이유로 감면한 취득세 803,290원을 추징하였다.

다. 원고는 2016. 6. 24. 이 사건 토지와 신축한 지식산업센터를 매각하였고, 2016. 7. 22. 피고에게 감면받은 취득세 등 110,042,220원(= 최초 면제받은 151,800,000원 - 신고납부하거나 추징된 41,757,780원)을 신고납부하였다. 라.

원고는 2016. 8. 4. 피고에게 “감면한 취득세 등의 추징 사유는 원고가 이 사건 토지를 매각할 당시의 법률에 따라 판단되어야 하므로, 지방세특례제한법 제58조의2 제1항에 따라 이 사건 토지의 매각일(2016. 6. 24.)은 그 취득일(소유권이전등기일인 2010. 2. 25.)로부터 5년이 경과하여 감면받은 취득세 등의 추징 사유에 해당하지 않는다.”는 이유로 위와 같이 신고납부한 취득세 등 110,042,220원의 환급을 구하는 경정 청구를 하였다....