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[사건번호]
조심2011중3417 (2011.12.02)
[세목]
법인
[결정유형]
경정
[결정요지]
03~04사업연도에 대한 부제척기간이 경과되어 지출한 특례기부금을 손금산입하는 경정을 할 수는 없다고 하더라도 그 한도초과액이 이후 부과제척기간 내에 있는 사업연도의 과세소득 계산에 영향을 미치므로, 구 조특법 제73조의 규정에 따라 이월 손금산입하여 이 건 과세처분(05~08사업연도)을 경정함이 타당함
[관련법령]
[참조결정]
OOOOOOOOOO
[따른결정]
OOOOOOOOOO
[주 문]
OOO세무서장이 2011.6.17. 청구법인에게 한 2006사업연도 법인세 OOO원, 2007사업연도 법인세 OOO원 및 2008사업연도법인세 OOO원의 부과처분은
1. 각 사업연도의 소득금액을 계산함에 있어서 2003사업연도 및2004사업연도에 「조세특례제한법」제73조 제1항의 기부금으로 지출한금액에 대하여 손금산입한도액의 범위 내에서 이를 손금에 산입하는 것으로 하고, 신고불성실가산세를 적용하지 아니하는 것으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고,
2. 나머지 청구는 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
나. 처분청은 청구법인이재단법인 OOO에 소속되어있는 교회인 것은 사실이나 청구법인 자체는 주무관청에 등록된 종교단체가 아니므로, 「법인세법 시행령」제56조 제1항에서 규정하고 있는 고유목적사업준비금 설정대상법인에 해당하지 않는다고 보아, 청구법인이 2006～2008사업연도에 손금산입한 고유목적사업준비금 설정액을 손금불산입하고 당해 사업연도에 지출한 「조세특례제한법」 제73조제1항의 기부금(이하 “특례기부금”이라 한다) 및 지정기부금에 대하여는기부금 손금산입 범위액 내에서손금산입하여, 2011.6.17. 청구법인에게2006사업연도 법인세 OOO원, 2007사업연도 법인세 OOO원,2008사업연도법인세 OOO원, 합계 OOO원을경정·고지하였다.
다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.8.26. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
(1) 처분청은 청구법인이 주무관청에 등록되지 아니한 사실을 들어 고유목적사업준비금을 설정할 수 없다고 보았으나, 주무관청인 문화체육관광부의 「문화체육관광부 및 문화재청 소관 비영리법인의 설립 및 감독에 관한 규칙」제4조 및 제5조에는 법인설립이 된 종교단체에한하여 주무관청에 등록하도록 규정하고 있어 청구법인과 같이 「국세 기본법」제13조의 규정에 의해 법인으로 보는 단체는 주무관청 등록이라는 요건을 근원적으로 충족할 수 없으며(전국 5만여 개 개별교회중 주무관청에 등록된 개별교회는 한곳도 없음), 고유목적사업준비금손금산입제도는 설정대상 비영리법인에게 일방적인 혜택을 부여하기 위한 것이 아니라 일정기간 동안 세부담을 유예하는 대신 유보자금으로 고유목적사업(공익사업)을 원활하게 수행하도록 유도할 목적으로 입법된 것이고, 주무관청에 등록된 종교단체(총회, 유지재단 등)와 그 종교단체에 소속된 개별종교단체(교회 등, 이하 “소속 개별교회”라고 한다)의 공익목적상 기능차이가 전혀 없으며, 청구법인과 같이 법인으로 보는 단체는 「국세기본법」 제13조 제2항의 규정에 따라 관할세무서장의 승인을 얻어 비영리법인으로 등록되었으므로 고유목적사업준비금의 설정과 사용 및 환입에 대한 과세관청의 관리감독이 비교적 용이하다는 점 등을 고려할 때, 처분청에서 청구법인이 주무관청에 등록되지 않았다는 이유로 고유목적사업준비금의 손금산입을 부인하고 이 건 법인세를 과세한 처분은 부당하다.
(2) 「조세특례제한법」 제73조 제4항(2003.12.30., 법률 제7003호로 개정)에서는 특례기부금 중 손금에 산입하지 아니한 금액은 당해 과세연도의 다음 과세연도 개시일로부터 3년 이내에 종료하는 과세연도에 이월하여 손금에 산입하도록 규정하고 있고, 개정규정은 공포일이 속하는 과세연도부터 적용하도록 되어 있으므로, 2003사업연도의 특례기부금 한도초과액은 2004～2006사업연도에, 2004사업연도의 특례기부금 한도초과액은 2005～2007사업연도에 이월하여 손금산입이 가능하다. 처분청에서는 부과제척기간이 만료되면 정부의 부과권은 소멸되어 과세표준이나 세액을 변경하는 어떠한 결정도 할 수 없게되므로 당초에 신고되지 아니한 2003～2004사업연도의 특례기부금 한도초과액을 재계산할 수 없다고 보았으나, 특정 사업연도에 잘못 계상된 손익 등이 다음 사업연도의 손익에 중대한 영향을 미치는 경우에는 이를 합리적으로 수정하여 그 사업연도는 물론 그 다음 사업연도의 손익에 영향을 미치지 아니하도록 하는 것이 원칙이며,과세표준이 결정된 뒤 이를 전제로 이루어진 어느 사업연도의 법인세 부과처분이 더 이상 그 과세표준이나 세액을 다툴 수 없게 되었다고 하더라도 납세의무자인 법인은 확정된 과세처분과는 독립한 별개의 처분인 그 뒤 사업연도의 법인세 부과처분의 효력을 다툼에 있어서는 종전의 과세표준 결정이 잘못되었다거나 「법인세법」의 관계규정에 따라 소득에서 공제될 수 있는 이월결손금이 있다는 등의 주장을 다시 할 수 있는 것(대법2001두2652, 2002.11.26., 참조)이므로, 부과제척기간이 도과한 2003～2004사업연도의 특례기부금 한도초과액은 부과제척기간이 도과하지 아니한 2005사업연도 이후 사업연도의 소득금액 계산에 영향을 미치기 때문에 재계산하여야 한다.
(3) 가산세는 세법에 규정하는 의무의 성실한 이행을 확보하기 위하여 그 세법에 의하여 산출한 세액에 가산하여 징수하는 금액으로 「국세기본법」 제48조 제1항에서는 납세자가 의무를 불이행한데 대하여 정당한 사유가 있을 때에는 해당 가산세를 부과하지 않도록 규정하고 있는 바, 근원적으로 총족할 수 없는 주무관청 등록을 고유목적사업준비금 설정요건으로 규정하고 있다가 이를 보완하기 위하여2009.2.4. 법령개정이 이루어졌고, 「소득세법」에서는 등록되지 아니한소속 개별종교단체에 기부한 금품을 지정기부금으로 인정하고 있어 동일한 조문을 인용하는 고유목적사업준비금의 설정대상 법인의 범위에 대해 납세자가 같은 해석을 하는 것이 전혀 무리가 아니며, 청구법인이 2002사업연도부터 고유목적사업준비금을 손금산입하고 법인세를 신고한 것이 대하여 처분청에서도 이 건 부과처분이 있기 전까지 정당하게 신고된 것으로 오인하고 있었고, 국세청에서 소속 개별종교단체가 주무관청에 등록되지 아니한 경우 고유목적사업준비금을 설정할 수 없다는 것을 명확하게 적시한 사실이 없었던 점 등으로 보아, 단순한 법률상의 부지나 착오의 범위를 넘어 세법 해석상 견해의 대립이 있는 경우에 해당되고, 과세관청에서도 몰랐던 법률해석을 납세자에게 요구하는 것은 무리가 있다 할 것이므로, 처분청에서 청구법인에게 이 건 법인세를 과세하면서 신고·납부불성실가산세를 가산한 처분은 부당하다.
나. 처분청 의견
(1) 청구법인은 OOO에 소속된 교회로서 청구법인 자신이 직접 주무관청에 등록된 사실이 없고, 「법인세법 시행령」제36조 제1항 제1호 마목에는 종교의 보급 기타 교화를 목적으로설립하여 주무관청에 등록된 단체를 고유목적사업준비금 설정대상으로규정하고 있으므로, 처분청에서 고유목적사업준비금을 설정하여 손금산입한 청구법인의 신고내용을 부인하고 법인세를 과세한 당초 처분은 정당하다.
(2) 국세부과제척기간은 권리관계를 조속히 확정시키려는 것이므로 국세징수권의 소멸시효와는 달리 진행기간의 중단이나 정지가 없고, 「국세기본법」 제26조의2에 규정하는 기간이 경과하면 정부의 부과권은 소멸되어 과세표준이나 세액을 변경하는 어떠한 결정도 할 수 없는 것이다. 청구법인은 2003～2004사업연도의 특례기부금 중 당해 사업연도 손금산입 범위액을 초과하는 금액은 이후 사업연도의 손금산입 한도액 범위 내에서 손금에 산입할 수 있다는 주장이나, 청구법인은 이자소득에 대하여 고유목적사업준비금을 설정할 수 없는 법인임에도 2002사업연도부터 고유목적사업준비금을 설정하여 손금산입하였지만, 국세부과제척기간이 경과한 2004사업연도 이전 사업연도에 대하여는 처분청에서 부과권을 행사할 수 없었으며, 당초 법인세 신고시 특례기부금을 손금산입하여 신고한 사실이 없으므로, 국세부과제척기간이 이미 경과한 2003～2004사업연도의 특례기부금 한도초과액을 재계산하여 이후 사업연도의 손금으로 인정해 달라는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다.
(3) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 신고 및 납부의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서, 납세자의 고의나 과실은 고려되지 아니하고 법령의 부지 또는 오인은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 않는 것(대법원 2005두10545, 2007.4.26., 참조)인 바, 청구법인은 「법인세법 시행령」제36조 제1항 제1호 마목의 규정에 해당되지 아니하여 고유목적사업준비금을 설정할 수 있는 법인이 아닌데도 법률규정에 대한 부지 또는 착오로 고유목적사업준비금을 설정하여 손금산입하고 법인세를 신고하였으므로, 처분청에서 청구법인의 법인세를 경정하면서 신고·납부불성실 가산세를 가산하여 과세한 당초 처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁점
① 청구법인이 「법인세법 시행령」 제56조 제1항의 규정에 의한 고유목적사업준비금 설정대상법인인지 여부
② 부과제척기간이 만료된 2003～2004사업연도의 특례기부금 한도초과액을 재계산하여 이후 사업연도의 손금으로추인할 수 있는지 여부
③청구법인의 법인세를 경정하면서 신고·납부불성실가산세를 가산한처분의 당부
나. 관련법령
(1) 국세기본법
제13조 【법인으로 보는 단체】② 제1항의 규정에 의하여 법인으로 보는 사단·재단 기타 단체 외의 법인격이 없는 단체 중 다음 각 호의 요건을 갖춘 것으로서 대표자 또는 관리인이 관할세무서장에게 신청하여 승인을 얻은 것에 대하여도 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 당해 사단·재단 기타 단체의 계속성 및 동질성이 유지되는 것으로 본다.
1.사단·재단 기타 단체의 조직과 운영에 관한 규정을 가지고 대표자또는 관리인을 선임하고 있을 것
2. 사단·재단 기타 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유·관리할 것
3. 사단·재단 기타 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것
제48조 【가산세의 감면 등】 ① 정부는 이 법 또는 세법에 따른가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항의규정에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 불이행한 것에 대하여 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.
(2) 법인세법
제29조【고유목적사업준비금의 손금산입】 ① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령이 정하는 단체에 한한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금(이하 이 조에서 “고유목적사업 등”이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 범위 안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.
1. 「소득세법」 제16조 제1항 제1호부터 제11호까지의 이자소득의 금액
제62조【비영리내국법인의 과세표준신고 특례】 ① 비영리내국법인은 제3조 제2항 제2호의 규정에 따른 이자ㆍ할인액 및 이익( 「소득세법」 제16조 제1항 제12호의 비영업대금의 이익을 제외하고, 투자신탁의 이익을 포함하며, 이하 이 조에서 “이자소득”이라 한다)으로서 제73조의 규정에 따라 원천징수된 이자소득에 대하여는 제60조 제1항에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 이자소득은 제14조의 규정에 따른 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다.
제36조 【지정기부금의 범위 등】 ① 법 제24조 제1항에서 제1항에서 “대통령령이 정하는 기부금”이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.
1. 다음 각 목의 비영리법인(단체를 포함하며, 이하 이 조에서 “지정기부금단체 등”이라 한다)에 대하여 당해 지정기부금단체 등의 고유목적사업비로 지출하는 기부금.
마. 종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록된 단체(1998.12.31., 대통령령 제15970호로 개정).
제56조【고유목적사업준비금의 손금산입】① 법 제29조 제1항 본문 중 “대통령령이 정하는 단체”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 단체를 말한다.
1. 제36조 제1항 제1호에 해당하는 단체 (2001. 12. 31. 개정)
2. 「상속세 및 증여세법 시행령」제12조 각 호의 1에 해당하는 법인(2001.12.31. 삭제)
제99조【비영리내국법인의 과세표준신고의 특례】 ① 법 제62조 제1항의 규정을 적용함에 있어서 비영리내국법인은 원천징수된 이자소득 중 일부에 대하여도 과세표준신고를 하지 아니할 수 있다.
② 법 제62조 제1항의 규정에 의하여 과세표준신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 수정신고 또는 경정 등에 의하여 이를 과세표준에 포함시킬 수 없다.
제36조 【지정기부금의 범위 등】 ① 법 제24조 제1항에서 제1항에서 “대통령령이 정하는 기부금”이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.
1. 다음 각 목의 비영리법인(단체를 포함하며, 이하 이 조에서 “지정기부금단체 등”이라 한다)에 대하여 당해 지정기부금단체 등의 고유목적사업비로 지출하는 기부금.
마. 종교의 보급, 그밖에 교화를 목적으로 「민법」 제32조에 따라 문화체육관광부장관 또는 지방자치단체의 허가를 받아 설립한 비영리법인(그 소속단체를 포함한다)
(5) 상속세 및 증여세법 시행령
제12조 【공익법인 등의 범위】 법 제16조 제1항에서 “공익법인 등”이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 영위하는 자를 말한다.
1. 종교의 보급 기타 교화에 현저히 기여하는 사업
제73조 【기부금의 과세특례】① 내국인이 2006년 12월 31일 이전에 다음 각 호의 1에 해당하는 기부금을 지출하는 경우에는 당해 과세연도의 종합소득금액에서 기부금으로 지출한 금액을 공제하거나 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이월결손금을 차감한 후의 소득금액에 100분의 50을 곱하여 산출한 금액의 범위안에서 이를 손금에 산입한다. 이 경우 종합소득금액에서 기부금으로 지출한 금액을 공제함에 있어 그 공제금액은 종합소득금액에서 「소득세법」 제34조 제2항의 규정에 의한 기부금을 공제한 금액에 100분의 50(제1호의 경우에는 100분의 100)을 곱하여 계산한 금액을 한도로 하고, 기부금 손금산입 한도액을 계산함에 있어서 제1호의 기부금은 「소득세법」제34조 제2항의 기부금으로 본다.
1. 「문화예술진흥법」에 의한 문화예술진흥기금으로 출연하는 금액
2. 「사립학교법」에 의한 사립학교, 비영리교육재단(사립학교의 신축·증설, 시설확충 및 그 밖에 교육환경개선을 목적으로 설립된 비영리 재간법인에 한한다), 「기능대학법」에 의한 기능대학, 「평생교육법」에 의한 원격대학형태의 평생교육시설, 「국립대학병원설치법」에 의한 국립대학병원, 「서울대학교병원설치법」에 의한 서울대학교병원, 「서울대학교치과병원설치법」에 의한 서울대학교치과병원, 「산업교육진흥 및 산학협력촉진에 관한 법률」에 의한 산학협력단에 시설비 교육비 또는 연구비로 지출하는 기부금(법인이 지출하는 것에 한한다)
④ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 기부금 중 손금에 산입하지 아니한 금액은 대통령령이 정하는 바에 따라 당해과세연도의 다음 과세연도의 개시일로부터 3년 이내에 종료하는 과세연도에 이월하여 이를 손금에 산입한다.
(7) 조세특례제한법 시행령
제73조 【기부금의 과세특례】②법 제73조 제1항의 규정에 의한 손금산입한도액을 초과한 금액에 대하여는 동 초과금액이 이월된 각 과세연도에 있어서 당해 과세연도의 기부금이 손금산입한도액에 미달하는 경우에 한하여 그 미달하는 금액의 범위안에서 이를 손금에 산입한다.
제4조 【설립허가】 ① 주무관청은 법인설립허가신청의 내용이 다음 각 호의 기준에 적합한 경우에 한하여 이를 허락한다.
1. 법인의 목적과 사업이 실현 가능할 것
2. 목적하는 사업을 수행할 수 있는 충분한 능력이 있고, 재정적 기초가 확립되어 있거나 확립될 수 있을 것
3. 다른 법인과 동일한 명칭이 아닐 것
다. 사실관계 및 판단
(1) 처분청이 제출한 심리자료에 의하면,
(가)청구법인(OOO)은 종교보급을 목적으로 설립된 비영리법인인 OOO의 소속 개별교회로문화체육관광부 및 경기도로부터 등록 또는 허가받은 사실은 없으나, 1999.8.1. 처분청으로부터 법인으로 보는 단체로 승인받아 사업자등록되었고, 이후 사업연도의 법인세를 신고하면서 아래〈표1〉과 같이 당해 사업연도에 발생한 이자소득금액을고유목적사업준비금으로 설정하여 손금산입한 것으로 나타나고,
OOO
(나) 처분청은 청구법인이 문화체육관광부 및 경기도로부터 등록 또는 허가받은 사실이 없어 「법인세법 시행령」 제29의 규정에 의한 고유목적사업준비금 설정요건을 충족하지 아니한 것으로 보아, 아래 〈표2〉과 같이고유목적사업준비금 설정액을 손금불산입하고, 당해사업연도에 지출한 특례기부금(법정기부금 포함, 이하 같음) 및 지정기부금은 손금산입 범위액 내에서 손금산입하여 청구법인에게2005사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지한 것으로 나타나며,
OOO
(다) 청구법인은 2005～2008사업연도 기간 동안 아래 〈표3〉와 같이특례기부금(법정기부금 포함) 및 지정기부금을 지출하였고, 처분청도 이 건 법인세를 경정하면서 아래 〈표3〉과 같이 기부금으로 지출된 사실 및 당해 사업연도 손금산입 범위액 내에서 손금산입할 수 있는 기부금으로 인정하였으며, 2005～2007사업연도의 특례(법정)기부금은 손금산입 범위액에 미달된 것으로 나타난다.
OOO
(2) 비영리내국법인이 이자소득금액의 범위 내에서 설정한 고유목적사업준비금을 손금산입할 수 있도록 규정하고 있는 「법인세법」제29조와 관련한 개정사항을 보면,
(가) 1998.12.31. 대통령령 제15970호로 개정된 「법인세법 시행령」제36조 제1항 제1호 마목에서종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록된단체를 고유목적사업준비금 설정대상법인으로규정하고 있어 주무관청 등록을 충족하지 아니한 소속 개별교회는 대상에서 제외하고 있었고,
(나) 총회 또는 유지재단에 소속된 개별교회는 「법인세법 시행령」제56조 제1항 제2호의 「상속세 및 증여세법 시행령」제12조 각 호의 1에 해당하는 법인에 해당되어 고유목적사업준비금을설정할 수 있었으나, 2001.12.31. 동 조항이 삭제되어 2002사업연도부터는 「법인세법 시행령」제36조 제1항 제1호에 해당하는 단체 및 법령에 의하여 설치된 기금만 고유목적사업준비금을 설정할 수 있게 되었으며,
(다) 2009.2.4. 대통령령 제21302호로 개정된 「법인세법 시행령」제36조 제1항 제1호 마목에서는 종교의 보급, 그밖에 교화를 목적으로 「민법」 제32조에 따라 문화체육관광부장관 또는 지방자치단체의 허가를 받아설립한 비영리법인(그 소속단체를 포함한다)으로 개정하여 청구법인과같은 소속 개별교회도 2009사업연도부터 고유목적사업준비금을 설정할수 있도록 적용대상을 확대하였는데, 그 개정취지를보면종교단체에 대한 등록제도가 없는 현실을 감안한다고 되어 있다.
(3) 청구법인은 매년 처분청의 신고지도에 따라 고유목적사업준비금을 손금산입한 것인데도 이를 부인하는 것은 부당하다고 주장하는 한편, 처분청의 2005～2008사업연도 법인세 부과처분으로 인하여 아래 〈표4〉와 같이 2003～2004사업연도에 지출한 특례기부금은 이후 사업연도의 손익에 중대한 영향을 미치게 되었으므로, 당해 사업연도의 손금에 산입되지 아니한 특례기부금을 「조세특례제한법」제73조제4항의 규정에 의하여 이월공제하여야 한다고 주장하였으나, 처분청은부과제척기간이 만료된 과세연도에 대한 고유목적사업비 등의 지출액으로서 손금산입하지 아니한 기부금의 한도초과액은 이월공제대상에 해당하지 않는다고 보아 이후 사업연도의 손금에 산입하지 아니한 것으로 나타난다.
OOO
(4) 상기 사실관계 및 관계법령을 바탕으로, 먼저 쟁점①에 대하여 살펴본다.
종교단체의 경우 주무관청의 허가를 받아 「민법」에 의하여 설립되고 주무관청의 검사 · 감독을 받는 등록단체에 한해 고유목적사업준비금을 손금에 산입할 수 있도록 한 것은 과세정책적 판단에 기인한 것으로, 「법인세법 시행령」 제36조 제1항 제1호 마목의 규정을 확장 해석하여 주무관청에 등록된 단체의 소속 개별교회까지 포함한다는 의미는 아닌 것(대법원 2010두29071, 2011.4.14., 참조)인 바, 기부금에 관한 「법인세법 시행령」 제36조 제1항 제1호의 규정이 「법인세법 시행령」제56조 제1항 제1호의 규정에 의하여 고유목적사업준비금의 경우에도 적용된다고 하더라도 양 제도는 적용 대상자가 다른서로 상이한 별개의 제도이며, 2009.2.4. 비영리법인의 소속단체를 포함하는 것으로 개정된 「법인세법 시행령」 제36조 제1항 제1호 마목의 규정은 동 시행령 부칙에 의하여 2009.1.1. 이후 개시하는 사업연도부터 적용되고, 2009.2.4. 개정되기 전의 「법인세법 시행령」 제36조제1항 제1호 마목에는 종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록된 단체에 한하여 고유목적사업준비금을 손금산입할 수 있도록 그 대상을 제한적으로 규정하고 있고, 청구법인은 주무관청에 등록된 사실이 없으므로, 처분청에서 청구법인의 2005년 이후 사업연도 고유목적사업준비금 설정액을 손금불산입하여 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것(조심 2009서485, 2009.5.26., 같은 뜻임)으로 판단된다.
(5) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다.
처분청은 국세부과제척기간이 경과된 2003～2004사업연도의 특례기부금을 이후 사업연도로 이월하여 공제할 수 없다고 보았으나, 각사업연도의 과세표준이 결정된 뒤 이를 전제로 이루어진 어느 사업연도의 법인세 부과처분이 확정되어 더 이상 그 과세표준이나 세액을 다툴 수 없게되었다고 하더라도, 납세의무자인 법인은 확정된 과세처분과는 독립한별개의 처분인 그 뒤 사업연도의 법인세 부과처분의 효력을 다툼에있어서는 종전의 과세표준 결정이 잘못되었다거나 「법인세법」의 관계규정에 따라 소득에서 공제될 수 있는 이월결손금 등이 있다는 주장을다시 할 수 있는 것(대법원 2001두2652, 2002.11.26., 참조)인 바,처분청에서 2005～2008사업연도의 법인세를 경정함으로말미암아 당해사업연도의 기부금 지출액이 손금산입 범위액에 미달하게 된 것이고, 이로인하여이전 사업연도에 손금으로 산입하지 아니하여 이월공제 가능한특례기부금이 2005～2008사업연도의 손익에 영향을 미치게 되는 것이므로, 국세부과제척기간이 경과한 2003사업연도 및2004사업연도의 과세표준 및 세액이 확정되었다 하더라도 당해사업연도의 고유목적사업준비금 설정액을 손금불산입하고 당해사업연도에 지출한 특례기부금을 손금산입 범위액 내에서 손금산입하는 것으로 하여 각 사업연도의 소득금액을 계산한 후 당해사업연도에 손금산입 범위액을 초과하여 손금산입되지 아니한 특례기부금은 「조세특례제한법」 제73조 제4항의 규정에 따라 이후 사업연도에이월하여 해당 사업연도의 손금산입 범위액내에서 손금에 산입하고각 사업연도의 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 합리적이라 하겠다.
(6) 마지막으로, 쟁점③에 대하여 살펴본다.
세법상 가산세는 과세의 적정을 기하기 위하여 일정한 사항의 보고·신고·납부 기타 협력 등 여러 가지 의무를 납세의무자에게 과하는 한편, 이러한 의무의 이행을 확보하기 위하여 이를 해태하였을 때 세금의 형태로 과징하는 행정상 제재로서 그 의무의 불이행에 관하여 정당한 이유가 있는 경우에는 부과할 수 없는 것(대법원 88누4218, 1989.4.25., 참조)인 바, 처분청에서는 청구법인이 고유목적사업준비금 설정대상 법인이 아님에도 수년간 법인세 신고권장을 하면서 이에 대한 이의를 표명한 사실이 없고, 청구법인과 같은 이자소득만 있는 비영리법인이 각 사업연도 법인세 과세표준 및 세액을신고한 「법인세법」별표 제56호 서식에는 이자소득금액, 고유목적사업준비금 손금산입액(이자소득금액과 동일), 원천납부세액 외에는 기재할 항목이 없어 사실상 고유목적사업준비금의 설정대상 법인인지여부가 유일한 검토항목이었는데도 처분청에서 이 건 부과처분이 있기전까지 설정액을 손금으로 인정하여 환급결정을 하였을 뿐 그 외 이의나 그에 따른 처분이 없었으며, 특히 청구법인과 같은 소속 개별교회는 2002사업연도부터 고유목적사업준비금을 설정할 수 없도록 「법인세법」이 개정되었지만 처분청에서 고유목적사업준비금 설정액을 손금산입하고 원천납부세액을환급신청한2002～2004사업연도의 법인세 신고에 대하여 환급결정한 상황에서 청구법인이 2005년 이후 사업연도의 법인세를 신고하면서 고유목적사업준비금 설정액을 손금산입하지 않을 것이라고기대하는 것은 무리라고 보이므로, 처분청에서 이 건 법인세를 과세하면서 신고불성실가산세를 가산한 처분은 잘못이라고 하겠다.
(7) 따라서, 처분청에서 청구법인의 2005년 이후 사업연도의 소득금액을 계산함에 있어서 2003사업연도 및2004사업연도에 「조세특례제한법」제73조 제1항의 기부금으로 지출한금액에 대하여 손금산입한도액의 범위 내에서 이를 손금에 산입하는 것으로 하고, 신고불성실가산세를 적용하지 아니하는 것으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.
4. 결론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.