1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

처분의 경위

중소기업기본법 시행령과 조세특례제한법 시행령의 개정 경과 2009. 3. 25. 대통령령 제21368호로 개정된 중소기업기본법 시행령은 중소기업의 범위를 정하는 제3조 제2호에서 중소기업의 실질적인 독립성의 요건으로 다목을 추가하여 ‘관계회사’ 2011. 12. 28. 대통령령 제23412호로 개정되면서 그 명칭이 ‘관계기업’으로 변경되었다.

에 속하는 기업의 경우에는 제7조의2 2011. 12. 28. 대통령령 제23412호로 개정되면서 제7조의4로 이동하였다.

에 따라 산정한 상시 근로자 수, 자본금, 매출액, 자기자본 또는 자산총액이 제3조 제1호에 따른 기준을 초과하는 기업이 아닐 것‘을 규정하였고, 그 부칙 제1조 제1호는 제3조 제2호 다목의 개정규정은 2011. 1. 1.부터 시행한다고 규정하였다. 이후 조세특례제한법 시행령이 2010. 12. 30. 대통령령 제22583호로 개정되면서, 제2조 제1항 제3호 전단에서 ‘실질적인 독립성이 중소기업기본법 시행령 제3조 제2호 가목부터 다목까지의 규정에 적합할 것'을 규정하면서, 후단에서"이 경우 중소기업기본법 시행령 제3조 제2호 다목을 적용할 때 ‘중소기업기본법 시행령 제3조 제1호에 따른 기준을 초과하는’은 ‘조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는’으로 본다고 규정하여, 결국 ‘관계회사에 속하는 기업의 경우에는 중소기업기본법 시행령 제7조의2에 따라 산정한 상시 근로자 수 등이 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는 기업이 아닐 것’(이하 ‘관계기업 기준’이라 한다)을 중소기업의 요건으로 규정하였다.

한편, 위 시행령 부칙 제1조에서 제2조 제1항 제3호 전단 중소기업기본법 시행령 제3조 제2호...