원고의 청구를 기각한다.

소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 조합원의 농업 생산성을 높이고 조합원이 생산한 농산물의 판로 확대 및 유통 원활화를 도모하며, 조합원이 필요로 하는 기술 ㆍ 자금 ㆍ 자재 및 정보 등을 제공함으로써 조합원의 경제적 ㆍ 사회적 ㆍ 문화적 지위를 향상시킴을 목적으로 농업 협동 조합법에 따라 설립된 B 조합이다.

나. 원고는 2012. 1. 30. 전 남 담양군 C 외 5 필지 지상에 주유소 및 제반시설( 이하 ‘ 이 사건 주유소’ 라 한다) 을 설치하여 주유소를 운영하고 있고, 또한 2012. 2. 13. 전 남 담양군 D, E, F 토지를 매수하여 2013. 12. 10. 그 지상에 판매시설, 창고 등( 이하 건물과 대지 부분을 합하여 ‘ 이 사건 G 마트’ 라 한다) 을 건축한 후 이를 판매시설로 사용해 오고 있다.

다.

원고는 이 사건 주유소 및 G 마트가 원고의 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산이라는 이유로 구 지방세 특례제한 법 제 14조 제 3 항에 따라 취득세 등의 감면을 신청하였고, 이에 피고는 원고에 대하여 이 사건 주유소 및 G 마트에 대한 취득세, 지방 교육세, 농어촌 특별세를 면제하였다.

라.

한편, 전라 남도 지사는 2017. 6. 13.부터 같은 달 14.까지 원고에 대한 세무조사를 실시하여 2017. 7. 7. 원고에게 ‘ 이 사건 주유소 전체 및 이 사건 G 마트 중 농산물, 축산물 매장으로 사용되고 있는 부분을 제외한 공산품, 수산물 매장과 임대 매장은 원고의 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 해당하지 아니 한다’ 는 이유로 그 부분 이 사건 G 마트와 관련하여서는 G 마트의 전체 면적 중 농산물, 축산물 매장은 면세대상으로, 공산품, 수산물 매장과 임대 매장은 과세대상으로 각 정하고, G 마트 부지 및 사무실, 공용부분, 창고 동 등은 면세면적 대비 과세면적 비율로 안분하여 과세 표준을 정하였다.

에...