1. 피고가 2015. 5. 20. 원고에게 한 법인세경정거부처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 1981. 8. 11. 포항시 북구 B 임야 46,440㎡(2013. 11. 13. 6필지로 분할됨. 이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)를 취득하여 보유하다가, 2014. 3. 10. 소외 삼구건설 주식회사에 양도가액을 11,240,000,000원으로 하여 매도하는 내용의 계약을 체결하고 2014. 6. 20. 그 소유권이전등기를 마쳐주었다.

나. 원고는 2014. 8. 21. 피고에게 이 사건 부동산에 관한 양도소득세 2,914,917,972원을 예정신고납부하였다.

다. 한편, 원고는 2014. 12. 24. 경주세무서장으로부터 국세기본법 제13조 제2항에 따라 ‘법인으로 보는 단체’로 승인받았다. 라.

원고는 2015. 3. 17. 피고에게, 원고가 이 사건 부동산의 양도일 이후인 2014. 12. 24.에야 관할 세무서장으로부터 국세기본법상 ‘법인으로 보는 단체’로 승인을 받았으나, 이 사건 부동산의 처분손익이 원고에게 귀속되었으므로, 원고의 ‘법인으로 보는 단체’로서 최초 사업연도 개시일은 법인세법 시행령 제3조 제2항(이하 ‘이 사건 쟁점조항’이라고 한다)에 따라 2014. 6. 20.이 되어 이 사건 부동산의 양도차익에 대하여는 법인세법이 적용되고, 또한 비영리법인인 원고가 그 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적 사업에 사용한 고정자산인 이 사건 부동산을 양도하여 얻은 차익은 법인세법상 과세소득에서 제외되어야 하는 것이므로 기납부한 세액은 환급되어야 한다는 취지로 경정청구를 하였다.

마. 이에 대하여 피고는 2015. 5. 20. 아래과 같은 이유를 들어, 원고의 경정청구를 기각하는 이 사건 처분을 하였다.

국세기본법 제13조 제2항 제3호는 「사단, 재단, 그 밖의 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것」을 법인으로 보는 단체의 요건으로 규정하고 있으나, 원고 종중은 비영리법인 승인...