1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 공무원 등의 복지를 위해 설립된 법인으로서, 무주택 공무원을 위한 주택의 건설 및 분양 등의 사업을 목적으로 한국토지주택공사로부터 화성시 동탄2 택지개발지구 A-3블럭 토지 48,202.54㎡(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)를 88,865,493,195원에 매수하여, 2012. 11. 29. 이 사건 부동산을 취득하였다.

나. 원고는 2012. 12. 26. 구 지방세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11618호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 지방세특례제한법’이라 한다) 제24조 제2항 제1호를 근거로 취득세 등의 감면을 신청하고, 피고에게 취득세 등을 납부하지는 아니하였다.

다. 원고가 이 사건 부동산의 취득일로부터 1년이 경과할 때까지 이 사건 부동산을 공무원주택 건설사업 등에 직접 사용하지 아니하자, 피고는 신고기한까지 취득세 등을 신고납부하지 아니하면 구 지방세특례제한법 제94조에 따라 원고에게 면제된 취득세 등을 추징하겠다는 입장을 표명하였고, 이에 원고는 2013. 12. 23. 피고에게 이 사건 부동산의 취득가격 88,865,493,195원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 3,554,619,720원, 지방교육세 355,461,970원 합계 3,910,081,690원(이하 ‘이 사건 취득세 등’이라 한다)을 신고납부하였다. 라.

원고는 2013. 12. 24. 피고에게 원고가 취득한 이 사건 부동산은 비과세 대상임을 이유로 이 사건 취득세 등의 환급을 구하는 경정청구를 하였고, 피고는 2014. 2. 24. 원고의 위 경정청구를 거부하는 내용의 처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.

마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2014. 4. 14. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2014. 11. 26. 기각결정을 받았다.

【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4, 8호증(각 가지번호 포함), 을 제1 내지 6호증의...