1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 주식회사 B(이하 ‘B’라 한다)는 진단시약, 의료장비 제조판매 및 수출입업 등을 목적으로 1999. 1. 18. 설립된 회사인바, 원고는 B의 최대주주(2008 사업연도 말 기준 19.75%)이자 대표이사이다.

나. B는 2008. 6. 30. ‘제3회 무기명식 이권부 무보증 사모 신주인수권부 사채’를 발행하였는데(이하 ‘이 사건 사채’라 한다), 그 내용은 아래와 같다.

구분 내용 권면총액 일십억 원 권종 및 금액 일억 원 권 10매 발행가액 각 사채권면 금액의 100% 상환방법 채권에 대하여 2015. 6. 30.에 원금의 100%를 일시 상환 인수회사 C 주식회사 신주인수권증권 행사비율 신주인수권증권 권면금액의 100% 행사가격 1,250원(1주당 액면가 500원 기준) B는 2008. 6. 30. C 주식회사와 이 사건 사채에 관한 인수계약을 체결하여 이 사건 사채를 일괄매각하였고, C 주식회사는 이 사건 사채를 총액인수한 후 다시 D 유한회사에게 이 사건 사채 전부를 양도하였으며, D 유한회사는 이 사건 사채 중 사채권과 신주인수권증권을 분리하여 사채권을 그대로 보유하고, 10억 원 상당의 신주인수권증권 전부(B 주식 800,000주로 전환할 수 있는 권리 = 1,000,000,000원 ÷ 행사가격 1,250원)를 원고에게 50,000,000원(= 1주당 62.5원 × 800,000주)에 매각하였다.

다. 원고는 2013. 2. 13. 5억 원 상당의 신주인수권증권을 임ㆍ직원에게 주당 62.5원에 양도하였고, 같은 날 나머지 5억 원 상당의 신주인수권증권(이하 ‘이 사건 신주인수권증권’이라 한다)을 1,250원에 행사하여 B의 주식 400,000주로 전환하였다.

이후 원고는 2013. 5. 30. 피고에게 원고의 주식보유비율 19.75%를 초과하는 242,000주의 주식전환이익 2,458,236,000원에 관하여 증여세 730,164,960원을 신고ㆍ납부하였다. 라.

원고는 주식 전환에 따른...