인천지방법원 2015-구합-51600 (2015.10.22)

토지관련매입세액인지 여부는 사업의 내용, 지출의 목적과 경위 등에 비추어 각 비용마다 개별적으로 판단하여야 함

토지와 관련하여 지출한 면세사업 비용에 대한 매입세액인지 아니면 토지와 무관하게 주택과 관련하여 지출한 과세사업 비용에 대한 매입세액인지 여부는 사업의 내용, 지출의 목적과 경위 등에 비추어 각 비용마다 개별적으로 판단하여야 함

부가가치세법 제17조납부세액

2015누66082 부가가치세부과처분취소

주OO구역OO재개발정비사업조합

OO세무서장

인천지방법원 2015. 10. 22. 선고 2015구합51600 판결

2016. 12. 1.

2017. 1. 26.

1. 제1심 판결 중 아래에서 취소를 명하는 부분을 초과하는 피고 패소 부분을 취소하고, 그 취소부분에 해당하는 원고의 청구를 기각한다.

피고가 2014. 11. 1. 원고에 대하여 한 2011년 제1기분 부가가치세 106,882,880원(가산세 포함)의 부과처분 중 4,870,177원을 초과하는 부분 및 2011년 제2기분 부가가치세 36,685,940원(가산세 포함)의 부과처분 중 949,124원을 초과하는 부분을 모두 취소한다.

2. 피고의 나머지 항소를 기각한다.

3. 소송총비용 중 19/20는 피고가, 나머지는 원고가 각 부담한다.

1. 청구취지

피고가 2014. 11. 1. 원고에 대하여 한 2011년 제1기분 부가가치세 106,882,880원(가산세 포함), 2011년 제2기분 부가가치세 36,685,940원(가산세 포함)의 각 부과처분을 모두 취소한다.

2. 항소취지

제1심 판결을 취소한다. 원고의 청구를 기각한다.

1. 제1심 판결의 일부 인용

이 법원의 판결 이유 중 "1. 처분의 경위"부터 "2. 이 사건 처분의 적법 여부, 가. 원고의 주장"까지는 제1심 판결 이유 중 해당 부분(제2쪽 제4행부터 제3쪽 제9행까지) 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.

2. 제1심 판결과 달라지는 부분

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 주위적 처분사유에 관한 판단

1) 관련 법리

가) 구 부가가치세법(2011. 12. 31. 법률 제11129호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 부가가치세법'이라고 한다) 제17조 제2항 제6호는 매출세액에서 공제되지 아니하는 매입세액의 하나로 '부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지 관련 매입세액'을 들고 있다. 그 위임에 따라 구 부가가치세법 시행령(2012. 2. 2. 대통령령 제23595호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 부가가치세법 시행령'이라고 한다) 제60조 제6항은 '대통령령으로 정하는 토지 관련 매입세액'이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 매입세액을 말한다고 규정하면서 제1호에서 '토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액', 제2호에서 '건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액', 제3호에서 '토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액'을 들고 있다.

나) 매출세액에서 공제되지 아니하는 토지에 관한 매입세액은 토지의 취득원가를 구성하여 해당 토지를 양도할 때에 그 취득원가에 산입하는 방법으로 회수되고, 매출세액에서 공제되는 매입세액의 경우에는 매입세액 공제의 방법으로 회수된다. 따라서 주택재개발정비사업을 시행하는 사업자가 재고자산인 토지와 그 지상의 종전 건축물을 취득하여 종전 건축물을 철거한 후 주택 등의 건축물을 신축하기 위하여 지출한 비용이 토지의 취득원가를 구성하는 것이 아니라면, 이를 토지와 관련하여 지출한 매입세액에 해당한다고 쉽게 단정할 것은 아니다. 그리고 그 비용이 토지와 관련하여 지출한 면세사업 비용에 대한 매입세액인지 아니면 토지와 무관하게 주택과 관련하여 지출한 과세사업 비용에 대한 매입세액인지 여부는 사업의 내용, 지출의 목적과 경위 등에 비추어 각 비용마다 개별적으로 판단하여야 한다(대법원 2016. 2. 18. 선고 2012두22447 판결 참조).

다) 한편, 구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항은 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되,과세 사업과 면세 사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 면세공급가액의 비율에 의해 안분계산하도록 규정하고 있다.

2) 2011년 제1기분 부가가치세 부과처분에 관하여

가) 갑 제3호증의 1 내지 4의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고가 ㈜진OO앤씨, ㈜이OO이(이후 ㈜씨OOO개발로 상호가 변경되었다), ㈜경OO지니어링종합건축사사무소, ㈜에OO이앤지로부터 제공받은 용역은 '토지등소유자 홍보, 홍보요원 교육, 추진위원회 변경동의서 및 조합설립동의서 징구', '정비구역수립을 위한 내역서 작성(지적현황조사 등), 조합설립추진위원회 승인, 조합설립인가, 사업시행인가,관리처분계획서 작성, 기타 서류 작성', '정비계획수립, 정비구역지정, 환경성, 교통성, 경관성 검토, 문화재 지표조사, 도시정비계획수립에 필요한 제반서류 작성 및 대관업무', '친환경주택성능, 친환경주택건축물 인증, 건물에너지 효율등급인증, 주택성능등급인정, 교육환경보호계획, 소음영향평가, 청정건강주택인증'에 관한 업무임을 인정할 수 있다. 위 각 업무는 도시 및 주거환경정비법(이하 '도시정비법'이라 한다)상 인허가를 받기 위한 것이거나, 이 사건 토지에 신축할 주택 등이 관계법령이 요구하는 환경성 등의 기준을 준수하였는지를 평가・조사하여 이를 반영한 계획을 수립하기 위한 것이다. 즉, 위 각 용역은 이 사건 주택재개발사업의 착수에서부터 완료에 이르기까지 일련의 단계에 필요한 용역들로서 주택재개발사업의 전반적인 업무에 관련된 것이므로 위 각 용역에 관한 매입세액은 토지 관련 매입세액이 아니라 공통매입세액에 해당한다.

나) 한편, 갑 제3호증의 5의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고가 ㈜OO지적측량원으로부터 제공받은 용역은 실측건물현황, 지형측량임을 인정할 수 있다.위 측량비용은 종전 건축물의 철거 편의 등을 위한 것으로서 토지의 취득을 위하여 지출한 비용에 해당하므로(대법원 2016. 2. 18. 선고 2012두22447 판결 참조), 위 측량비용에 관한 매입세액은 구 부가가치세법 제17조 제2항 제6호, 같은 법 시행령 제60조 제6항 제1호에 따라 매출세액에서 공제하지 아니함이 타당하다.

다) 갑 제7호증의 1, 을 제1호증의 1의 각 기재와 변론 전체의 취지에 의하면, 원고는 2011년 제1기분 부가가치세 신고를 하면서 전체 매입금액 3,473,362,092원에서 과세사업분 매입액 87,933,900원을 공제한 나머지 3,385,428,192원을 공통매입금액으로 하였음을 알 수 있는바, 따라서 위 3,385,428,192원에서 ㈜OO지적측량원에 대한 매입금액 113,997,000원을 공제한 나머지 3,271,431,192원이 공통매입금액이 되고, 그중 면세사업분은 2,313,170,110원(= 3,271,431,192원 × 0.7070821), 원미만 버림, 이하 같다)이 되므로, 과세사업분은 1,046,194,982원(= 3,473,362,092원 - 113,997,000원 - 2,313,170,110원)이 되며, 공제매입세액은 104,619,498원이 된다.

라) 그런데 갑 제1호증의 1, 을 제1호증의 1의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 2011년 제1기 부가가치세에 관하여 107,958,667원을 환급받은 사실을 인정할 수 있는바, 원고가 정당하게 환급받을 수 있는 세액보다 3,339,169원(=107,958,667원 - 104,619,498원)을 초과하여 환급받았음을 알 수 있다. 따라서 원고는 위 초과환급세액 3,339,169원과 이에 대한 초과환급신고가산세 333,916원(=3,339,169원 × 10/100) 및 환급불성실가산세 1,197,092원(= 3,339,169원 × 3/10,000 ×1,195일)을 납부할 의무가 있다. 결국 2011년 제1기분 부가가치세 106,882,880원(가산세 포함)의 부과처분 중 4,870,177원(= 3,339,169원 + 333,916원 + 1,197,092원) 부분은 정당하고, 위 4,870,177원을 초과한 부분은 위법하다.

3) 2011년 제2기분 부가가치세 부과처분에 관하여

가) 갑 제3호증의 6 내지 9, 11, 12의 각 기재와 변론 전체의 취지를 종합하면,원고가 ㈜동OO오텍, ㈜OO과학연구원, ㈜경OOO씨, ㈜디OOO인, ㈜OO엔지니어링, ㈜진O시O디, ㈜OO플랜으로부터 제공받은 용역은 '지반조사 목적을 달성하기 위한 NX 구경 25공과 기타시험 실시', '이 사건 주택재개발정비사업에 따른 교통영향 분석・개선대책 수립', '도시정비법상 계획변경 관련 업무', '재개발사업 경관과 관련한 도시정비법상 인허가 업무', '사전환경성 검토', '조합설립인가 등 도시정비법상 인허가 관련 업무', '부동산 개발 OS 용역'에 관한 업무임을 인정할 수 있다. 위 각 업무는 도시정비법상 인허가를 받기 위한 것이거나, 이 사건 주택재개발정비사업의 설계를 위한 기초자료를 제공하고, 신축할 주택 등이 교통영향, 경관 등의 면에서 관계법령의 기준을 준수하도록 하기 위한 것이다. 즉, 위 각 용역은 주택재개발사업의 착수에서부터 완료에 이르기까지 일련의 단계에 필요한 용역들로서 주택재개발사업의 전반적인 업무에 관련된 것이므로 위 각 용역에 관한 매입세액은 토지 관련 매입세액이 아니라 공통매입세액에 해당한다고 보아야 한다.

나) 한편, 갑 제3호증의 10의 기재와 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고가 ㈜OO엔지니어링으로부터 제공받은 용역은 계획구역 내 지장물 조사임을 인정할 수 있다. 위 조사비용은 이 사건 주택재개발정비사업에 있어 필요로 하지 않는 종전 건축물 등의 지장물을 조사하기 위한 것으로서 이 사건 주택재개발정비사업 구역 내 지장물 철거 편의를 위한 것이다. 따라서 위 조사비용은 토지의 취득을 위하여 지출한 비용에 해당하므로, 위 조사비용에 관한 매입세액은 구 부가가치세법 제17조 제2항 제6호, 같은 법 시행령 제60조 제6항 제1호에 따라 매출세액에서 공제하지 아니함이 타당하다.

다) 갑 제8호증의 1, 을 제1호증의 2의 각 기재와 변론 전체의 취지에 의하면, 원고는 2011년 제2기분 부가가치세 신고를 하면서 전체 매입금액 664,188,392원에서 과세사업분 매입액 173,522,896원을 공제한 나머지 490,665,496원을 공통매입금액으로 하였음을 알 수 있는바, 따라서 위 490,665,496원에서 ㈜범아엔지니어링에 대한 매입금액 23,100,000원을 공제한 나머지 467,565,496원이 공통매입금액이 되고, 그 중 면세사업분은 330,607,146원(= 488,355,496원 × 0.707082)이 되므로, 과세사업분은 310,481,246원(= 664,188,392원 - 23,100,000원 - 330,607,146원)이 되며, 공제매입세액은 31,048,124원이 된다.

라) 그런데 갑 제1호증의2, 을 제1호증의 2의 각 기재와 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 2011년 제2기 부가가치세에 대하여 31,724,765원을 환급받은 사실을인정할 수 있는바, 원고는 정당하게 환급받을 수 있는 세액보다 676,641원(= 31,724,765원 - 31,048,124원)을 초과하여 환급받았음을 알 수 있다. 따라서 원고는 위 초과환급세액 676,641원과 이에 대한 초과환급신고가산세 67,664원(= 676,641원 × 10/100) 및 환급불성실가산세 204,819원(= 676,641원 × 3/10,000 × 1,009일)을 납부할 의무가 있다. 결국 2011년 제2기 부가가치세 36,685,940원(가산세 포함)의 부과처분 중 949,124원(= 676,641원 + 67,664원 + 204,819원) 부분은 정당하며, 위 949,124원을 초과한 부분은 위법하다 할 것이다.

라. 예비적 처분사유에 관한 판단

1) 피고는 당심에 이르러 이 사건 세금계산서의 매입세액이 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 해당하지 않는다 할지라도, 원고가 조합원들에게 분양할 주택 및 상가 면적과 관련된 매입세액은 토지 관련 매입세액으로서가 아니라 구 부가가치세법 제 17조 제1항 제1호, 구 조세특례제한법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 조세특례제한법'이라고 한다) 제104조의7 제3항에 따라 불공제하여야 함을 처분사유로 추가하며, 피고가 2011년 제1기분 및 제2기분 부가가치세 부과처분에서 불공제한 매입세액이 조합원분양분 불공제 매입세액에 미달하므로 위 각 부과처분은 적법하다고 주장한다.

2) 구 부가가치세법 제17조 제1항 제1호는 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(매출세액)에서 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액(매입세액)을 공제한 금액이라고 규정하고 있으며, 구 조세특례제한법 제104조의7 제3항은 정비사업조합이 도시정비법에 따라 해당 정비사업에 관한 공사를 마친 후에 그 관리처분계획에 따라 조합원에게 공급하는 것으로서 종전의 토지를 대신하여 공급하는 토지 및 건축물(해당 정비사업의 시행으로 건설된 것만 해당한다. 이 조에서 같다)은 부가가치세법 제6조에 따른 재화의 공급으로 보지 아니한다고 규정하고 있다. 그렇다면, 정비사업조합이 당해 조합원에게 공급하는 것으로서 종전 토지를 대신하여 공급하는 토지 및 건축물의 매출세액에 대해서는 부가가치세를 납부할 의무가 없다고 할 것이므로, 정비사업조합의 매입세액 중 위 조합원분양분에 해당하는 매입세액은 공제할 매입세액에서 제외되어야 한다.

3) 이와 같이 공제 매입세액에서 제외되는 조합원분양분에 대한 매입세액은 조합원분양 예정 면적을 기초로 산정할 수 있으며, 조합원분양 예정 면적을 구하기 위해서는 각 조합원들로부터 분양신청을 받는 절차가 선행되어야 할 것이다. 한편, 도시정비법 제46조에 의하면, 사업시행자는 같은 법 제28조 제4항 규정에 의한 사업시행인가의 고시가 있은 날(사업시행인가 이후 시공자를 선정한 경우에는 시공자와 계약을 체결한 날)부터 60일 이내에 개략적인 부담금내역 및 분양신청기간 그 밖에 대통령령이 정하는 사항을 토지 등 소유자에게 통지하여야 하고, 이 경우 분양신청기간은 그 통지한 날로부터 30일 이상 60일 이내로 하여야 하며(제1항), 대지 또는 건축물에 대한 분양을 받고자 하는 토지 등 소유자는 제1항 규정에 의한 분양신청기간 이내에 대통령령이 정하는 방법 및 절차에 의하여 사업시행자에게 대지 또는 건축물에 대한 분양신청을 하여야 한다(제2항). 즉, 주택정비법상 주택재개발정비사업에 대한 사업시행인가가 있은 후에야 조합원들로부터 분양신청을 받게 되므로 위 사업시행인가 전에는 조합원들로부터 분양신청을 받을 수 없어 조합원분양 예정 면적을 기초로 하는 조합원분양분에 대한 매입세액을 산정할 수 없게 된다.

4) 이 사건으로 돌아와 살피건대, 갑 제6호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 2016. 2. 23. 조합원 수를 1,147명으로 하는 주택재개발정비사업조합 설립 인가를 받았을 뿐 현재까지 사업시행인가나 관리처분계획인가를 받지 못한 상태임을 인정할 수 있다. 즉, 이 사건 주택재개발정비사업은 사업시행인가가 있기 전으로서 조합원들로부터 분양신청을 받지 아니한 상태이므로 조합원분양 예정 면적을 알 수 없다. 결국 이 사건은 공제 매입세액에서 제외되는 조합원분양분에 대한 매입세액을 산정할 수 없는 경우에 해당하므로 구 조세특례제한법 제104조의7 제3항을 적용할 수 없다. 따라서 피고의 예비적 처분사유에 관한 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 피고가 2014. 11. 1. 원고에 대하여 한 2011년 제1기분 부가가치세(가산세포함) 106,882,880원의 부과처분 중 4,870,177원을 초과하는 부분 및 2011년 제2기분 부가가치세(가산세 포함) 36,685,940원의 부과처분 중 949,124원을 초과하는 부분은 위법하여 취소하여야 할 것이므로, 원고의 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심 판결 중 위 인정 부분을 초과하는 피고 패소 부분은 부당하므로 피고의 항소를 일부 받아들여 이를 취소하고, 그 취소부분에 해당하는 원고의 청구를 기각하며, 피고의 나머지 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.