1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 1988. 11. 15. 부상 수영구 B 도로 73.4㎡(이하 ‘이 사건 제1 토지’라 한다)를 취득하여 보유하다가 1996. 1. 24. 지목을 대지로 변경하고, 1998. 12. 11. 이 사건 제1 토지 및 이와 연접한 위 C 대 289.9㎡(이하 ‘이 사건 제2 토지’라 한다) 외 10필지를 C 대 2,736.5㎡(이하 ‘합병 토지’라 한다)로 합병하여 보유하다가, 2010. 11. 30. 합병 토지 및 그 지상건물을 양도한 후 2010. 12.경 합병 토지 및 지상건물의 취득가액은 5,336,802,740원, 양도가액은 9,805,324,540원임을 들어 2010년도 귀속분 양도소득세 1,053,900,970원을 피고에게 신고, 납부하였다.

나. 이 때 원고는 이 사건 제1 토지에 대한 취득가액을 환산하여 정함에 있어 이 사건 제2 토지의 1990. 1. 1. 기준 개별공시지가를 적용하였던바, 이에 대하여 피고는 이 사건 제2 토지에 기초한 취득가액 산정이 잘못되었다며, 이 사건 제1 토지를 관할하는 수영세무서장에게 이 사건 제1 토지의 감정가액 평가의뢰를 한 후 그 감정결과에 기초하여 이 사건 제1 토지의 취득가액을 정한 후 2011. 10. 1. 원고에게 양도소득세 42,203,750원을 경정고지 하였다.

다. 원고는 이에 불복하여 서울지방국세청장에게 이의신청을 하였으나 2011. 11. 25. 기각되었고, 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나 2012. 4. 26. 기각되었다.

【인정근거】 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증(이하 각 가지번호가 있는 서증은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 주장 및 판단

가. 원고 주장의 요지 (1) 취득가액 산정절차 위법 소득세법에 의하면 이 사건 제1 토지의 취득가액 평가는 납세지 관할 세무서장이 인근 유사토지의 개별공시지가를 고려하여 대통령령으로 정하는 방법에 따라 평가하여야 함에도 피고는 스스로...