1. 제1심 판결 중 아래에서 취소를 명하는 부분을 초과하는 피고 패소 부분을 취소하고, 그...

1. 처분 경위

가. 원고는 은행업을 주업으로 하면서 신탁업을 겸영하는 법인이다.

나. 서울지방국세청장은 2006. 1. 19.부터 2006. 8. 30.까지 원고의 2001부터 2005 사업연도에 대한 법인세 통합조사를 한 결과, 아래와 같은 사항들을 적발하여 손금불산입, 익금산입을 거쳐 과세표준을 경정하였다.

1) 신탁고객 손실보전을 위한 추가금리 적용 원고는 신탁업을 영위하면서 주식회사 B(이하 ‘B’라고 한다

) 발행의 회사채가 다량 편입된 신탁상품(비과세가계신탁, 신종적립신탁, 적립식목적신탁상품)을 판매하였는데, 2002년 4월경 B 경영이 부실화되어 그 회사채가 더 는 시장에서 거래되지 않고 2002. 4. 20. 실시한 ‘장부가펀드의 정상화 방안’에 따라 위 신탁상품에 편입된 B 회사채가 대폭 상각됨으로써 손실이 발생하자, 신탁상품을 구입한 고객 중 이를 해지하고 정기예금에 가입하는 고객에게 ‘영업점장 우대금리 4%’를 추가 적용하도록 하였다. 피고는 위와 같은 우대금리 적용은 사실상 신탁손실을 원고 은행 계정에서 보전한 것으로서 법인세법에 따른 손금 범위에 해당하지 아니한다고 보아 우대금리 이자비용을 손금불산입하였다. 2) 전자의료카드(디지털 스마트카드) 사업권 매입금액 C병원은 보건복지부의 전자건강보험카드 도입 등 의료정보화 정책에 따라 2001년 4월경 병원 내 전자의료카드 사업을 추진하게 되었는데, C병원으로부터 병원 내 전자의료카드 사업권을 부여받은 C병원 새마을금고(이하 ‘새마을금고’라고 한다)와 원고는 2002. 4. 29. 원고가 C병원의 전자의료카드 사업시행권 등을 보장받는 대가로 새마을금고에 33억 원(부가가치세 포함)을 지급하기로 하는 내용의 계약을 체결하였다.

원고는 33억 원을...