1. 피고가 2013. 9. 13. 원고에게 한 2013년 1기 부가가치세 24,818,181원의 환급거부처분을 취소한다....

1. 처분의 경위

가. 원고는 2006. 4. 26. 건설업일반건축공사를 사업목적으로 사업자등록을 한 법인으로, 2013. 7. 24. 31,462,797원의 환급을 내용으로 하는 2013년 1기 부가가치세 확정신고를 하였다.

나. 위 확정신고를 하면서, 원고는 2013년 1기에 공급자 ‘A(이하 ‘A’이라 한다)‘로부터 공급가액 118,181,819원의 매입세금계산서를, 공급자 ‘B’로부터 공급가액 161,150,000원의 매입세금계산서를 수취한 것으로 신고를 하였는데, 피고는 원고의 위 2013년 1기 부가가치세 확정신고에 대하여, 원고가 A과 B로부터 수취한 위 각 세금계산서를 용역의 공급시기 이후에 교부한 세금계산서 또는 사실과 다른 세금계산서라는 이유에서 부인하고, 2013. 9. 13. 원고에게 2013년 1기 부가가치세에 관하여 725,209원만을 환급하기로 결정하였다

(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). 다.

원고는 이 사건 처분에 불복하여 2013. 10. 23. 조세심판원에 심판청구를 하였는데, 조세심판원은 2014. 4. 28. 원고가 B로부터 수취한 세금계산서로서 피고가 부인한 위 세금계산서 중 공급가액 4,500,000원(공급시기 2013. 6. 10.) 및 26,650,000원(공급시기 2013. 4. 29.)의 세금계산서는 적법한 세금계산서로 보아 해당 부가가치세를 환급하도록 경정할 것을 결정하였고, 피고는 조세심판원의 결정에 따라 2014. 5. 21. 원고에게 3,426,500원을 환급하였다.

마. 원고는 조세심판원의 위 결정에 불복하여 2014. 7. 11. 이 사건 소를 제기하였다.

[인정근거 : 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지]

2. 주장 및 판단

가. 원고의 주장 피고가 부인한 2013년 1기 세금계산서들 즉, 원고가 A로부터 수취한 공급가액 118,181,819원의 세금계산서(이하 ‘이 사건 쟁점1 세금계산서’라 한다)와...