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주문
1. 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.
이유
1. 처분의 경위 ⑴ 원고는 아래와 같이 여러 필지의 토지(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 취득하였다.
대상토지 등기원인 등기접수일자 성남시 수정구 B 답 1111㎡ 중 1/3 지분 2009. 11. 12. 매매 2009. 11. 18. C 전 2776㎡ 중 2351/5355 지분 2002. 4. 15. 매매 2002. 4. 15. C 전 2776㎡ 중 6008/10710 지분 2005. 7. 13. 매매 2005. 7. 27. D 답 234㎡ 중 104/234 지분 2002. 4. 15. 매매 2002. 4. 15. D 답 234㎡ 중 10-18 지분 2005. 7. 13. 매매 2005. 7. 27. E 전 307㎡ 중 134/307 지분 2002. 4. 15. 매매 2002. 4. 15. E 전 307㎡ 중 346-614 지분 2005. 7. 13. 매매 2005. 7. 27. F 답 4㎡ 2005. 7. 13. 매매 2005. 7. 27. ⑵ 원고는 2014. 6. 27. 공익사업시행자인 한국토지주택공사에 이 사건 토지를 아래와 같이 대금 합계 2,421,197,650원에 매도하였고, 이 사건 토지에 관하여 2014. 7. 15. 한국토지주택공사 명의의 소유권이전등기(등기원인 2014. 6. 27. 공공용지의 협의취득)가 마쳐주었다.
대상토지 매매대금(원) 성남시 수정구 B 답 1111㎡ 중 1/3 지분 166,650,000 C 전 2776㎡ 1,849,741,330 D 답 234㎡ 200,616,660 E 전 307㎡ 200,653,660 F 답 4㎡ 3,536,000 합계액 2,421,197,650 ⑶ 원고는 2014. 9. 25. 피고에게 조세특례제한법 제69조에 근거한 8년 자경농지 감면세액 2억 원을 적용하여 아래와 같이 2014년 귀속분 양도소득세 206,481,540원을 신고납부하였다.
구분 금액(원) 양도가액 합계액 2,421,197,650 취득가액 합계액 887,229,904 기타 필요경비 합계액 4,254,503 전체 양도차익 1,529,713,243 장기보유특별공제 406,472,345 양도소득금액 1,123,240,898 양도소득기본공제 2,500,000 과세표준 1,120,740,898 산출세액 406,481,541 감면세액 200,000,000 납부할 세액 206,481,541 ⑷ 위 각 토지의 보유기간 동안 원고의 총급여액 등의 합계액이 연 3,700만 원 이상이어서 8년 자경농지 감면대상에 해당하지...