구 지방세법(2010. 1. 1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제172조 제4호 에 의하면 법인세할 주민세는 ‘법인세법의 규정에 의하여 납부하여야 하는 법인세액’을 과세표준으로 하는데, 구 지방세법 제175조 제3항 단서, 구 지방세법 시행령(2008. 2. 29. 대통령령 제20708호로 개정되기 전의 것) 제130조의5 제1항 은 법인의 사업장이 2 이상의 시·군에 소재할 경우에는 그 사업장 소재지를 관할하는 시·군에서 법인세할 주민세를 각각 부과하되, 법인이 각 시·군에 납부할 세액은 ‘법인세 총액 × (당해 시·군 내 종업원 수 / 법인의 총종업원 수 + 당해 시·군 내 건축물 연면적 / 법인의 총건축물 연면적) ÷ 2 × 당해 시·군의 세율’의 산식(이하 ‘산식’이라 한다)에 의하여 계산하도록 규정하고 있다. 산식은 법인세할 주민세의 과세표준이 되는 법인세 총액을 사업장이 소재하는 시·군별로 공정하게 안분하기 위한 것이므로, 산식 중 ‘당해 시·군 내 건축물 연면적’과 ‘법인의 총건축물 연면적’은 동일한 기준에 의하여 산정되어야 한다. 그리고 이때 사업장 소재지 시·군별로 하는 법인세할 주민세 부과처분은 각각 별개의 처분이므로, 어느 시·군의 법인세할 주민세 부과처분이 불복기간의 경과 등으로 확정되어 더 이상 다툴 수 없게 되었다고 하더라도, 다른 시·군에 납부하여야 할 법인세할 주민세를 계산할 때에는 법인세할 주민세를 계산할 때에는 법인세할 주민세 부과처분이 확정된 시·군에 소재하는 건축물의 연면적도 그 확정된 부과처분에서 적용한 기준이 아니라 법령에서 정한 정당한 기준에 따라 산정하여 ‘법인의 총건축물 연면적’을 계산하여야 한다.

법인의 사업장이 2 이상의 시·군에 소재하는 경우, 법인이 각 시·군에 납부할 세액을 정한 구 지방세법 시행령 제130조의5 제1항 의 산식 중 ‘당해 시·군 내 건축물 연면적’과 ‘법인의 총건축물 연면적’이 동일한 기준에 의하여 산정되어야 하는지 여부(적극) 및 어느 시·군의 법인세할 주민세 부과처분이 확정되어 다툴 수 없게 된 상황에서 다른 시·군에 납부하여야 할 법인세할 주민세를 계산할 경우, 확정된 시·군에 소재하는 건축물의 연면적을 확정된 부과처분에서 적용한 기준이 아니라 법령에서 정한 정당한 기준에 따라 산정하여 ‘법인의 총건축물 연면적’을 계산하여야 하는지 여부(적극)

구 지방세법(2010. 1. 1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것) 제172조 제4호 (현행 제89조 제2항 참조), 제175조 제3항 (현행 제89조 제1항 참조), 구 지방세법 시행령(2008. 2. 29. 대통령령 제20708호로 개정되기 전의 것) 제130조의5 제1항 (현행 제88조 참조)

한국수력원자력 주식회사 (소송대리인 법무법인(유한) 태평양 담당변호사 김승호 외 2인)

울진군수 (소송대리인 변호사 황현호)

대구고법 2013. 10. 25. 선고 2012누2222 판결

상고를 기각한다. 상고비용은 피고가 부담한다.

상고이유를 판단한다.

1. 시·군별 법인세할 주민세의 과세권이나 그 세액 산정 등에 관한 법리오해 주장에 관하여

가. 구 지방세법(2010. 1. 1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제172조 제4호 에 의하면 법인세할 주민세는 ‘법인세법의 규정에 의하여 납부하여야 하는 법인세액’을 과세표준으로 하는데, 구 지방세법 제175조 제3항 단서, 구 지방세법 시행령(2008. 2. 29. 대통령령 제20708호로 개정되기 전의 것) 제130조의5 제1항 은 법인의 사업장이 2 이상의 시·군에 소재할 경우에는 그 사업장 소재지를 관할하는 시·군에서 법인세할 주민세를 각각 부과하되, 법인이 각 시·군에 납부할 세액은 ‘법인세 총액 × (당해 시·군 내 종업원 수 / 법인의 총종업원 수 + 당해 시·군 내 건축물 연면적 / 법인의 총건축물 연면적) ÷ 2 × 당해 시·군의 세율’의 산식(이하 ‘이 사건 산식’이라 한다)에 의하여 계산하도록 규정하고 있다.

이 사건 산식은 법인세할 주민세의 과세표준이 되는 법인세 총액을 사업장이 소재하는 시·군별로 공정하게 안분하기 위한 것이므로, 이 사건 산식 중 ‘당해 시·군 내 건축물 연면적’과 ‘법인의 총건축물 연면적’은 동일한 기준에 의하여 산정되어야 한다. 그리고 이때 사업장 소재지 시·군별로 하는 법인세할 주민세 부과처분은 각각 별개의 처분이므로, 어느 시·군의 법인세할 주민세 부과처분이 불복기간의 경과 등으로 확정되어 더 이상 다툴 수 없게 되었다고 하더라도, 다른 시·군에 납부하여야 할 법인세할 주민세를 계산할 때에는 법인세할 주민세 부과처분이 확정된 시·군에 소재하는 건축물의 연면적도 그 확정된 부과처분에서 적용한 기준이 아니라 법령에서 정한 정당한 기준에 따라 산정하여 ‘법인의 총건축물 연면적’을 계산하여야 한다.

나. 원심은, 피고가 그 관할구역 외의 지역에도 사업장을 가지고 있는 원고에게 2003년분 내지 2005년분 법인세할 주민세를 증액·부과하는 이 사건 처분을 하면서, 피고 관할구역 내 사업장의 건축물 연면적에 취·배수관로 등 관로(이하 ‘관로’라 한다)의 면적(수평투영면적, 이하 같다)을 포함시켰으면서도, 다른 시·군 소재 사업장에 관로의 면적은 포함시키지 않고 원고의 ‘총건축물 연면적’을 계산한 것은 위법하다고 판단하였다.

나아가 원심은, 피고가 다른 시·군에 있는 관로의 면적을 함께 고려하지 않고 증액경정한 이 사건 처분을 하였음을 이유로 이 사건 처분 자체의 위법을 다투는 것이므로 증액된 과세표준과 세액에 관한 부분에 대하여 다툴 수 있다고 판단하여, 이와 달리 부과제척기간 및 수정신고 기간이 지났으므로 다른 지방자치단체에 소재한 건축물 연면적의 새로운 추가는 수정신고의 대상이 되지 않아 이를 이유로 다툴 수 없다는 피고의 주장을 받아들이지 아니하였다.

다. 원심판결 이유를 적법하게 채택된 증거들에 비추어 살펴보면, 위와 같은 원심의 판단은 앞서 본 법리 등에 기초한 것으로서, 거기에 상고이유의 주장과 같이 신고납세방식의 법인세할 주민세의 확정, 국세기본법에서 정한 증액경정처분의 효력 및 시·군별 법인세할 주민세에 관한 과세권의 독립성 등에 관한 법리를 오해한 위법이 없다.

2. 증명책임 등에 관한 법리오해 주장에 관하여

일반적으로 조세부과처분의 취소소송에서 과세요건사실에 관한 증명책임은 과세관청에 있으므로, 과세관청이 구체적인 소송과정에서 과세요건사실을 직접 증명하거나 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사실을 밝히지 못하면 그 과세처분은 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이 된다( 대법원 2013. 3. 28. 선고 2010두20805 판결 등 참조).

원심은, 이 사건 처분을 한 피고가 이 사건 처분의 전제사실인 다른 시·군의 관할구역 내에 있는 관로의 면적을 주장·증명할 책임이 있고, 그 면적의 산정이 불가능하지 아니함에도 이를 산출할 수 있는 자료를 제출하지 아니하여 정당한 법인세할 주민세를 계산할 수 없다는 이유로, 이 사건 처분 중 원고가 취소를 구하는 부분을 모두 취소하였다.

원심판결 이유를 기록에 비추어 살펴보면, 이와 같은 원심의 판단은 위 법리에 기초한 것으로서, 거기에 상고이유의 주장과 같이 과세요건사실의 증명책임이나 법원의 석명의무에 관한 법리를 오해하는 등의 위법이 없다.

3. 결론

그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 신영철(재판장) 이상훈 김용덕(주심) 김소영