1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

처분의 경위

원고는 1993. 10. 28. 설립되어 데크플레이트 등의 제조 및 시공 등을 주된 사업으로 하는 법인으로 2008년 사업연도까지는 조세특례제한법상의 중소기업으로서 조세특례를 받다가 2009 사업연도에 매출액이 최초로 1,000억 원 이상이 되어 중소기업에 해당하지 않게 되었다.

원고는 2013 사업연도, 2015 사업연도 법인세 신고시 매출액이 104,434,000,000원, 107,493,000,000원으로 중소기업에 해당하지 않으나, 2010. 12. 30. 대통령령 제22583호로 개정된 조세특례제한법 시행령(이하 ‘개정 후 조세특례제한법 시행령’이라 한다) 제2조 제2항 본문에 따른 중소기업 유예기간이 적용되는 것으로 보고 연구인력개발 세액공제 등을 하여 2013, 2015 사업연도 법인세를 각 신고하였다.

피고는 2016. 11. 1. 원고에게, 구 조세특례제한법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22583호로 개정되기 전의 것, ‘이하 구 조세특례제한법 시행령’이라 한다) 제2조 제2항 본문에 따라 2012 사업연도까지 중소기업 유예기간이 적용되고 2013, 2015 사업연도에는 중소기업 유예기간이 적용되지 않음을 이유로 세액공제 등을 인정하지 아니하고 2013 사업연도 법인세 639,748,970원(일반과소신고가산세 804,854원, 납부불성실가산세 153,980,807원 포함), 2015 사업연도 법인세 382,878,490원(일반과소신고가산세 32,879,218원, 납부불성실가산세 21,207,095원 포함)을 경정고지하였다

(이하 '이 사건 처분‘이라 한다). 원고는 2017. 1. 9. 이에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2017. 6. 30. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지 이 사건 처분의 적법 여부 원고의 주장 개정 후 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항...