[1] 회사의 조직변경은 실질에 있어 회사의 신규설립과는 본질적으로 다르므로 실질과세원칙의 정신에 비추어 볼 때 지방세법 제137조 제1항 제1호 제1목 소정의 ‘설립’에 해당하지 아니한다. 따라서 조직변경에 의한 법인등기에 위 규정에 따른 등록세율을 적용한 처분은 위법하다. [2] 지방세법의 규정상 등록세는 등기 또는 등록이라는 외형적, 형식적인 사실의 존재를 과세대상으로 하므로 등록의 실질이 어떠한지는 세금 부과에 영향을 주지 아니한다. [3] 지방세법 제82조에 의하여 준용되는 국세기본법 제14조 실질과세원칙의 정신에 비추어 볼 때, 지방세법 제137조 제1항 제1호 제1목 소정의 ‘설립’에 해당하는지 여부는 등기신청서 또는 등기부의 형식적인 기재에 불구하고 등기원인 또는 권리관계의 실질을 고려하여 판단하여야 하고, 위 규정의 형식이나 내용에 비추어 이는 법인의 신규 설립시 기존에 없던 자본이나 출자가 새로이 이루어지고 경제활동의 새로운 주체가 등장하는 현상을 과세물건으로 삼겠다는 취지로 해석하여야 한다. [4] 회사의 조직변경은 회사가 그 인격의 동일성을 보유하면서 법률상의 조직을 변경하여 다른 종류의 회사로 변경되는 것이므로, 영리를 목적으로 하는 하나의 단체를 형성함과 동시에 그 단체로 하여금 법률상의 인격을 갖추도록 하는 회사의 설립과는 완전히 구별된다. 다만 조직변경을 할 때에도 구 회사에서는 해산등기, 신 회사에 있어서는 설립등기를 하여야 하지만 이는 등기기술상의 처리에 불과하므로 실질에 있어 회사의 설립과는 전혀 다르다. 지방세법 제137조 제1항 제1호 제1목 은 ‘불입한 주식금액이나 출자금액 또는 현금 이외의 출자가액’을 등록세의 과세표준으로 규정하고 있다. 그런데 주식회사가 유한회사로 조직변경 되는 경우에는 주식회사에 현존하는 순재산액의 범위 내에서 유한회사 자본의 총액이 결정될 뿐 새로이 출자금액의 불입 또는 현금 이외의 출자가 이루어지는 것이 아니고 단지 각 주주가 주식회사가 해산되어 받게 되는 잔여재산 분배액의 전부 또는 일부를 다시 출자하여 유한회사에 참가하는 형식을 취할 뿐이다. 이런 모든 사정을 종합할 때 회사의 조직변경은 지방세법 제137조 제1항 제1호 제1목 소정의 ‘설립’에 해당한다고 볼 수 없고, 지방세법 해석 매뉴얼과 상급 조세관청인 행정안전부의 해석은 과세관청 내부에서 세법의 해석기준 및 집행기준을 시달한 행정해석에 불과하고 법원이나 국민을 기속하는 효력이 있는 법규는 아니며, 지방세법 제137조 제1항 제1항 제1호 제1호 제1목 내지 의 규정과 적절하다.

콘티넨탈오토모티브일렉트로닉스 유한회사 (소송대리인 변호사 최석진)

청원군수

2009. 9. 10.

1. 피고가 2008. 12. 23. 원고에 대하여 한 등록세 88,023,000원 및 지방교육세 17,604,600원의 부과처분 중 등록세 23,000원 및 지방교육세 4,600원을 초과하는 부분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

주문과 같다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 1995. 8. 18. 주식회사로 설립된 후 몇 차례의 상호 변경을 거쳐 2008. 12. 23. 현재와 같이 유한회사로 조직이 변경되었다. 위 조직변경 당시 원고의 본점 소재지는 충북 청원군 부용면 금호리 249이고, 자본 총액은 22,000,000,000원이며, 이사 겸 대표이사는 소외 1이고, 그 외 이사는 소외 2, 벨기에국인 소외 3, 미합중국인 소외 4, 독일국인 소외 5, 독일국인 소외 6 6인이 더 있었으나 위와 같은 조직변경에도 불구하고 회사의 기존적인 사항은 전혀 바뀌지 않았다.

나. 원고가 조직변경에 따라 유한회사의 설립등기를 하자, 피고는 원고에게 자본 총액에 지방세법 제137조 제1항 제1호 제1목 소정의 세율을 적용하여 산출한 등록세와 그 100분의 20에 해당하는 지방교육세를 납부하라고 요구하였고, 원고는 이에 따라 2008. 12. 23. 등록세 88,023,000원 및 지방교육세 17,604,600원을 신고납부 하였다(이하 위 신고납부를 ‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1, 2호증의 각 기재

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

(1) 원고의 주장

회사의 조직변경은 실질에 있어 회사의 신규설립과는 본질적으로 다르므로 실질과세원칙의 정신에 비추어 볼 때 지방세법 제137조 제1항 제1호 제1목 소정의 ‘설립’에 해당하지 아니한다. 따라서 조직변경에 의한 법인등기에 위 규정에 따른 등록세율을 적용한 이 사건 처분은 위법하다.

(2) 피고의 주장

지방세법의 규정상 등록세는 등기 또는 등록이라는 외형적, 형식적인 사실의 존재를 과세대상으로 하므로 그 등록의 실질이 어떠한지는 세금 부과에 영향을 주지 아니한다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

지방세법 제82조 에 의하여 준용되는 국세기본법 제14조 실질과세원칙의 정신에 비추어 볼 때, 지방세법 제137조 제1항 제1호 제1목 소정의 ‘설립’에 해당하는지 여부는 등기신청서 또는 등기부의 형식적인 기재에 불구하고 등기원인 또는 권리관계의 실질을 고려하여 판단하여야 하고, 위 규정의 형식이나 내용에 비추어 이는 법인의 신규 설립시 기존에 없던 자본이나 출자가 새로이 이루어지고 경제활동의 새로운 주체가 등장하는 현상을 과세물건으로 삼겠다는 취지로 해석하여야 한다.

회사의 조직변경은 회사가 그 인격의 동일성을 보유하면서 법률상의 조직을 변경하여 다른 종류의 회사로 변경되는 것이므로, 영리를 목적으로 하는 하나의 단체를 형성함과 동시에 그 단체로 하여금 법률상의 인격을 갖추도록 하는 회사의 설립과는 완전히 구별된다. 다만 조직변경을 할 때에도 구 회사에서는 해산등기, 신 회사에 있어서는 설립등기를 하여야 하지만 이는 등기기술상의 처리에 불과하므로 그 실질에 있어 회사의 설립과는 전혀 다르다.

지방세법 제137조 제1항 제1호 제1목 은 ‘불입한 주식금액이나 출자금액 또는 현금 이외의 출자가액’을 등록세의 과세표준으로 규정하고 있다. 그런데 주식회사가 유한회사로 조직변경 되는 경우에는 주식회사에 현존하는 순재산액의 범위 내에서 유한회사 자본의 총액이 결정될 뿐 새로이 출자금액의 불입 또는 현금 이외의 출자가 이루어지는 것이 아니고 단지 각 주주가 주식회사가 해산되어 받게 되는 잔여재산 분배액의 전부 또는 일부를 다시 출자하여 유한회사에 참가하는 형식을 취할 뿐이다.

이런 모든 사정을 종합할 때 회사의 조직변경은 지방세법 제137조 제1항 제1호 제1목 소정의 ‘설립’에 해당한다고 볼 수 없고, 피고가 이 사건 처분의 근거로 들고 있는 ‘지방세법 해석 운용 매뉴얼’과 상급 조세관청인 행정안전부의 해석은 과세관청 내부에서 세법의 해석기준 및 집행기준을 시달한 행정규칙이나 행정해석에 불과하고 법원이나 국민을 기속하는 효력이 있는 법규는 아니며, 지방세법 제137조 제1항 제1호 제2목 이나 같은 항 제2호 내지 제5호 의 각 규정도 회사의 조직변경에 적용하기는 적절치 아니하므로, 결국 회사의 조직변경에 관하여는 같은 항 제6호 의 규정에 따라 매 1건당 23,000원의 등록세율을 적용하여야 한다.

따라서 이 사건 처분 중 지방세법 제137조 제1항 제6호 소정의 등록세율에 의한 등록세 23,000원과 그 100분의 20에 해당하는 지방교육세 4,600원을 초과하는 부분은 위법하다.

3. 결론

원고 청구 인용.

[별지 생략]

판사 황성주(재판장) 이지영 신정일