조심2013서1595 (2013.12.11)

연봉제계약서가 사후에 작성되었다는 증거가 없고 주총결의에 의한 임원퇴직금 지급규정에 따른 퇴직금 지급은 손금불산입할 수 없음

연봉제계약서가 사후에 작성되었다는 증거가 없고 가족회사의 경우 주총결의의 형식의 갖추어져 있지 못하더라도 주총결의에 의한 임원퇴직금 지급규정은 유효하며, 그에 따른 퇴직금 지급은 손금불산입대상에 해당하지 아니하고 시가등을 알 수 없어 부당행위계산부인규정 적용할 수 없음

2014구합53964법인세부과처분취소

주식회사 AAAA

남대문세무서장

2014. 9. 4.

2014. 10. 16.

1. 피고가 2013. 1. 2. 원고에 대하여 한 2009년 법인세 ○○○원(납부불성실 가산세 ○○○원, 일반과소신고가산세 ○○○원 포함) 중 법인세 ○○○원(납부불성실가산세 ○○○원, 일반과소신고가산세 ○○○원)을 초과하는 부분, 2010년 법인세 ○○○원(납부불성실가산세 ○○○원, 일반과소신고가산세 ○○○원 포함), 2011년 법인세 ○○○원(납부불성실가산세 ○○○원, 일반과소신고 가산세○○○원, 부당과소신고가산세 ○○○원,계산서등불성실가산세 ○○○원 포함)의 부과처분을 모두 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 1968. 4. 6. 설립되어 부동산임대업을 영위하여 온 법인으로, 원고의 주주구성 및 이사회 구성은 다음의 [표1]과 같다.

[표1, 2011. 12. 31. 현재 기준]

성명

직책

주식수(주)

지분율(％)

관계

비고

BBB

대표이사

○○○주

62.96

대표이사 본인

CCC

상무이사

○○○주

16.00

배우자

2011.8.31. 퇴사

DDD

전무이사

○○○주

7.01

자

EEE

-

○○○주

7.01

자

FFF

이사

○○○주

7.02

자

합계

○○○주

100

나. 원고는 2010. 6. 18. "임원의 보수 또는 퇴직한 임원의 퇴직금은 주주총회의 의결을 거친 임원퇴직금규정에 의한다."라고 규정한 원고의 정관 제33조에 따라 주주총회의결을 통하여 '임원퇴직금지급규정(이하 '이 사건 퇴직금규정'이라 한다)'을 제정하였다.

다. 이후 원고는 2011. 12. 30. 이사회에서 종전에 월급제로 운영하던 임원급여체계를 2012 사업연도부터 연봉제로 전환하고 그때까지의 퇴직금을 정산하여 지급하기로 의결하였다.

라. 이에 따라 원고는 이 사건 퇴직금규정의 퇴직금 산정방식에 따라 원고의 대표이사인 BBB 및 전무이사인 DDD의 퇴직금액을 산정한 후, 2011. 12. 31. 이사회에서 BBB에게 ○○○원, DDD에게 ○○○원 합계 ○○○원의 퇴직급여(이하 '이 사건 퇴직급여'라 한다)를 지급하기로 의결하였다.

마. 원고는 이 사건 각 퇴직급여를 BBB과 DDD에게 각각 지급하였으며, 2011년

법인세 신고 시 이를 손금에 산입하였다.

바. 한편, 원고는 원고의 명의로 차량(이하 '이 사건 차량'이라 한다)을 리스의 형태로 운영하면서, 위 차량과 관련된 아래의 [표2]와 같은 비용들을 지출하고, 이를 각 사업연도의 법인세 신고 시 손금에 산입하였다.

[표2, 단위 : 원]

2009년

2010년

2011년

리스료

○○○

○○○

○○○

유류대 등

○○○

○○○

○○○

합계

○○○

○○○

○○○

사. 피고는 원고에 대하여 2012. 8. 29.부터 2012. 10. 19.까지 세무조사를 실시한 다음, 이 사건 퇴직급여는 BBB과 DDD이 현실적으로 퇴직을 한 것이 아님에도 불구하고 근거 없이 지급된 것이라는 이유로, 이 사건 차량경비는 원고의 업무와 무관하게 지출된 비용이라는 이유로 이를 각각 손금불산입 한 후, 2013. 1. 2. 원고에 대하여 2009년법인세 ○○○원,2010년법인세 ○○○원,2011년법인세 ○○○원의 부과처분을 하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다)

아. 원고는 이 사건 처분에 불복하여(다만, 원고는 주문 기재와 같이 2009년 법인세에 대해서는 그 전체가 아닌 이 사건 차량과 관련된 부분만을 다투고 있고, 피고는 2013. 1. 29. 2010년 법인세를 ○○○원으로 감액경정하였다.) 2013. 3. 26. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원이 2013. 12. 11. 이를 기각하자, 여기에 불복하여 2014. 3. 10. 이 사건 소를 제기하였다.

[인정근거 : 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 을 제1 내지 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지]

2. 주장 및 판단

가. 원고의 주장

1) 이 사건 퇴직급여

이 사건 퇴직급여는 적법하게 제정된 이 사건 퇴직금규정에 따라 지급된 것이며, BBB과 CCC은 실제로 연봉제로 전환을 하였다.

2) 이 사건 차량의 비용

이 사건 차량과 관련하여 지출된 비용은 실제로 원고의 업무와 관련된 것이다.

나. 관계법령

별지와 같다.

다. 판단

1) 이 사건 퇴직급여

이 사건 처분의 사유 중 이 사건 퇴직급여 부분과 관련된 처분사유는, � '이 사건 퇴직금규정을 제정한 주주총회와 연봉제 전환을 의결한 이사회의 결의의 효력을 인정할 수 없다.'는 점과, 'BBB과 DDD은 실제로 연봉제로 전환한 사실이 없다.'는 점, '이 사건 퇴직급여가 법인세법 제19조의 손금산입 요건에 해당하지 않는다.'는 점, '부당행위계산부인에 해당한다.'는 점 등이므로, 이하에서는 위 각 처분사유가 적법한지 여부에 대하여 살펴보기로 한다.

가) 주주총회와 이사회 결의의 효력

이 사건 퇴직급여 지급의 기준이 된 이 사건 퇴직금규정은 원고의 2010. 6. 18.자 주주총회(이하 '이 사건 주주총회'라 한다)에서 제정된 것이고, 이 규정에 따라 퇴직금이 산정되어 BBB과 DDD에게 지급된 사실은 앞서 살펴본 바와 같은데, 피고는 이 사건 주주총회가 상법상 주주총회소집절차를 거치지 않았다는 점을 들어 이 사건 주주총회의 효력을 인정할 수 없다는 취지로 주장하고 있다.

그러나 구 상법(2014. 5. 20. 법률 제12591호로 개정되기 전의 것, 이하 '상법'이라 한다) 제363조는 제1항에서 주주총회를 소집할 때에는 주주총회일의 2주 전에 각 주주에게 서면으로 통지를 발송하거나 각 주주의 동의를 받아 전자문서로 통지를 발송하여야 한다. 다만, 그 통지가 주주명부상 주주의 주소에 계속 3년간 도달하지 아니한 경우에는 회사는 해당 주주에게 총회의 소집을 통지하지 아니할 수 있다.", 제2항에서 "제1항의 통지서에는 회의의 목적사항을 적어야 한다."라고 규정하면서도, 제5항에서 "자본금 총액이 10억원 미만인 회사는 주주 전원의 동의가 있을 경우에는 소집절차 없이 주주총회를 개최할 수 있다"라고 규정하고 있는바, 이는 자본금의 규모가 작은 영세한 회사 또는 주주의 구성이 가족 등으로 폐쇄적으로 이루어져 있는 소규모 회사의 경우에는 비록 주식회사의 형태를 취하고 있다고 하더라도 실제로는 개인회사와 같이 경영이 이루어지는 경우가 보통이므로 이러한 경우까지 엄격하게 주주총회의 소집절차를 거치도록 하는 것은 불필요한 비용을 초래하고 오히려 거래의 안전을 해칠 수 있다고 보는 것에 규정의 취지가 있다고 해석되는바, 2010. 6. 18.경 원고의 주주현황은 [표1] 기재와 같이 대표이사 윤PP과 그 가족들로 구성된 상황이었던 사실은 앞서 본 바와 같고(또한 그 당시는 김QQ이 윤PP과의 불화 등으로 원고의 사내이사에서 사퇴하기 이전이다),갑 제13호증의 기재에 의하면 원고의 자본금 총액은 ○○○원에 불과한 사실을 인정할 수 있으며, 을 제5호증의 1의 기재에 의하면 2010. 6. 18.자 임시주주총회 의사록에는 주주의 총수(5인)와 주식총수(○○○주), 출석주주의 수와(3인) 그들의 주식수(○○○주)가 기재되어 있으며 출석주주의 기명날인이 갖추어져 있는 사실을 인정할 수 있고, 여기에 원고의 주주들은 모두 동거가족이었으므로 주주 구성원들이 소집절차 없는 주주총회의 소집에 반대할 이유가 없고, 피고가 원고의 주주들 중 이 사건 주주총회의 소집절차 없는 소집에 반대한 사람이 있다는 점을 주장・입증하지도 않고 있는 점을 더하여 보면, 이 사건 주주총회는 상법 제363조 제5항에 의하여 적법한 주주총회라고 해석하야야 한다.

한편, 피고는 2011. 3. 31.자 주주총회의 주주총회의사록(을 제5호증의 2)에는 주주총수가 4명, 출석주주가 3명, 출석주주의 주식수가 ○○○주로 되어 있어 이 사건 주주총회의 주주총회의사록 기재와 다르므로 이 사건 주주총회의 진정성에 의심이 간다는 취지로 주장하나, 2011. 3. 31.자 주주총회의 주주총회의사록에 원고의 실제 주주현황과 다른 기재가 있다고 하더라도 이 사건 주주총회의 주주총회의사록에는 아무런 하자가 없는 이상, 다른 날짜의 주주총회 의사록에 잘못된 기재가 있다는 사정만으로 이 사건 주주총회의 효력이 부인된다고 할 수는 없다.

또한, 원고는 2011. 12. 30. 이사회를 개최하여(이하 '이 사건 이사회'라 한다) 임원들에 대한 급여체계를 월급제에서 퇴직금을 포함하는 연봉을 지급하기로 하는 '연봉제'로 전환하고 이에 따라 그때까지의 퇴직금을 정산하여 주기로 의결하였는데, 피고는 이 사건 이사회 의사록에는 구체적인 연봉제 전환대상자 및 그 지급절차 등이 나타나 있지 아니하므로 위 이사회 의결을 근거로 이 사건 퇴직급여를 지급할 수는 없다는 취지로 주장하고 있다. 그러나 당시 원고의 이사로는 가족관계에 있는 대표이사 BBB과 사내이사 DDD, FFF의 3인만이 재직중인 상태였고(을 제4호증) 그 중 2명인 BBB과 DDD이 이 사건 퇴직급여의 지급 상대방이므로, 연봉제로의 전환 및 그 내용에 관하여 이사 상호간 의견이 불일치했을 가능성은 없다고 보이는 점, 상법 제393조는 "중요한 자산의 처분 및 양도, 대규모 재산의 차입, 지배인의 선임 또는 해임과 지점의 설치,이전 또는 폐지 등 회사의 업무집행은 이사회의 결의로 한다."라고 규정하고 있어, 회사 소속 이사들에 대한 연봉제 전환이 반드시 이사회의 심의를 거쳐야 하는 사항은 아니라고 할 것인 점 등을 고려해 보았을 때, 피고가 주장하는 바와 같은 사정으로 인하여 이 사건 퇴직급여의 지급이 위법하다고 할 수는 없다(한편, 피고는 2011. 12. 31.자 이사회의 결의에 대해서는 다투지 않고 있는 취지로 보이나, 설령 다투고 있는 취지라고 하더라도 이에 대한 판단은 위와 같다고 보아야 한다.)

나) 연봉제 전환의 실체

원고가 BBB, DDD에 대한 연봉제 전환의 근거로 제시하고 있는 것은 앞서 살펴본 주주총회 및 이사회 의사록에 더하여 갑 제6호증(연봉근로계약서, 이하 '이 사건 연봉계악서'라 한다)이고, 이에 대하여 피고는 피고가 원고에 대한 세무조사 과정에서 서류제시를 요구하였는데 원고의 관계자가 당시 연봉계약에 관한 별다른 계약서 등이 없다고 하며 서류제시 요구에 응하지 않던 중 세무조사 중지 신청 이후인 2012. 10. 16.에 이르러서야 위 연봉계약서를 제출한 점 등에 비추어 볼 때 원고가 주장하는 연봉제전환은 신뢰성이 없다는 취지로 주장하면서, 이에 부합하는 듯한 증거로 을 제7호증을 제시하고 있다.

그러나 앞서 살펴본 인정사실 및 증거에 갑 제7호증의 기재 및 증인 GGG의 진술과 변론 전체의 취지를 더하여 보면, 원고가 BBB, DDD에 대한 급여 지급을 연봉제로 전환하기로 한 직후인 2012. 1. 3. 원고의 경리직원이 HHH 세무사 사무실을 방문하여 BBB과 DDD에 대한 퇴직금의 세금계산을 의뢰한 사실, 당시 원고가 HHH 세무사 사무실에 세금계산을 의뢰하면서 이에 필요한 서류들을 제출하였는데 여기에는 이 사건 연봉계약서도 포함되어 있었던 사실, 원고는 세무조사 착수 이후 이 사건 연봉계약서의 존부가 문제가 되자 2012. 9. 13.경 원고에 대한 부가가치세신고서, 급여대장, 원천징수영수증 등이 함께 편철되어 있는 서류들과 함께 이 사건 연봉계약서를 돌려받았는데, 그 무렵 원고가 세무조사 대리인으로 선임한 III 세무사가 이 사건 연봉계약서를 다른 소명자료와 함께 2012. 10. 16. 피고 조사반에 제출한 사실 등을 인정할 수 있는바, 위 각 사실들을 종합하여 보면, 2011. 12. 31.경 원고와 BBB, DDD 사이에는 연봉제 전환에 관한 의사합치가 있었던 것으로 보는 것이 타당하다.

이에 대하여 다시 피고는 을 제15호증을 제시하고 있고, 을 제15호증에는 '피고의 직원이 세무조사 당시 III 세무사 사무실을 방문하여 실무담당자에게 보관서류가

있는지 여부를 물었으나, 보관중인 서류가 없다고 대답한 사실이 있다.'라는 취지의 기재가 있으나, 을 제15호증은 문서에 서명・날인이 없을 뿐만 아니라 그 작성명의인조차 존재하지 않는 단순한 출력물에 불과하여 이를 위 인정사실을 뒤집는 증거로 사용할 수는 없고, 을 제7호증의 기재만으로는 위 인정사실을 뒤집기에 부족하며, 그 외에 피고는 단순히 GGG의 진술을 믿기 힘들다고 주장하고 있는 것에 불과하다.

다)\u3000 이 사건 퇴직급여가 법인세법 제19조의 손금산입 요건에 해당하지 않는다는 점

법인세법 제19조 제1항은 "손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다.", 제2항은 "제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.", 제4항은 "제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다."라고 각각 규정하고 있으며, 그 위임을 받은 법인세법 시행령 제19조 제3호는 위 법인세법 규정에 따른 손비의 하나로 '인건비'를 열거하고 있다. 한편, 법인세법 제26조는 "다음 각 호의 손비 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정하는 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다."라고 규정하면서 제1호에서 "인건비"를 들고 있고, 법인세법 시행령 제44조는 손금에서 제외되는 퇴직급여에 대하여 규정하고 있다. 그런데 위 각 규정에 따르면, 법인세법 제26조 및 법인세법 시행령 제44조의 규정에 따른 퇴직급여의 손금불산입 규정은 법인세법 제19조 제1항에서 규정하고 있는 "이 법에서 달리 정하는 사항"에 해당한다고 해석되고, 법인세법 시행령 제44조 제5항, 제4항 제1호 의하면 이 사건 퇴직금규정이유효한 이상 이 사건 퇴직급여는 손금산입의 대상이 된다고 할 것이므로, 결국 이 사건 퇴직급여는 법인세법 제19조가 정하고 있는 손금에 포함된다고 보아야 한다. 따라서 '이 사건 퇴직급여가 법인세법 제19조의 손금산입 요건에 해당하지 않는다는 점' 역시 이 사건 처분의 적법한 처분사유가 될 수 없다. 그런데 앞서 살펴본 바와 같이 이 사건 퇴직금규정을 제정한 주주총회 결의가 유효한 이상 이 사건 퇴직급여는 법인세법 시행령 제44조 제5항, 제4항 제1호에 따른 손금산입의 대상이 된다고 할 것이고, 위 각 규정에 따르면, 법인세법 제26조 및 법인세법 시행령 제44조의 규정에 따른 퇴직급여의 손금불산입 규정은 법인세법 제19조 제1항에서 규정하고 있는 "이 법에서 달리 정하는 사항"에 해당한다고 해석되므로, 결국 이 사건 퇴직급여는 법인세법 제19조가 정하고 있는 손금에 포함된다고 보아야 한다. 따라서 '이 사건 퇴직급여가 법인세법 제19조의 손금산입 요건에 해당하지 않는다는 점' 역시 이 사건 처분의 적법한 처분사유가 될 수 없다.

라) 부당행위계산부인에 해당한다는 점

법인세법 제52조 제1항은 "납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다."라고, 제2항은 "제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율,이자율,임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 시가 라 한다)을 기준으로 한다."라고 각각 규정하고 있으며, 그 위임을 받은 법인세법 시행령은 제88조에서 '부당행위계산부인의 유형 등'을, 제89조에서 '시가의 범위 등'을 각각 규정하고 있다.따라서 법인과 특수관계인 사이의 어떤 거래행위의 결과가 위 부당행위계산부인 규정에 해당한다는 이유로 손금불산입 되기 위해서는, 법인세법 시행령 제88조 각호의 부당행위계산부인의 유형에 해당해야 할뿐만 아니라, 손금불산입되는 범위를 정하기 위한 기준이 되는 '시가' 역시 법인세법 시행령 제89조에 의하여 특정될 것이 요구된다고 해석되는바, 위 각 규정에 비추어 이 사건으로 돌아와 살펴보면, 다음과 같은 이유에서 '이 사건 퇴직급여의 지급이 부당행위계산부인에 해당한다는 점'은 이 사건 처분의 적법한 사유가 될 수 없는 것으로 판단된다.

피고는 원고가 BBB과 DDD에게 이 사건 퇴직급여를 지급한 것이 부당행위계산부인에 해당하는 거래행위라고 주장하면서도, 법인세법 시행령 제88조의 어느 유형에 해당하여 이 사건 처분이 이루어진 것인지 밝히지 않고 있지 않다.

피고는 이 사건 처분을 함에 있어서 부당행위계산부인의 기준이 되는 시가를 특정하지 못하고 있다(법인세법 시행령 제44조 제4항 제2호가 정하는 금액은 정관에 퇴직급여가 정해지지 않은 경우 손금산입되는 퇴직금에 관한 계산규정일 뿐 시가를 정하는 규정으로 볼 수는 없다).

따라서 이 점 역시 이 사건 처분의 적법한 처분사유가 될 수 없다.

마) 소결론

결국 '이 사건 퇴직금규정을 제정한 주주총회와 연봉제 전환을 의결한 이사회의 결의의 효력을 인정할 수 없다.'는 점과, '윤PP과 윤RR은 실제로 연봉제로 전환한 사실이 없다.'는 점, '이 사건 퇴직급여가 법인세법 제19조의 손금산입 요건에 해당하지 않는다.'는 점, '부당행위계산부인에 해당한다.'는 점은 모두 이 사건 처분의 적법한 처분사유가 될 수 없다.

2) 이 사건 차량의 비용

법인세법 제27조는 "내국법인이 각 사업연도에 지출한 비용 중 다음 각 호의 금액은 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다."라고 규정하고 있고, 제1호는 "해당 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 자산으로서 대통령령으로 정하는 자산을 취득?관리함으로써 생기는 비용 등 대통령령으로 정하는 금액."을 열거하고 있으며, 그 위임을 받은 법인세법 시행령 제49조 제2호 나목은 "업무에 직접 사용하지 아니하는 자동차"를 규정하고 있다. 한편, 과세처분의 적법성에 대한 입증책임은 과세관청에게 있으므로 과세소득확정의 기초가 되는 필요경비도 원칙적으로 과세관청이 그 입증책임을 부담하나, 필요경비의 공제는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 필요경비의 기초가 되는 사실관계는 대부분 납세의무자의 지배영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증케 하는 것이 합리적인 경우에는 입증의 필요를 납세의무자에게 돌려야 하고(대법원 1992. 7. 28. 선고 91누10909 판결 등 참조), '법인의 업무에 관련이 없는 자산'인지의 여부는 법인의 사업목적, 당해 자산을 취득하게 된 경위, 용도, 사용실태, 취득 후 경과한 기간, 당해 법인과의 업무와의 관련정도 등을 종합적으로 고려하여 결정하여야 할 것이다(대법원 1992.6. 23. 선고 91누11506 판결 등 참조).

위 각 규정과 관련법리를 종합하여 보면, 어느 회사가 업무용으로 자동차를 구입하여 이를 사용하는 경우 이에 관련된 비용을 손금에 산입하기 위해서는 당해 회사가 자동차에 관해서 지출된 비용이 있다는 점을 입증할 필요가 있다고 할 것이며, 반대로 과세관청이 그 자동차에 관하여 지출된 법인이 업무와 무관한 비용임을 이유로 이를 손금불산입하기 위해서는 당해 법인의 사업목적, 회사가 당해 자동차를 취득하게 된 경위, 자동차의 용도와 사용실태, 자동차를 취득한 후의 경과기간, 당해 회사 업무와의 관련성, 주된 사용자의 주거와 회사의 위치에 비추어 볼 때 당해 자동차가 주로 그 동선에 있지 않았다는 점 등에 대한 소명을 통해 그 자동차가 당해 회사의 업무와 무관한 자동차라는 점에 대하여 최소한의 입증을 할 필요가 있다. 왜냐하면, 자동차의 경우 그 특성상 장소가 고정되어 있지 아니하고 사용자도 반드시 특정되어 있지 아니하며, 주된 용도가 회사의 업무 목적에 사용되는 것이라고 하더라도 부수적으로는 다른 목적에 사용되는 경우가 생기기 때문에, 이와 같이 해석하지 아니할 경우 회사가 자동차에 관하여 지출한 비용은 항상 손금불산입될 우려가 있기 때문이다.

그런데, 앞서 살펴본 인정사실 및 증거들에 의하면, 원고가 이 사건 차량에 관하여 지출한 비용은 [표2]의 기재와 같은 반면에, 피고는 이 사건 차량에 관하여 지출된 비용을 손금불산입한 근거로 이 사건 차량에 관하여 지출된 비용 중 일부가 원고의 사무실 소재지가 아닌 성남시 분당구에서 결제된 점 외에는 아무런 자료를 제시하지 못하고 있는바, 이것만으로는 이 사건 차량이 원고의 업무와 무관한 자동차라는 점에 대한 최소한의 입증이 이루어졌다고 할 수도 없고, 비록 부동산임대업을 영위하는 법인이라고 할지라도 영리를 추구하는 이상 그 업무상 최소한 1대의 차량은 필요하다고 보는 것이 타당한 것으로 보이므로(특히 원고의 경우 인적・물적 시설이 전혀 없이 부동산 소유관계의 편의만을 도모하기 위한 법인이 아니라, 관리실장과 경리담당자 등 그 상근직원들이 있고, 사무실도 존재하는 법인이다), 이 사건 처분 중 이 사건 차량에 지출된 비용을 손금불산입한 부분 역시 이 사건 처분의 적법한 처분사유가 될 수 없다.

라. 소결론

결국 원고가 다투고 있는 이 사건 처분의 사유들은 모두 위법하므로 이 사건 처분은 원고가 구하는 범위 내에서 취소되어아 한다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 있으므로 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.