1. 피고가 2013. 1. 2. 원고에 대하여 한 상여처분액 4,979,423,000원의 소득금액변동통지처분을...

1. 처분의 경위

가. 원고는 1955. 10. 1. 설립되어 부동산입대업을 영위하는 법인으로, 2009. 12. 9. 당시 제2대 주주인 소외 B의 주식을 유상감자한 후 원고의 대표이사인 C이 원고의 1인주주가 되었다.

나. 원고는 2010. 1. 26. 정관을 개정하여 정관에 임원에 대한 퇴직금을 주주총회의 결의로 정할 수 있도록 하는 규정을 두었고(원고의 정관 제35조, 이하 ‘이 사건 정관 규정’이라 한다), 2010. 9. 8. 임시주주총회를 통하여 퇴직금의 지급에 대한 상세한 내용을 규정한 퇴직급여지급기준(이하 ‘이 사건 퇴직급여기준’이라 한다)을 제정하였다.

다. 원고는 원고의 대표이사 C과 이사 D에 대하여 연봉제 전환을 이유로 퇴직급여를 2011. 12. 31.자로 중간정산하면서, C에게 5,043,452,000원, D에게 1,176,971,000원 합계 6,220,434,000원(이하 ‘이 사건 퇴직급여’라 한다)을 지급하였고, 이를 2011년 사업연도의 손금에 산입하였다. 라.

서울지방국세청은 2012. 11. 원고에 대한 세무조사를 실시하여 “이 사건 퇴직급여기준이 특정임원만을 위하여 만들어진 것이고, 그에 따른 이 사건 퇴직급여는 과도하게 지급된 것이다.”라는 이유로, 이 사건 퇴직급여 중 구 법인세법 시행령(2012. 2. 2. 대통령령 제23589호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법인세법 시행령’이라 한다) 제44조 제4항에 의해서 ‘정관에 퇴직급여로 지급할 금액이 정해진 경우 외의 임원퇴직급여 한도액’에 해당하는 1,241,000,000원을 초과하는 금액인 4,979,423,000원을 손금불산입하고 대표이사 C에 대하여 4,035,452,000원, D에 대하여 943,971,000원의 상여처분을 하도록 피고에게 통보하였으며, 피고는 위 통보에 따라 2013. 1. 2. 원고에게 4,949,423,000원의 소득금액변동통지(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)를 하였다.

마....