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전심사건번호
조심2012서1281(2012.09.05)
제목
재수탁업체의 전담부서 보유 여부에 따른 세액공제 가능 여부
요지
위탁연구개발의 경우 수탁업체가 전담부서를 보유하기만 하면 재수탁업체가 전담부서를 보유하지 않더라도 세액공제비용에 해당하는 것으로 해석하는 것은 자체연구개발의 경우와의 조세형평에 반하는 것임
사건
2012구합29509법인세부과처분취소
2012구합31892(병합)법인세부과처분취소
2012구합32369(병합)법인세부과처분취소
2012구합32536(병합)법인세부과처분취소
2012구합38428(병합)법인세부과처분취소
2012구합40834(병합)법인세부과처분취소
원고
1.AAAA 주식회사 2.BBBBBB 주식회사
3.CCCCCCC 주식회사 4.DDDDDDC 주식회사
5.EEEE은행 6.FFFFFFFFF
피고
1.영등포세무서장 2.남대문세무서장 3.종로세무서장
변론종결
2013. 5. 3.
판결선고
2013. 7. 5.
주문
1. 원고들의 청구를 모두 기각한다.
2. 소송비용은 원고들이 부담한다.
청 구 취 지
피고 영등포세무서장이 2011. 2. 11. 원고 AAAA 주식회사(이하 '원고 AAAA'이라 한다)에 대하여 한 2007. 4. 1. ~ 2008. 3. 31. 사업연도 법인세 OOOO원, 2009. 4. 1. ~ 2010. 3. 31. 사업연도 법인세 OOOO원의 각 부과처분을 취소한다. 피고 남대문세무서장이 2011. 3. 11. 원고 BBBBBB 주식회사(이하 '원고 BBBBBB'이라 한다)에 대하여 한 2007. 4. 1. ~ 2008. 3. 31. 사업연도 법인세 OOOO원, 2008. 4. 1. ~ 2009. 3. 31. 사업연도 법인세 OOOO원의 각 부과처분을 취소한다. 피고 종로세무서장이 2010. 12. 29. 원고 CCCCCCC 주식회사(이하 '원고 CCCCCCC'이라 한다)에 대하여 한 2009. 4. 1. ~ 2010. 3. 31. 사업연도 법인세 OOOO원에 대한 경정청구 거부처분을 취소한다. 피고 남대문세무서장이 2011. 12. 1. 원고 DDDDDDC 주식회사(이하 '원고 DDDDDDC'이라 한다)에 대하여 한 2007. 4. 1. ~ 2008. 3. 31. 사업연도 법인세 OOOO원, 2008. 4. 1. ~ 2009. 3. 31. 사업연도 법인세 OOOO원의 각 부과처분을 취소한다. 피고 남대문세무서장이 원고 EEEE은행에 대하여 2010. 12. 10. 한 2005 사업연도 법인세 OOOO원, 2007 사업연도 법인세 OOOO원의 각 부과처분과 2011. 3. 25. 한 2008 사업연도 법인세 921,264,940원에 대한 경정청구 거부처분을 모두 취소한다. 피고 남대문세무서장이 2011. 12. 5. 원고 FFFFFFFFF(이하 '원고 FF'이라 한다)에 대하여 한 2008 사업연도 법인세 2,267,047,200원의 부과처분을 취소한다.
이유
1. 처분의 경위
가. 원고 AAAA(2012구합29509)
1) 증권업을 영위하는 내국법인인 원고 AAAA은 조세특례제한법 제10조 소정의 연구・인력개발비에 대한 세액공제 규정을 근거로 피고 영등포세무서장에게 2006. 4. 1. ~ 2007. 3. 31. 사업연도 및 2007. 4. 1. ~ 2008. 3. 31. 사업연도 법인세 합계 OOOO원을 환급하여 달라는 경정청구를 하였고, 피고 영등포세무서장은 2009. 2. 20. 위 법인세 상당액의 환급결정을 하였다.
2) 원고 AAAA은 2007. 12. 1. 기술개발을 위한 전담부서를 보유한 GGGGGGG 주식회사(이하 'GGGGG'라 한다)와 '차세대 IT시스템 개발' 용역을 위탁하는 내용의 계약을 체결하였고, 위 계약에 따라 GGGGG에 연구개발비로 OOOO원을 지급하였다.
3) 원고 AAAA은 피고 영등포세무서장이 위 1)항 기재와 같이 경정청구를 받아들이자 GGGGG에 지급한 연구개발비 OOOO원에 관하여도 구 조세특례제한법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것) 제10조에 따라 2008. 4. 1. ~ 2009. 3. 31. 사업연도에 연구개발비 세액공제를 적용하고, 이를 이월공제 처리하여 2009. 4. 1. ~ 2010. 3. 31. 사업연도 법인세 신고시 납부할 세액에서 공제하였다.
4) 서울지방국세청장은 피고 영등포세무서장에 대한 정기감사시 연구개발비 세액공제의 경우 연구개발용역을 위탁받은 업체가 그 업무 중 일부를 재위탁한 부분에 관하여는 세액공제를 부인하는 것으로 시정하도록 지시하였다. 이에 따라 피고 영등포세무서장은 2011. 2. 11. 원고 AAAA에 대하여 2007. 4. 1. ~ 2008. 3. 31. 사업연도 법인세 OOOO원, 2009. 4. 1. ~ 2010. 3. 31. 사업연도 법인세 OOOO원을 경정・고지하였다.
5) 원고 AAAA은 이에 불복하여 2011. 5. 11. 조세심판원에 심판청구를 하였다. 조세심판원은 2012. 6. 8. '수탁업체가 제3자에게 재위탁하여 지출한 연구개발비 중 연구기관 또는 전담부서가 있는 업체에 재위탁한 비용은 연구개발비 세액공제대상으로 인정하는 것이 타당하다'는 이유로 '피고 영등포세무서장이 연구 및 인력개발비 세액공제대상에서 제외한 금액 OOOO원(공급가액)에서 GGGGG로부터 재위탁받은 기업 중 연구기관 또는 전담부서를 보유한 기업이 수행한 연구개발용역비 OOOO원(공급가액)은 세액공제대상으로 하여 해당 사업연도 세액을 경정하고, 나머지 청구는 기각한다'는 결정을 하였다.
6) 이에 따라 피고 영등포세무서장은 2012. 6. 19. 원고 AAAA에 대하여, 2007. 4. 1. ~ 2008. 3. 31. 사업연도 법인세에서 OOOO원을, 2009. 4. 1. ~ 2010. 3. 31. 사업연도 법인세에서 OOOO원을 각 감액・경정하고, 법인세 환급금 OOOO원(환급가산금 OOOO원) 및 OOOO원(환급가산금 OOOO원)을 통지하였다{이하 위와 같이 감액되고 남은 2011. 2. 11.자 2007. 4. 1. ~ 2008. 3. 31. 사업연도 법인세 OOOO원(= OOOO원 - OOOO원)과 2009. 4. 1. ~ 2010. 3. 31. 사업연도 법인세 OOOO원(= OOOO원 - OOOO원)의 각 부과처분을 통틀어 '제1처분'이라 한다}.
나. 원고 BBBBBB(2012구합31892)
1) 보험업을 영위하는 내국법인인 원고 BBBBBB은 2007. 4. 1. ~ 2008. 3. 31. 사업연도부터 2008. 4. 1. ~ 2009. 3. 31. 사업연도까지 전담부서를 보유한 주식회사 HHHHHH(HHHHH) 등 다수의 수탁업체들과 신보험시스템 및 퇴직연금 독자시스템 구축 등을 위탁하는 내용의 계약을 체결하였다.
2) 원고 BBBBBB은 위 계약에 따라 수탁업체들에게 연구개발비로 합계 OOOO원(2007. 4. 1. ~ 2008. 3. 31. 사업연도 : OOOO원, 2008. 4. 1. ~ 2009. 3. 31. 사업연도 : OOOO원)을 지급하였고, 이에 관하여 조세특례제한법{2007. 4. 1. ~ 2008. 3. 31. 사업연도의 경우에는 구 조세특례제한법(2007. 12. 31. 법률 제8827호로 개정되기 전의 것), 2008. 4. 1. ~ 2009. 3. 31. 사업연도의 경우에는 구 조세특례제한법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것)} 제10조 소정의 연구개발비 세액공제를 적용하여 합계 OOOO원(2007. 4. 1. ~ 2008. 3. 31. 사업연도 : OOOO원, 2008. 4. 1. ~ 2009. 3. 31. : OOOO원)을 납부할 세액에서 공제하여 법인세를 신고・납부하였다.
3) 피고 남대문세무서장은 연구개발비 OOOO원 중 수탁업체들이 직접 수행하지 않고 제3자에게 재위탁하여 지출한 비용 OOOO원(2007. 4. 1. ~ 2008. 3. 31. 사업연도 : OOOO원, 2008. 4. 1. ~ 2009. 3. 31. 사업연도 : OOOO원)은 연구개발비 세액공제대상에 해당하지 않는 것으로 보아 2011. 3. 11. 원고 BBBBBB에 대하여 2007. 4. 1. ~ 2008. 3. 31. 사업연도 법인세 OOOO원, 2008. 4. 1. ~ 2009. 3. 31. 사업연도 법인세 OOOO원을 각 경정・고지하였다.
4) 원고 BBBBBB은 이에 불복하여 2011. 6. 2. 이의신청을 거쳐 2011. 9. 21. 조세심판원에 심판청구를 하였다. 조세심판원은 2012. 6. 25. '수탁업체가 제3자에게 재위탁하여 지출한 연구개발비 중 연구기관 또는 전담부서가 있는 업체에 재위탁한 비용은 연구개발비 세액공제대상으로 인정하는 것이 타당하다'는 이유로 '피고 남대문세무서장이 연구개발비 세액공제대상에서 제외한 금액에서 원고 BBBBBB이 전산시스템 개발 용역을 위탁한 업체로부터 재위탁받은 기업 중 연구기관 또는 전담부서를 보유한 기업이 수행한 연구개발용역비를 확인하여 이를 세액공제대상으로 하여 해당 사업연도 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다'는 결정을 하였다.
5) 이에 따라 피고 남대문세무서장은 2012. 8. 2. 원고 BBBBBB에 대하여 2007. 4. 1. ~ 2008. 3. 31. 사업연도 법인세에서 OOOO원, 2008. 4. 1. ~ 2009. 3. 31. 사업연도 법인세에서 OOOO원을 각 감액・경정하고, 법인세 OOOO원(환급가산금 OOOO원) 및 OOOO원(환급가산금 OOOO원)을 통지하였다{이하 이와 같이 감액되고 남은 2011. 3. 11.자 2007. 4. 1. ~ 2008. 3. 31. 사업연도 법인세 OOOO원(= OOOO원 - OOOO원), 2008. 4. 1. ~ 2009. 3. 31. 사업연도 법인세 OOOO원(= OOOO원 - OOOO원)의 각 부과처분을 '제2처분'이라 한다}.
다. 원고 CCCCCCC(2012구합32369)
1) 보험업을 영위하는 내국법인인 원고 CCCCCCC(변경전 상호 : IIIIIIIII 주식회사)은 2008. 5. 30. 전담부서를 보유한 주식회사 JJJJJJJJJ(이하 'JJJJJJJJJ'라 한다)와 일반보험시스템 구축 등을 위탁하는 내용의 계약을 체결하고, JJJJJJJJJ에 연구개발비로 OOOO원을 지급하였다.
2) 원고 CCCCCCC은 2008. 4. 1. ~ 2009. 3. 31. 사업연도에 이월결손금이 발생함에 따라 납부할 세액이 없어 구 조세특례제한법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것) 제10조 소정의 연구개발비에 대한 세액공제를 적용하지 않았고, 2009. 4. 1. ~ 2010. 3. 31. 사업연도 법인세 신고시 위 연구개발비에 대한 세액공제 신청을 누락하였다.
3) 원고 CCCCCCC은 2010. 10. 26. 피고 종로세무서장에게 위 연구개발비에 대해 연구개발비 세액공제를 적용하여 2009. 4. 1. ~ 2010. 3. 31. 사업연도 법인세 OOOO원을 공제감면세액에 가산하여 위 법인세 상당액을 환급하여 달라는 경정청구를 하였다.
4) 피고 종로세무서장은 2010. 12. 29. 원고 CCCCCCC에 대하여, 위 연구개발비 OOOO원 중 OOOO원은 JJJJJJJJJ가 제3자에게 재위탁하여 지출한 비용에 해당하여 연구개발비 세액공제대상에 해당하지 않는다는 이유로, 법인세 OOOO원만을 공제감면세액에 가산하여 환급하고, 나머지 OOOO원(= OOOO원 - OOOO원)에 대하여는 경정청구를 거부하였다.
5) 원고 CCCCCCC은 이에 불복하여 2011. 3. 25. 이의신청을 거쳐 2011. 10. 5. 조세심판원에 심판청구를 하였다. 조세심판원은 2012. 6. 28. '수탁업체가 제3자에게 재위탁하여 지출한 연구개발비 중 연구기관 또는 전담부서가 있는 업체에 재위탁한 비용은 연구개발비 세액공제대상으로 인정하는 것이 타당하다'는 이유로 '피고 종로세무서장이 2010. 12. 29. 원고 CCCCCCC에게 한 2009. 4. 1. ~ 2010. 3. 31. 사업연도 법인세 OOOO원의 환급거부처분은 원고 CCCCCCC으로부터 전산시스템의 연구개발용역을 위탁받은 JJJJJJJJJ가 제3자에게 재위탁한 비용 OOOO원을 연구개발비 세액공제대상에 포함하는 것으로 하여 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다'는 결정을 하였다.
6) 이에 따라 피고 종로세무서장은 2012. 7. 11. 원고 CCCCCCC에 대하여, 전담부서가 있는 업체에게 재위탁된 연구개발비 OOOO원에 대한 세액공제를 인정하여 2009. 4. 1. ~ 2010. 3. 31. 사업연도 법인세 OOOO원을 감액・경정하고, 이를 환급하였다{이하 2010. 12. 29.자 경정청구 거부처분 중 이와 같이 환급되지 않고 남아 있는 OOOO원(= OOOO원 - OOOO원)에 대한 거부처분을 '제3처분'이라 한다}.
라. 원고 DDDDDDC(2012구합32536)
1) 보험업을 영위하는 내국법인인 원고 DDDDDDC은 2007. 4. 1. ~ 2008. 3. 31. 사업연도부터 2008. 4. 1. ~ 2009. 3. 31. 사업연도까지 전담부서를 보유한 KKKKKK 주식회사(이하 'KKKKKK'라 한다)와 메모리 증설, 네트워크 개선 등 전산시스템 연구개발을 위탁하는 내용의 계약을 체결하였다.
2) 원고 DDDDDDC은 위 계약에 따라 KKKKKK에 연구개발비로 합계 OOOO원(2007. 4. 1. ~ 2008. 3. 31. 사업연도 : OOOO원, 2008. 4. 1. ~ 2009. 3. 31. 사업연도 : OOOO원)을 지급하였고, 조세특례제한법{2007. 4. 1. ~ 2008. 3. 31. 사업연도의 경우에는 구 조세특례제한법(2007. 12. 31. 법률 제8827호로 개정되기 전의 것), 2008. 4. 1. ~ 2009. 3. 31. 사업연도의 경우에는 구 조세특례제한법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것)} 제10조 제1항 제2호 나목에 따라 위 연구개발비 OOOO원 중 OOOO원(2007. 4. 1. ~ 2008. 3. 31. 사업연도 : OOOO원, 2008. 4. 1. ~ 2009. 3. 31. 사업연도 : OOOO원)에 관하여 연구개발비 세액공제를 적용하여 법인세를 신고・납부하였다.
3) 피고 남대문세무서장은 위 연구개발비 중 KKKKKK가 직접 수행하지 않고 제3자에게 재위탁하여 지출한 비용 OOOO원(2007. 4. 1. ~ 2008. 3. 31. 사업연도 : OOOO원, 2008. 4. 1. ~ 2009. 3. 31. 사업연도 : OOOO원)은 연구개발비 세액공제대상에 해당하지 않는 것으로 보아 2011. 12. 1. 원고 DDDDDDC에 대하여 2007. 4. 1. ~ 2008. 3. 31. 사업연도 법인세 OOOO원, 2008. 4. 1. ~ 2009. 3. 31. 사업연도 법인세 OOOO원을 각 경정・고지하였다.
4) 원고 DDDDDDC은 이에 불복하여 2012. 1. 5. 조세심판원에 심판청구를 하였다. 조세심판원은 2012. 6. 28. '수탁업체가 제3자에게 재위탁하여 지출한 연구개발비 중 연구기관 또는 전담부서가 있는 업체에 재위탁한 비용은 연구개발비 세액공제대상으로 인정하는 것이 타당하다'는 이유로 'KKKKKK가 제3자에게 재위탁한 OOOO원 중 전담부서를 보유한 업체에게 재위탁한 금액은 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용하되, 이에 해당하는 금액에 대하여는 재조사하여 그 결과에 따라 세액을 경정한다'는 결정을 하였다.
5) 이에 따라 피고 남대문세무서장은 재조사를 수행한 후 2012. 8. 10. 원고 DDDDDDC에 대하여 위와 같이 경정・고지한 2007. 4. 1. ~ 2008. 3. 31. 사업연도 법인세 중 OOOO원, 2008. 4. 1. ~ 2009. 3. 31. 사업연도 법인세 중 OOOO원을 각 환급하였다{이하 이와 같이 환급되고 남은 2011. 12. 1.자 2007. 4. 1. ~ 2008. 3. 31. 사업연도 법인세 OOOO원(= OOOO원 - OOOO원), 2008. 4. 1. ~ 2009. 3. 31. 사업연도 법인세 OOOO원(= OOOO원 -OOOO원)의 각 부과처분을 '제4처분'이라 한다}.
마. 원고 EEEE은행(2012구합38428)
1) 금융업을 영위하는 내국법인인 원고 EEEE은행은 2005, 2007, 2008 사업연도에 전담부서를 보유한 GGGGG 등 다수의 수탁업체들과 전산시스템 개발 등을 위탁하는 내용의 계약을 체결하고, 위 수탁업체들에게 연구개발비를 지급하였다.
2) 원고 EEEE은행은 위 연구개발비에 관하여 조세특례제한법{2005 사업연도의 경우에는 구 조세특례제한법(2005. 12. 31. 법률 제7839호로 개정되기 전의 것), 2007 사업연도의 경우에는 구 조세특례제한법(2007. 12. 31. 법률 제8827호로 개정되기 전의 것), 2008 사업연도의 경우에는 구 조세특례제한법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것)} 제10조 소정의 연구개발비 세액공제를 적용하여 2005 사업연도 법인세 OOOO원, 2007 사업연도 법인세 OOOO원, 2008 사업연도 법인세 OOOO원을 각 신고・납부하였다.
3) 서울지방국세청장은 원고 EEEE은행에 대한 법인통합조사를 실시한 결과, 원고 EEEE은행으로부터 연구개발용역을 위탁받은 업체가 그 업무 중 일부를 재위탁한 부분은 세액공제대상에 해당하지 않는다고 판단하고 이러한 점 등을 피고 남대문세무서장에게 통보하였다.
4)\u3000 이에 따라 피고 남대문세무서장은 2010. 12. 10. 원고 EEEE은행에 대하여, 2005 사업연도 법인세 OOOO원(이 중 연구개발비에 관한 부분이 OOOO원), 2007 사업연도 법인세 OOOO원(이 중 연구개발비에 관한 부분이 OOOO원)을 각 경정・고지하였다. 또한, 피고 남대문세무서장은 2008 사업연도 법인세 중 연구개발비 세액공제 배제액 OOOO원에 대하여 다른 경정사유로 인해 이를 원고 EEEE은행에게 환급되는 세액에서 차감하는 것으로 경정하였고, 원고 EEEE은행이 2011. 3. 9.경 위 OOOO원을 공제감면세액에 가산하여 환급하여 달라는 경정청구를 하였으나 2011. 3. 25. 거부하였다.
5) 원고 EEEE은행은 2005 사업연도 법인세 OOOO원의 부과처분 중 OOOO원 부분, 2007 사업연도 법인세 OOOO원의 부과처분 중 OOOO원 부분에 불복하여 2011. 3. 9., 위 경정청구 거부처분에 불복하여 2011. 4. 19. 조세심판원에 각 심판청구를 하였다. 조세심판원은 2012. 6. 27. '수탁업체가 제3자에게 재위탁하여 지출한 연구개발비 중 연구기관 또는 전담부서가 있는 업체에 재위탁한 비용은 연구개발비 세액공제대상으로 인정하는 것이 타당하다'는 이유로 '원고 EEEE은행이 전산시스템 개발용역을 위탁한 GGGGG 등이 재위탁하고 지급한 OOOO원 중 연구기관 또는 전담부서를 보유한 업체에 지급한 금액은 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제대상으로 하여 해당 사업연도의 세액을 결정한다'는 결정을 하였다.
6) 이에 따라 피고 남대문세무서장은 전담부서가 있는 업체에 재위탁한 연구개발비에 대하여 세액공제를 인정하여 2007 사업연도 법인세 중 OOOO원, 2008 사업연도 법인세 OOOO원을 각 감액・경정하고, 법인세 환급금 OOOO원(환급가산금 OOOO원) 및 OOOO원(환급가산금 OOOO원)을 통지하였다{이하 2010. 12. 10.자 2005 사업연도 법인세 OOOO원의 부과처분 중 OOOO원 부분, 2010. 12. 10.자 2007 사업연도 법인세 OOOO원의 부과처분 중 OOOO원 부분에서 이와 같이 감액되고 남은 OOOO원(= OOOO원 - OOOO원) 부분, 2011. 3. 25.자 경정청구 거부처분 중 이와 같이 환급되지 않고 남아 있는 OOOO원(= OOOO원 - OOOO원)에 대한 거부처분을 통틀어 '제5처분'이라 한다}.
바. 원고 FF(2012구합40834)
1) 금융업, 농축산물 유통업을 영위하는 내국법인인 원고 FF은 2008. 1.경부터 2009. 12.경까지 전담부서를 보유한 GGGGG 등 다수의 수탁업체들과 전산시스템 구축 등을 위탁하는 내용의 계약을 체결하였다.
3) 피고 남대문세무서장은 위 연구개발비 OOOO원 중 위 수탁업체들이 직접 수행하지 않고 제3자에게 재위탁하여 지출한 비용 OOOO원(2008 사업연도 : OOOO원, 2009 사업연도 : OOOO원)은 연구개발비 세액공제대상에 해당하지 않는 것으로 보아 2011. 12. 5. 원고 FF에 대하여 2008 사업연도 법인세 OOOO원, 2009 사업연도 법인세 OOOO원을 각 경정・고지하였다.
4) 원고 FF은 이에 불복하여 2012. 3. 5. 조세심판원에 심판청구를 하였다. 조세심판원은 2012. 9. 5. '수탁업체가 제3자에게 재위탁하여 지출한 연구개발비 중 연구기관 또는 전담부서가 있는 업체에 재위탁한 비용은 연구개발비 세액공제대상으로 인정하는 것이 타당하다'는 이유로 '원고 FF이 위탁한 연구개발용역을 재위탁받은 기업(연구기관 또는 전담부서를 보유한 경우에 한한다)이 수행한 연구개발용역비를 확인하여 해당 사업연도의 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다'는 결정을 하였다.
5) 이에 따라 피고 남대문세무서장은 2012. 10. 5. 원고 FF에 대하여 2008 사업연도 법인세 중 OOOO원을 감액・경정하고, 법인세 환급금 OOOO원(환급가산금 OOOO원)을 통지하였다{2009 사업연도 법인세 OOOO원의 부과처분은 전부 취소되었고, 이하 이와 같이 감액되고 남은 2011. 12. 5.자 2008 사업연도 법인세 OOOO원(= OOOO원 - OOOO원)의 부과처분을 '제6처분'이라 하고, 제1 내지 6처분을 통틀어 '이 사건 각 처분'이라 한다}.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑가 제1 내지 30호증(각 가지번호 포함, 이하 같다), 갑나 제1, 2, 3, 5호증, 을가 제1호증, 을나 제1 내지 4호증, 을라 제1, 2호증, 을마 제1, 2호증, 을바 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 이 사건 각 처분의 적법 여부
가. 당사자들의 주장
1) 원고들의 주장
① 구 조세특례제한법(2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것) 제10조, 구 조세특례제한법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22037호로 개정되기 전의 것) [별표6]은 연구개발비 중 '기업의 연구기관 또는 전담부서에 기술개발용역 등을 위탁함에 따른 비용'을 세액공제대상으로 규정하고 있을 뿐인바, 합리적인 근거 없이 납세자에게 이익이 되는 규정을 축소해석하는 것은 허용되지 않는 점, ② 연구개발비 세액공제에 관한 규정인 조세특례제한법 제10조는 연구개발비 투자에 대해 납세의무자에게 보다 많은 세액공제 혜택을 줌으로써 연구개발을 촉진하려는 데 그 취지가 있는 점, ③ 전담부서를 가진 기관에 기술개발용역을 맡기는 방법은 위탁으로서 위임의 일종인바, 수탁자는 기술개발이라는 위임인의 목적 달성을 위하여 업무처리방법을 스스로 결정할 수 있는 점, ④ 대규모 전산개발용역은 단일 기업의 인력 및 기술에 의존하여 수행하는 것이 불가능하므로 다른 기업에 용역의 일부를 재위탁하는 것이 불가피한 점, ⑤ 조세특례제한법에서 전담부서 요건을 규정하고 있는 취지는 전담부서를 가진 업체가 최종 연구개발 결과물을 관리하도록 함으로써 품질을 높이고자 하는 데 있으므로, 연구개발비에 대하여 세액공제를 인정할 것인지 여부는 그 비용이 전담부서 제도를 통하여 요구하는 일정 수준 이상의 결과물을 산출하는 데 도움이 된 비용이었는지에 따라 판단되어야 할 것인 점 등을 종합하면, 전담부서를 보유한 기업에 연구개발용역을 위탁한 경우에는 재위탁 및 재수탁업체의 전담부서 보유 여부를 불문하고 위탁에 따른 비용은 연구개발비 세액공제대상에 해당한다. 따라서 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 각 처분은 위법하다.
2) 피고들의 주장
가) 피고 남대문세무서장, 종로세무서장의 주장
원고
BBBBBB, CCCCCCC이 주장하는 연구개발용역 위탁에 따른 비용이 연구개발활동에 사용된 것인지 밝혀지지 않았다.
나) 피고들의 주장
재위탁된 연구개발비용은 세액공제대상에 해당하지 않는다. 설령 재위탁된 연구개발비용이 세액공제대상에 해당한다고 하더라도 전담부서를 보유하지 않은 재수탁업체에 지급된 비용은 세액공제대상에 해당하지 않는다.
나. 관계 법령
별지 기재와 같다.
다. 판단
1) 연구개발용역에 해당하는지 여부
살피건대, 조세특례제한법 제9조 제5항은 연구개발에 관하여 '과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동을 말한다'고 규정하고 있고, 구 조세특례제한법(2011. 12. 31. 법률 제11133호로 개정되기 전의 것) 제9조 제5항은 연구개발에 관하여 '과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동을 말한다'고 규정하고 있는바, 앞서 본 바와 같이 원고 BBBBBB, CCCCCCC이 위탁한 용역은 대형 보험업의 실현, 핵심 영업 및 서비스 경쟁력 제고, 정보통신기술 운영의 최적화와 효율화를 달성하기 위한 체계적이고 종합적인 시스템을 구축함으로써 기술적 진전을 이루기 위한 활동인 점, 국세청은 '금융보험업을 영위하는 내국법인이 연구개발 전담부서를 보유한 업체에 위탁한 전산시스템 개발용역은 연구개발용역에 해당한다'고 해석한 점(2010. 7. 14. 법인세과-675), 피고 남대문세무서장, 종로세무서장은 원고 BBBBBB, CCCCCCC이 위탁한 용역이 연구개발용역에 해당함을 전제로 재수탁업체에 지급된 용역비를 세액공제대상에서 배제한 점 등에 비추어 보면, 원고 BBBBBB, CCCCCCC이 위탁한 용역은 연구개발용역에 해당한다고 봄이 상당하다. 따라서 피고 남대문세무서장, 종로세무서장의 위 주장은 이유 없다(피고 남대문세무서장은, 조세특례제한법상 연구개발에 해당하기 위해서는 특허의 요건인 '신규성'과 '진보성'이 인정되어야 하는데, 원고 BBBBBB이 신보험시스템 및 퇴직연금 독자시스템 등을 구축하는 것이 이러한 요건을 갖추었다고 볼 수 없다는 취지로 주장한다. 그러나 조세특례제한법 제9조 제5항에 '진전'이나 '새로운'이라는 단어가 포함되어 있기는 하지만, 여기에서의 연구개발이 특허를 획득하기 위한 것은 아니므로, 피고 남대문세무서장의 주장과 같이 연구개발에 해당하기 위하여 특허의 요건인 '신규성'과 '진보성'까지 갖추어야 한다고 해석할 수 없다).
2) 연구개발용역이 재위탁된 경우 세액공제대상에 해당하는지 여부
살피건대, 위 인정사실 및 을가 제4, 5호증, 을나 제5호증, 을라 제5, 6호증, 을바 제3호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 연구개발용역을 재위탁함에 따른 비용은 세액공제대상에 해당하지 않는다고 봄이 타당하다.
가) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결, 2006. 5. 25. 선고 2005다19163 판결 등 참조).
나) 조세특례제한법 시행령은 제6조 제1항{구 조세특례제한법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21307호로 개정되기 전의 것)의 경우에는 제6조 제2항}에서 「조세특례제한법 제7조 제1항 제1호 어목에서 '대통령령으로 정하는 주문자상표부착방식에 따른 수탁생산업'이란 위탁자로부터 주문자상표부착방식에 따른 제품생산을 위탁받아 이를 재위탁하여 제품을 생산・공급하는 사업을 말한다」고 규정하여 '위탁'과 '재위탁'을 구분하고 있다.
다) 그런데 이 사건에서 문제되는 구 조세특례제한법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22037호로 개정되기 전의 것) 제8조 제1항, [별표6] 제1호 나목 ①, 구 조세특례제한법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21307호로 개정되기 전의 것) 제9조 제2항, [별표6] 제1호 나목 ①은 세액공제를 적용받는 연구개발비에 관하여 「국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서 등의 기관에 연구개발용역 등을 '위탁'함에 따른 비용」이라고 규정하고 있을 뿐이고, 연구개발용역 등이 '재위탁'된 경우를 세액공제대상으로 규정하고 있지 않다.
라) 이후 2012. 2. 2. 대통령령 제23590호로 개정된 조세특례제한법 시행령 [별표6] 제1호 나목 1)은 「국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서 등의 기관에 과학기술 분야의 연구개발용역을 위탁(재위탁을 포함한다)함에 따른 비용」이라고 규정함으로써 연구개발용역이 재위탁된 경우를 세액공제대상에 포함시켰는데, 이에 관하여 위 법률의 개정이유 및 주요내용에서 '연구개발비 세액공제대상에 일반 연구개발의 재위탁에 따른 비용을 추가함'이라고 밝히고 있는 점, 국세청의 '2012 개정세법 해설'에서 위 규정의 개정취지에 대해 '최근 기술융합 추세에 따라 하나의 기업이 모든 연구개발용역을 수행하지 않고 위탁받은 연구개발용역 일부를 재위탁하는 현실을 감안하였다'라고 하면서 개정 전에는 재위탁의 경우 세액공제대상에 해당하지 않는다고 한 점, 기획재정부의 '2011년 세법개정 후속 시행령 개정'에서 '재위탁의 경우 세액공제대상에서 배제하였으나 세액공제를 허용하는 것으로 조세특례제한법 시행령을 개정한다'라고 한 점 등을 고려하면, 2012. 2. 2. 대통령령 제23590호로 개정되기 전의 조세특례제한법 시행령 [별표6] 제1호 나목 ①은 연구개발용역이 재위탁된 경우를 세액공제대상에서 배제하고 있었던 것으로 보인다.
마) 원고들은 수탁업체들에게 연구개발용역을 위탁하였고 수탁업체들은 이를 승낙하였으므로, 원고들과 수탁업체들 사이에는 위임에 관한 법리가 적용된다고 할 것인데, 민법 제682조 제1항은 '수임인은 위임인의 승낙이나 부득이한 사유 없이 제3자로 하여금 자기에 갈음하여 위임사무를 처리하게 하지 못한다'라고 규정하고 있다.
바) 원고들은 수탁업체들이 자신의 책임하에 한 재위탁에 대하여 세액공제를 배제하는 것은 위탁자인 원고들로 하여금 자신이 하지 않은 결정에 대하여 책임을 지게 하는 것으로서 자기책임의 원칙에 반하여 부당하다는 취지로 주장하다. 그러나 원고들로서는 수탁업체들과 위탁계약을 체결하면서 재위탁을 금지하는 것으로 약정하는 방법 등으로 세액공제를 적용받을 수 있고, 원고들에게 이러한 것을 요구하는 것은 원고들이 누리는 막대한 조세혜택에 비추어 지나치게 불합리하다거나 가혹하다고 보기 어렵다. 따라서 원고들이 수탁업체들과 이러한 약정(제한)을 체결하지 않아 세액공제 혜택을 향유하지 못한 것에 대하여 원고들에게 책임이 없다고 할 수 없다.
3) 재수탁업체가 연구기관 또는 전담부서를 보유하지 않는 경우 세액공제대상에 해당하는지 여부
살피건대, 설령 연구개발용역을 재위탁함에 따른 비용이 세액공제대상에 해당된다고 하더라도, 앞서 본 바와 같이 조세감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합하는 점, 그 밖에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 재수탁업체가 연구기관 또는 전담부서를 보유하고 있지 않은 경우에는 세액공제대상에 해당하지 않는다고 봄이 타당하다.
가) 구 조세특례제한법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22037호로 개정되기 전의 것) 제8조 제1항, [별표6] 제1호 나목 ①, 구 조세특례제한법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21307호로 개정되기 전의 것) 제9조 제2항, [별표6] 제1호 나목 ①은 연구개발용역을 위탁함에 따른 연구개발비 세액공제에 관하여 그 수탁기관을 ㉮ 고등교육법에 의한 대학 또는 전문대학, ㉯ 국・공립연구기관, ㉰ 정부출연연구기관, ㉱ 과학기술분야를 연구하는 국내외의 비영리법인(비영리법인에 부설된 연구기관을 포함한다), ㉲ 국내외 기업의 연구기관(과학기술분야를 연구하는 경우에 한한다) 또는 '전담부서', ㉳ 「산업기술연구조합 육성법」에 의한 산업기술연구조합, ㉴ 산업디자인진흥법에 의한 한국디자인진흥원, ㉵「국가과학기술 경쟁력 강화를 위한 이공계지원 특별법」에 의한 연구개발서비스업을 영위하는 기업, ㉶「산업교육진흥 및 산학협력촉진에 관한 법률」에 의한 산학협력단, ㉷ 한국표준산업분류표상 기술시험・검사 및 분석업을 영위하는 기업으로 제한적으로 열거하고 있다.
한편, 구 조세특례제한법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22037호로 개정되기 전의 것) 제8조 제1항, [별표6] 제1호 가목 ①, 구 조세특례제한법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21307호로 개정되기 전의 것) 제9조 제2항, [별표6] 제1호 가목 ①, 구 조세특례제한법 시행규칙(2010. 4. 20. 기획재정부령 제151호로 개정되기 전의 것, 2009. 8. 28. 기획재정부령 제96호로 개정되기 전의 것, 2009. 4. 7. 기획재정부령 제70호로 개정되기 전의 것, 2008. 4. 29. 기획재정부령 제16호로 개정되기 전의 것) 제7조 제1항에 의하면, 위 '전담부서'란 기술개발촉진법 시행규칙 제7조에 따라 인정받은 기업부설연구소, 같은 규칙 제8조에 따라 교육과학기술부장관에게 신고한 기업 내의 연구개발전담부서 등을 의미한다.
또한, 구 기술개발촉진법(2011. 3. 9. 법률 제10445호로 개정되기 전의 것) 제7조 제1항 제2호, 구 기술개발촉진법 시행령(2011. 6. 24. 대통령령 제22977호로 개정되기 전의 것) 제15조 제1항, 제2항, 구 기술개발촉진법 시행규칙(2011. 11. 25. 지식경제부령 제214호로 폐지되기 전의 것) 제7조, 제8조에 의하면, 기업부설연구소로 인정받기 위해서는 일정 수 이상의 연구전담요원을 늘 확보하고, 독립된 연구시설을 갖춰 교육과학기술부장관으로부터 권한을 위탁받은 한국산업기술진흥협회장에게 신고하여야 하며, 연구개발전담부서로 인정받기 위해서는 과학기술분야의 연구개발업무가 그 부서의 주요업무로 되어 있고, 연구전담요원 1인 이상이 늘 확보되어 있는 등의 요건을 갖춰 한국산업기술진흥협회장에게 신고하여야 하며, 위 각 기관의 신고에 관한 사항은 교육과학기술부장관이 정하여 고시하도록 되어 있다.
이와 같이 조세특례제한법령은 수탁업체를 일정한 요건을 갖춘 기관으로 제한하고 있는바, 이는 현실적으로 연구개발용역에 해당하는지 여부를 판단하는 것이 용이하지 아니하여 연구개발비에 대한 세액공제제도가 악용될 가능성이 있을 뿐만 아니라 연구개발활동을 수행할 능력이 없는 업체가 이를 수행할 경우 연구개발활동이 부실하게 이루어질 수 있으므로, 내실 있고 실질적인 연구개발활동을 할 것이라고 판단되는 위 각 기관들이 수행한 연구개발용역에 대하여만 세액공제 혜택을 부여함으로써 연구개발비에 대한 세액공제제도를 객관적이고 공평하게 운영하기 위한 것으로 보인다.
나) 만약 원고들 주장과 같이 전담부서를 보유한 기관에 연구개발용역을 위탁하기만 하면 재수탁업체의 전담부서 보유 여부를 불문하고 위탁에 따른 비용이 연구개발비 세액공제대상에 해당한다고 볼 경우, 세액공제를 받기 위해 일단 전담부서를 보유한 기관에 연구개발용역을 위탁한 후 전담부서를 보유하지 않은 기관에 재수탁하여 용역을 수행하도록 하는 등 연구개발활동이 부실화되고, 연구개발비에 대한 세액공제제도가 악용될 수 있다. 뿐만 아니라 이는 실질적으로는 전담부서를 보유하지 않은 기관이 연구개발용역을 수행하였음에도, 최초에 전담부서를 보유한 기관에 연구개발용역이 위탁되었다는 형식에만 기초하여 세액공제혜택을 부여하는 것으로서 실질과세의 원칙에도 반한다.
다) 조세특례제한법령은 연구개발비 세액공제를 적용받는 비용에 관하여 자체연구개발의 경우와 위탁 및 공동연구개발의 경우를 나누고, 자체연구개발의 경우 '전담부서에 근무하는 직원으로서 과학기술분야의 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자의 인건비'를 연구개발비 세액공제를 적용받는 비용의 하나로 규정하고 있다. 이에 관하여 서울고등법원(2010누25635호)은 '전담부서에 근무하는 연구원이라도 기술개발을 위한 연구업무를 전담하는 경우에 한하여 그 인건비에 대하여 연구개발비 세액공제규정이 적용되고, 전담부서에 근무하는 지원인력이라도 연구업무 전담연구원의 연구업무만을 직접적으로 지원하는 경우에 한하여 그 인건비에 대하여 연구개발비 세액공제규정이 적용된다고 해석하여야 할 것이다'라고 판단함으로써 전담부서에 근무함과 동시에 기술개발을 위한 연구업무를 전담하는 경우에 한하여 세액공제비용에 해당하는 것으로 엄격하게 해석하였고, 위 판결은 쌍방 당사자들의 상고가 기각됨에 따라(대법원 2011두6844호) 그대로 확정되었다. 따라서 위탁연구개발의 경우 수탁업체가 전담부서를 보유하기만 하면 재수탁업체가 전담부서를 보유하지 않더라도 세액공제비용에 해당하는 것으로 해석하는 것은 자체연구개발의 경우와의 조세형평에 반한다.
4) 소결론
따라서 이 사건 각 처분은 적법하고, 원고들의 주장은 모두 이유 없다.
3. 결론
그렇다면, 원고들의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.