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서울행정법원 2010. 12. 09. 선고 2010구합10686 판결
은행계좌에 입금된 금액을 유가증권처분이익로 보고 과세한 처분은 위법함[국패]
전심사건번호

국세청 심사법인2009-0055 (2009.09.28)

제목

은행계좌에 입금된 금액을 유가증권처분이익로 보고 과세한 처분은 위법함

요지

은행계좌에 입금된 금액이 회사로부터 양수한 주식의 취득대금 중 일부로서 회사의 유가증권처분이익에 해당한다고 볼 수 없음

주문

1. 피고가 2009. 4. 20 원고를 제2차 납세의무자로 지정하여 한 2005년 귀속 법인세 39,859,490원의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청구취지

주문과 같다.

이유

1. 처분의 경위

가. □□스 주식회사(이하 '소외 회사'라 한다)는 2005. 3. 23.부터 2005. 5. 31. 까지 사이에 보유하고 있던 주식회사 □□콤(이하 '□□콤'이라 한다) 주식 1,945,000주를 윤AA(개명 전 윤BB) 외 6인에게 2,554,000,000원에 양도하였고 2005사업연도 법인세 신고를 하면서 위 주식양도에 따른 양도차익을 유가증권처분이익으로 신고하였다.

나. 소외 회사가 2005. 5.경 윤AA와 사이에 체결한 주식양수도 계약서(갑 5호증)에 는, 소외 회사가 윤AA에게 □□콤 주식 15만 주(이하 '쟁점주식'이라 한다)를 195,000,000원(1주당 1,300원)에 양도하는 것으로 기재되어 있다. 소외 회사는 2005. 5. 31. 증권거래계좌에서 쟁점주식을 출고하여 윤AA의 증권거래계좌에 입고시켰다.

다. 윤AA가 소외 회사의 하나은행계좌에 쟁점주식 취득대금으로 입금한 195,000,000원의 내역은 다음과 같다.

라. 윤AA는 쟁점주식 중 65,000주를 김CC 등 아래 표 기재 양수자들에게 양도한 후 2006. 9. 4. 아래 표 기재와 같은 내역으로 양도소득세 4,780,000원을 신고 ・ 납부하였다(아래 표 기재 19,500주의 실제 양수인은 전DD이다. 전DD은 처남인 유EE의 명의를 차용해 위 주식을 양수하였고 아래에서 보듯이 자신의 명의로 위 주식대금 74,100,000원을 소외 회사의 하나은행계좌에 입금하였다).

마. 서울지방국세청장은 2008. 10. 21.부터 같은 해 12. 2.까지 소외 회사에 대한 법인세 통합조사를 실시하여 김CC, 전DD이 윤AA로부터 쟁점주식의 일부를 1주당 3,800원에 취득하면서 그 주식대금을 소외 회사의 하나은행계좌에 입금(김CC은 2005. 6. 7. 57,000,000원 입금, 전DD은 2005. 6. 9. 74,100,000원 입금, 이하 위 입금액 합계 1,311,000,000원을 '쟁점금액'이라 한다)한 사실을 확인한 뒤, 쟁점금액은 윤AA가 쟁점주식 취득대금의 일부로 소외 회사에게 지급한 것인데 소외 회사가 법인세 신고를 하면서 이를 누락하였다고 보아 피고에게 과세자료를 통보하였다.

바. 이에 따라 피고는 2009. 1. 2. 소외 회사에게 2005사업연도 법인세 39,859,490원 을 경정 ・ 고지하였고, 소외 회사가 위 법인세를 체납하자 2009. 4. 20. 원고를 소외 회사의 과점주주로 보아 구 국세기본법(2006. 4. 28. 법률 제7930호로 개정되기 전의 것) 제39조 제1항 제2호 가.목에 따라 소외 회사가 체납한 세액에 대하여 원고를 제2차 납세의무자로 지정하고 2005년 귀속 법인세 39,859,490원을 원고에게 부과하였다(이하 '이 사건 부과처분'이라 한다).

사. 원고는 이에 불복하여 2009. 10. 9. 국세청장에게 심사청구를 하였으나, 국세청장 은 2009. 12. 7. 위 심사청구를 기각하였다.

아. 한편, 서울지방국세청장은 소외 회사의 하나은행계좌에 윤AA가 입금한 195,000,000원과 쟁점금액의 합계액 326,100,000원이 윤AA가 소외 회사로부터 양수 한 쟁점주식 15만주의 취득금액이라고 보아 쟁점주식 1주당 취득단가를 2,174원(= 326,100,000원 ÷ 150,000)으로 산정하고, 윤AA가 쟁점주식 중 일부를 양도한 단가를 김CC과 전DD의 취득가액인 1주당 3,800원으로 보아 윤AA의 납세지 관할 종로세무서장에게 과세자료를 통보하였다(서울지방국세청장은 위와 같이 판단하면서도 윤AA가 김CC, 전DD, 김FF에게 양도한 주식에 한하여 취득단가를 1주당 2,174원, 양도단가를 1주당 3,800원으로 보았다. 구체적 조사내용은 아래 표 기재와 같다). 이에 따라 종로세무서장은 2009. 1. 2. 윤AA에게 2005년 귀속 양도소득세 5,628,440원을 경정 ㆍ 고지하였는데, 윤AA는 불복하지 않고 2009. 1. 30. 위 양도소득세를 납부하였다.

[인정근거 : 다툼 없는 사실, 갑 1, 2호증, 갑 3호증의 1 내지 3, 갑 5, 6호증, 을 1호증 의 1, 을 2, 3호증, 을 4호증의 1, 2, 을 5호증의 1 내지 3, 을 6호증, 을 9호증의 2, 을 10호증의 각 기재, 변론 전체의 취지]

2. 이 사건 부과처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 윤AA는 김CC, 전DD에게 □□콤 주식을 양도하면서 거래의 신뢰도를 높이기 위해 김CC과 전DD으로 하여금 소외 회사의 은행계좌로 주식대금을 입금하게 하였다. 쟁점금액은 과다 입금된 것이기 때문에 소외 회사의 익금으로 산입되지 않았고 윤AA와 유FF 등의 채권, 채무 관계에 따라 정산되었다. 따라서 쟁점금액이 윤AA가 소외 회사로부터 양수한 쟁점주식의 취득대금이라는 전제에 선 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

(2) 원고는 2005. 6. 28. 소외 회사의 대표이사로 취임한 것으로 법인등기부등본에 등재되어 있으나 명의만 대여하였을 뿐 소외 회사의 경영에 관여하지 않았다. 명의상 대 표에 불과한 원고를 소외 회사의 제2차 납세의무자로 지정하여 한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

이 사건 쟁점은 소외 회사의 은행계좌에 입금된 쟁점금액이 윤AA가 소외 회사로부터 양수한 쟁점주식의 취득대금 중 일부로서 소외 회사의 유가증권처분이익인지 여부이다.

그러므로 과연 쟁점금액이 윤AA가 소외 회사에게 지급한 쟁점주식의 대금인지에 관하여 보건대, 앞에서 든 증거에 의하면, 김CC, 전DD이 윤AA로부터 쟁점주식 중 일부를 양수하면서 윤AA에게 지급하여야 할 주식대금(쟁점금액)을 윤AA가 아닌 소외 회사의 은행계좌(윤AA가 알려준 계좌이다)에 입금한 사실, 쟁점금액이 쟁점주식의 대금이라는 전제에서 이루어진 종로세무서장의 2005년 귀속 양도소득세 경정 ・ 고지에 대해 윤AA가 불복하지 않고 양도소득세를 납부한 사실이 인정되나, 위 인정사실만으로는 쟁점금액이 쟁점주식 양도대가로 소외 회사가 취득한 금원이라고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다(앞에서 본 바와 같이 종로세무서장은, 윤AA가 양도한 주식 65,000주 중 일부에 한해 양도단가를 1주당 3,800원으로 보고 양도소득세를 경정 ・ 고지하였는바, 윤AA가 양도소득세 신고 내역과 달리 주식 모두를 1주당 3,800원으로 양도하였을 가능성이 높으므로 윤AA로서는 경정 ・ 고지된 양도소득세가 불리하지 않다고 판단하여 불복하지 않고 양도소득세를 납부하였을 수 있다).

오히려, 갑 3호증의 1, 갑 4호증, 갑 8호증, 갑 9호증의 1 내지 4, 을 8호증의 1 내 지 3의 각 기재, 증인 전DD, 윤AA, 유FF의 각 증언에 변론 전체의 취지를 종합하면, 윤AA가 김CC, 전DD에게 쟁점주식 중 일부를 양도하면서 거래의 신용도를 높이기 위해(즉, 자신이 중간에서 이익을 남기지 않았다는 인상을 주기 위해) 김CC, 전DD으로 하여금 주식대금을 소외 회사의 은행계좌로 직접 입금하도록 지시함으로써 쟁점금액이 소외 회사의 은행계좌에 입금된 것이고, 따라서 쟁점금액은 윤AA에게 반환되어야 할 금액이나, 유FF와 윤AA, 유FF와 김HH 사이에 채권, 채무관계[유FF는 윤AA에게 쟁점주식 취득대금 7,610만 원(윤AA가 2005. 7. 13. 소외 회사의 은행계좌에 입금한 돈이다)을 대여하였고, 윤AA가 취득한 쟁점주식 중 87,000주에 관하여 윤AA에게 풋백옵션을 부여해 준 대가로 윤AA로부터 주식 양도차익의 일부를 받기로 되어 있었다. 한편, 유FF는 김HH에게 □□콤 주식 투자와 관련한 채무가 있었다]가 있어 편의상 윤AA를 경유하지 않고 소외 회사의 대주주인 김JJ를 통해 유FF와 김HH에게 쟁점금액이 지급됨으로써 유FF, 윤AA, 김HH 사이의 채권, 채무 관계가 정산된 사정이 엿보일 뿐이다.

따라서 쟁점금액이 소외 회사의 유가증권처분이익이라는 전제에 선 피고의 이 사건 처분은 원고의 나머지 주장에 관하여 나아가 판단할 필요 없이 위법하고, 이를 지적하는 원고의 주장은 정당하다.

3. 결론

원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용한다.

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