조심2008부3484 (2009.06.25)

과세이연 요건을 갖추어야 하는 경우 국세의 부과제척기간 기산일

납세의무자가 과세이연 요건을 충족하기 위해서 일정 기간 동안 과세이연 요건을 갖추어야 하는 경우 그 제척기간의 기산일은 납세의무자가 과세이연 요건을 갖추지 못하게 되어 과세관청이 당해 세금을 부과할 수 있게 된 때라고 보아야 할 것임

결정 내용은 붙임과 같습니다.

구 조세감면규제법 제2조 (정의)

구 국세기본법시행령 제12조의 3 (국세부과제척기간의 기산일)

1.피고가 2008. 8. 4. 원고에 대하여 한 1995년 귀속 양도소득세 33,946,640원의 부과 처분을 취소한다.

2.소송비용은 피고가 부담한다.

주문과 같다.

1.처분의 경위

가. 원고는 그 소유의 ◇◇시 △△구 ▽▽동 25-19 대지 336㎡(이하 '이 사건 토지'라 하고, 그 지상 공장을 '구공장'이라 한다)가 ◇◇광역시의 ▽▽지방공단 조성사업 대상토지로 1995. 12. 8. 수용되자 1996. 11. 20. 구 조세감면규제법(1997. 12. 13. 법률 제5417호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제71조의 규정에 따라 양도소득세 20,785,868원의 과세 이연을 신청하여 그 과세이연을 받았다.

나. 피고는 원고가 이 사건 토지를 양도한 후 3년 이내에 신공장을 준공하여 사업을 개시하지 않았다는 이유로 2001. 1. 8. 원고에게 양도소득세 33,946,649원의 과세예고통지를 하였다.

다. 이에 대하여 원고는 2001. 1. 27. 신공장의 준공이 ◇◇광역시의 공장부지 조성사 업 지연 등 부득이한 사유로 지연되었음을 주장하면서 과세전 적부심사를 청구하였고, 피고는 원고의 위 주장을 받아들여 공장이전부지 조성사업 완료예정일인 2001. 6. 30.까지 과세유보 조치를 하였다.

라. 그 후 ◇◇광역시 건설본부가 2002. 6. 30. 이전부지 조성공사를 준공하자 원고는 2003. 7. 4. ◇◇광역시와 사이에 신공장 부지에 관하여 매매계약을 체결하고 2006. 7. 4. 위 매매계약에 따른 잔금을 납부한 후 2006. 11. 6. 신공장 착공신고를 하고 2007. 1. 30. ◇◇시 △△구 ▽▽동 291-12 대지 830.2㎡ 지상에 신공장을 준공하였으나, 피고는 원고가 구공장의 업종이었던 해태가공업이 아닌 부동산임대업으로 업종을 변경하였다는 이유로 2008. 5. 30. 양도소득세 33,946,640원을 부과하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 을 제1 내지 4호증, 을 제5호증의 1

내지 10, 을 제6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2.이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 구공장을 양도한 날로부터 3년 이내에 신공장을 준공하여 사업을 개시하지 아니하였지 때문에 과세이연을 받기 위한 조건이 성립되지 않았고 따라서 구공장 양도 후 3년이 되는 1998. 12. 8. 또는 과세유보일 다음날인 2001. 7. 1.이 국세부과제척기간의 기산일이 된다고 할 것이므로 위 각 일자로부터 5년이 경과하여 부과제척기간이 만료된 후에 이루어진 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 하고, 가사 이와 달리 보더라도 원고와 같이 과세이연 조건을 충족하지 못한 경우에는 조세감면규제법 시행령 제68조 제5항 제1호에 따라 과세이연세액만 추정하여야 한다고 주장한다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다, 판단

(1) 이사건처분의제척기간도과여부

(가) 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호, 제3항, 국세기본법시행령 제12조의3 제1항 제1호, 소득세법 제100조 제1항의 각 규정에 의하면, 양도소득세의 제척기간은 이를 부과할 수 있는 날부터 5년간이고, 이 때 이를 부과할 수 있는 날이란 원칙적으로는 과세표준 신고기한의 다음날인 당해연도의 다음 연도 5. 31.의 다음날이라 할 것이지만, 공장의 이전에 따른 양도소득세의 과세이연의 경우와 같이 과세이연 요건 충족 여부의 판단을 위하여 일정기간 동안 납세의무자가 과세이연 요건을 충족하는지 여부를 기다려 야 하는 경우에는, 과세관청으로서는 납세의무자에게 바로 당해 양도소득세를 부과할 수는 없고 납세의무자가 과세이연 요건을 갖추지 못하였음이 확정되는 때에 비로소 이를 부과할 수밖에 없어 그만큼 과세권을 행사할 수 있는 기간이 축소되는 결과를 낳게 되므로, 납세의무자가 과세이연 요건을 충족하기 위해서 일정 기간 동안 과세이연 요건을 갖추어야 하는 경우 그 제척기간의 기산일은 납세의무자가 과세이연 요건을 갖추지 못하게 되어 과세관청이 당해 세금을 부과할 수 있게 된 때라고 보아야 할 것이다.

나) 위 법리에 비추어 이 사건에 판하여 보건대, 원고가 공장을 이전하기 위하여 1995. 12. 8. 이 사건 토지를 양도한 후 구 조세감면규제법 제71조의 규정에 따라 양도소득세 20,785,868원의 과세이연을 받았음에도 구공장의 양도일인 1995. 12. 8.부터 3년 이내에 신공장을 준공하여 사업을 개시하지 못한 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 원고의 이 사건 토지에 관한 양도소득세 부과제척기간의 기산일은 원고가 과세이연 요건을 갖추지 못하게 되어 피고가 원고에 대하여 과세이연된 양도소득세를 부과할 수 있게 된 1998. 12. 9.이라 할 것이고, 따라서 이 사건 처분은 위 1998. 12. 9.로부터 5년의 부과제척기간이 도과한 이후에 이루어진 것이어서 위법하다.

(다) 이에 대하여 피고는, 국세기본법 시행령 제12조의3 제2항 제3호의 규정에 의하여 강제 ㆍ 면제 ㆍ 비과세 또는 낮은 세율의 적용 등에 따른 세액을 의무불이행 등의 사유로 인하여 징수하는 경우에는 당해 공제세액등을 징수할 수 있는 사유가 발생한 날 이 국세부과제척기간의 기산일이라 할 것인데, 원고의 경우 구공장을 양도한 날부터 3년의 기간 중 원고에게 귀책사유가 없어 부득이한 사유가 발생한 것으로 인정할 수 있는 양도일부터 ◇◇광역시가 신공장 부지조성공사를 완료한 2002. 6. 30.까지의 기간을 제외하면 부과제척기간의 만료일은 2010. 6. 30.이므로 그 전에 이루어진 이 사건 처분은 적법하다고 주장하나, 이 사건 토지가 양도된 1995. 12. 8.에 적용되는 구 국세기본법시행령(2003. 12. 30. 대통령령 제18172호로 개정되기 전의 것) 제12조의3 제2항 제3호는 그 규정취지상 공제 또는 면제되는 세금에 한하여 적용된다고 할 것이어서 이 사건에 적용할 수 없고, 구 조세감면규제법 제71조 제2항 단서, 구 조세감면규제법시행령(1997. 12. 31. 대통령령 제15562호로 개정되기 전의 것) 제68조 제6항과 같은 명문의 규정이 없는 상태에서 그 도래 여부를 확정하기 어려운 납세의무자에게 책임을 돌릴 수 없는 사유가 소멸한 날부터 제척기간이 진행한다고 볼 수도 없으며, 가사 피고 주장과 같이 ◇◇광역시가 부지조성공사를 완료한 2002. 6. 30.까지 피고가 원고에게 양도소득세를 추징할 수 없어 제척기간이 진행하지 않았다고 보더라도 그 후 양도소득세를 추정할 수 없는 사유가 소멸되어 피고가 원고에게 양도소득세를 부과할 수 있게 된 2002. 7. 1.부터 5년의 부과제척기간을 도과하여 이루어진 이 사건 처분은 여전히 위법하다고 할 것이므로 피고의 위 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.