1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 아래 표 기재와 같이 부산 강서구 B 잡종지 6,476.25㎡의 3/4 지분, C 잡종지 4,065㎡, D 잡종지 1,661㎡(이하 통틀어 ‘이 사건 토지’라고 하고, 각 토지는 지번으로만 특정한다)를 취득하여 소유하였다.

소유권 변동일 1979. 10. 31. 1987. 12. 31. 1994. 9. 2. 2016. 1. 21. 매매대상 C, D, B C, D B 양도시 원고지분 비율 매도인 매수인 매도인 매수인 매도인 매수인 B (8,635㎡) E 원고(1/2) F(1/2) F G(1/4) F A(1/4) 원고 75% G 25% C (4,065㎡) 원고(1/2) F(1/2) F 원고(1/2) 원고 100% D (1,661㎡) 원고(1/2) F(1/2) F 원고(1/2) 원고 100%

나. 원고는 이 사건 토지 중 D 토지 지상에 있는 건물 2개동(농기구 수리소 및 세차장, 각 연면적 330㎡)(이하 이 사건 토지 및 위 건물을 통틀어 ‘이 사건 부동산’이라 한다)을 2007. 2. 10. 매매로 취득하여 2007. 3. 12. 소유권이전등기를 마쳤다.

다. 원고는 2016. 1. 21. 이 사건 부동산을 주식회사 H에 17,457,330,000원에 양도하면서, 취득가액을 4,376,922,217원, 필요경비를 909,744,114원으로 계산하여 피고에게 양도소득세 3,179,154,270원을 신고납부하였다. 라.

서울지방국세청장은 2016. 9. 26.부터 2016. 10. 14.까지 피고에 대한 종합감사를 실시하여 원고가 양도소득세 신고 시 이 사건 토지의 취득가액에 대한 증빙을 제출하지 않았다는 이유로 이 사건 토지의 취득 당시 실지거래가액을 확인할 수 없다고 보아 취득가액을 환산가액으로 하여 양도소득세를 재산정하라고 지적하였다.

마. 이에 따라 피고는 이 사건 토지에 관한 양도소득에서 공제되어야 할 필요경비를 ‘환산가액으로 계산한 취득가액 1,023,182,692원’ 및 '구 소득세법(2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제97조 제2항 제2호 본문, 구 소득세법 시행령 2017. 2. 3. 대통령령...