서울고등법원-2012-누-23268

조세특례제한법상 중소기업 유예기간에 해당되므로 중소기업임

원고는 구 중기법 시행령이 계속 시행되었더라면 중소기업에 해당할 수 있었으나, 개정중기법 시행령이 시행됨으로써 2006.1.1.부터 중소기업에 해당하지 아니하게 되었으므로, 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제5항의 '별표의 개정으로 인하여 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때'에 해당함

조세특례제한법 제2조 제1항

대법원2013두4149 (2015.04.23)

00세무서장

00소재 주식회사

서울고등법원2012누23268

2015.04.23.

상고를 기각한다.

상고비용은 피고가 부담한다.

1. 구조세특례제한법은 제2장 제1절 등에서 중소기업에 대한 조세특례를 규정하고 있고, 그 적용대상으로 중소기업의 업종, 규모, 독립성 등 요건에 관하여 규정하고 있는 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항은 그 중 독립성 요건에 관하여 제3호에서 실질적인 독립성이 중소기업기본법 시행령 제3조 제2호의 규정에 적합할 것을 요구하고 있다. 한편 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제5항은 제1항의 규정을 적용함에 있어서 기업이 중소기업기본법 시행령 별표의 개정으로 인하여 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3과세연도까지 중소기업으로 본다고 규정하고 있다가 개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제5항으로 개정되면서 별표 부분이 별표1로 변경되었다.

한편 구 중소기업기본법 시행령 제3조 제2호은 중소기업의 소유와 경영의 실질적인 독립성 기준의 하나로 제3조 제1호 나목의 규정에 의한 법인이 발행주식 총수의 100분의 30이상을 소유하고 있는 기업이 아닐 것으로 정하고 있는데, 구 중소기업기본법 시행령 제3조 제1호 나목은 증권거래법 제2조의 규정에 의한 주권상장법인 또는 협회등록법인으로서 자산총액이 5천억원 이상인 법인이라고 규정하고 있다가 개정 중기법 시행령 제3조 제1호 나목으로 개정되면서 자산총액이 5천억 원이상인 법인으로 그 규정이 변경되었다.

2. 원심은 비상장법인인 00전자 주식회사의 100%출자로 설립된 원고가 2006. 2007사업연도 법인세를 신고하면서 구 조세특례제한법에 규정된 중소기업 조세특례의 적용을 신청하여 법인세를 감면공제 받은 사실, 그런데 00전자의 대차대조표에 표시된 자산총이 2004사업연도 말일당시 3657억 6200만 원이었다가 2005사업연도 말일 당시 5554억 7800만원으로 증가한 사실, 이에 피고는 00전자의 2005사업연도 말일 당시 대차대조표에 표시된 자산총액이 5천억 원 이상이므로 원고가 2006 사업연도부터는 개정 조세특례제한법시행령 제2조 제1항 제3호, 개정 중기법 시행령 제3조 제2호에 따른 중소기업의 독립성 요건을 갖추지 못하였다는 이유로, 중소기업 조세특례의 적용을 배제하고 2011. 2. 14. 원고에게 2006. 2007 사업연도 법인세를 경정고지하는 이 사건 법인세 부과처분을 한 사실 등을 인정하였다.

그런 다음 원심은 원고가 구 중기법 시행령이 계속 시행되었더라면 모회사인 00전자가 상장법인이 아니어서 그 자산총액이 5천억 원이상이 되더라고 중소기업에 해당할 수 있었으나, 개정 중기법 시행령이 시행됨으로써 2005 사업연도 말일의 다음날인 2006. 1. 1.부터 중소기업에 해당하지 아니하게 되었으므로, 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제5항의 중소기업기본법 시행령 별표의 개정으로 인하여 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에 해당하여 2006. 2007 사업연도에 중소기업으로 유예되었다는 이유로 이와 다른 전제에서 이루어지 이 사건 법인세 부과처분은 위법하다고 판단하였다.

앞서 본 규정과 관련 법리에 비추어 기록을 살펴보면, 원심의 위와 같은 판단은 정당하고, 거기에 상고이유 주장과 같은 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제5항 등의 해석적용에 관한 법리를 오해하는 등의 잘못이 없다.

그리고 나머지 상고이유의 주장은 원심의 부가적 판단에 대한 것으로서 원고가 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제5항에 따라 2006. 2007 사업연도에 중소기업으로 유예되었다는 원심의 판단이 정당한 이상 그 주장의 당부가 판결 결과에 영향을 미칠 수 없으므로, 이에 대하여는 따로 판단하지 아니한다.

3. 그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.