원고 교회(소송대리인 법무법인 바른법률 담당변호사 정기돈)

도봉세무서장

2005. 8. 23.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

피고가 2003. 12. 2. 소외 1 주식회사에 대한 1996년 귀속 법인세에 관하여 원고를 제2차 납세의무자로 지정하여 한 법인세 1,214,606,320원의 부과처분을 취소한다.

1. 처분의 경위

다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1호증 내지 갑 제9호증의 1, 2, 갑 제15호증의 1, 2, 갑 제19호증, 을 제1호증 내지 을 제3호증의 1, 2, 을 제9호증의 1, 2의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면 이를 인정할 수 있다.

가. 소외 1 주식회사(이하 ‘소외 회사’라 한다)는 1996. 10. 2. 원고 교회(종전 (이하 생략)에서 명칭이 변경되었다. 이하 구분하지 않고 ‘원고 교회’라 한다)에게 서울 도봉구 방학동 706-2 대 128.4㎡, 같은 동 706-4 대 2,359.7㎡, 같은 동 706-5 대 1,400.4㎡, 같은 동 706-8 대 306.1㎡ 및 위 지상 건물 759.52㎡(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)를 3,800,000,000원에 양도하였고, 그 이전인 1996. 8. 31. 폐업하였다.

피고는 소외 회사가 폐업상태에 있자 1996년 귀속 법인세의 신고납부기한이 도래하기 이전인 1997. 1. 16. 소외 회사에 대하여 1996년 귀속 법인세 709,776,806원 및 특별부가세 513,760,000원을 수시부과하였다

나. 그런데 피고는 2000. 12.경 수사기관으로부터 원고 교회의 조세포탈 혐의사실을 통보받자 원고 교회 담임목사이던 소외 2를 고발하고, 2001. 3. 2. 소회 회사가 특수관계자인 원고 교회에게 시가(피고는 개별공시지가 등 합계 4,785,575,130원을 시가로 보았다)에 미달한 금액으로 이 사건 부동산을 양도하였다는 이유로 위 양도가액과 시가의 차액인 985,575,130원 상당을 부당행위계산 부인하여 소외 회사에게 1996년 귀속 법인세 및 특별부가세 합계 775,780,300원(법인세 458,997,322원 + 특별부가세 316,782,983원 = 775,780,305원, 이하 10원 미만 절사)을 추가로 부과하는 한편, 소외 회사가 1996. 9. 30. 폐업한 후 잔여재산이 전무함에 따라 2001. 3. 15. 과점주주인 원고 교회를 제2차 납세의무자로 지정하여 원고에게 위 법인세를 부과·고지하였다(이하 ‘1차 부과처분’이라 한다).

이에 원고 교회는 피고를 상대로 위 부과처분의 취소를 구하는 소를 서울행정법원에 제기하여 2002. 8. 23. 패소판결을 받고 항소하였으나, 피고가 항소심 계속중이던 2003. 12. 1. 납세고지서 송달 하자를 이유로 소외 회사 및 원고 교회에 대한 위 각 부과처분을 취소하자, 원고 교회는 같은 달 8. 위 소를 취하하였다.

다. 그 후 피고는 위 각 부과처분을 취소한 다음날인 2003. 12. 2. 소외 회사에 대하여 법인세 및 특별부가세 합계 1,214,606,320원(법인세 715,988,940원 + 특별부가세 498,617,380원, 1차 부과처분 세액보다 늘어난 이유는 위 세액에 포함된 가산세가 증가하였기 때문이다. 이하 ‘이 사건 체납세액’이라 한다)을 부과하는 한편, 같은 날 1차 부과처분과 동일한 사유로 원고 교회를 소외 회사의 1996년 귀속 법인세의 제2차 납세의무자로 지정하여 소외 회사의 위 체납세액을 부과·고지하는 이 사건 부과처분을 하였다.

라. 원고 교회는 이에 불복하여 2004. 2. 16. 국세청장에게 심사를 청구하였으나, 같은 해 7. 30. 위 심사청구가 기각되자 이 사건 소를 제기하였다.

2. 원고 교회의 주장 및 관계법령

가. 원고 교회의 주장

원고 교회는 이 사건 부과처분은 다음과 같은 점에서 위법하므로 취소되어야 한다고 주장한다.

⑴ 원고 교회가 한 때 소외 회사의 주식 40,000주 중 35,643주를 소유하였던 적이 있으나, 1994. 12. 31.경부터 위 보유주식을 매도하여 이 사건 부동산 양수 당시 소외 회사의 주식을 소유하지 아니하였으므로 소외 회사와 특수관계에 있지 않았다.

⑵ 원고 교회가 이 사건 부동산을 매수할 당시, 인근 토지 거래가격 등을 고려하여 매수가격을 정한 것이므로 위 매수가격이 이 사건 부동산의 시가보다 저렴하다고 볼 수 없고, 이 사건 부동산 중 지상건물은 낡아 철거예정이었으므로 이 사건 부동산 시가에 포함시킬 수 없는 부분이다.

⑶ 더구나 제2차 납세의무자에 대하여 납부고지를 하려면, 주된 납세의무자에 대한 과세처분을 하여 그의 구체적인 납세의무를 확정하는 절차를 마쳐야 하는데, 피고는 소외 회사에 대하여 아무런 부과처분 없이 원고 교회를 제2차 납세의무자로 지정하여 이 사건 부과처분을 하였고, 지금에서야 소외 회사에 대하여 부과처분을 한다 하더라도 이는 부과제척기간 5년을 경과하여 위법하므로 소외 회사에게 납세의무가 있음을 전제로 한 이 사건 부과처분은 위법하다. 설령 소외 회사가 법정신고기한 내에 법인세 과세표준신고서를 제출하지 않아 7년의 부과제척기간이 적용되어 그 부과가 적법하게 된다 하더라도, 과세표준신고의무나 신고기한이 없는 원고 교회에 대하여는 부과제척기간 5년이 이미 지났다.

⑷ 나아가 피고가 1차 부과처분을 스스로 취소하고 이 사건 부과처분을 하면서, 이 사건 부과처분 세액에 다액의 미납부가산세와 미신고가산세를 포함시킨 것은 신의칙에 반한다.

나. 관련법령

별지 ‘관계법령’ 기재와 같다.

3. 이 사건 부과처분의 적법 여부

가. 특수관계자 해당 여부

⑴ 인정사실

갑 제10호증의 1 내지 30, 갑 제11호증, 갑 제16호증, 갑 제17호증의 1, 2, 4, 갑 제18호증의 4 내지 7의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면 다음과 같은 사실을 인정할 수 있고, 이에 반하는 듯한 갑 제17호증의 3, 5 내지 9, 12, 갑 제18호증의 1, 2, 8 내지 19, 21 내지 27의 각 일부 기재는 아래 인정사실에 비추어 믿지 아니한다.

㈎ 원고 교회는 1992년부터 이 사건 부동산 중 토지 위에 새로운 교회건물을 신축하기 위하여 이 사건 부동산을 취득하고자 하였으나, 당시 시가가 상당히 고액이어서 이를 직접 매수하는 방법은 포기하고 그 대신 우회적인 방법으로 당시 이 사건 부동산을 소유하고 있던 소외 회사의 주식을 인수한 후 소외 회사로부터 이 사건 부동산을 헌납받는 형식을 취하기로 하고, 그 주식을 모두 인수하였다.

㈏ 그런데 소외 회사가 1996. 9. 30. 폐업하고 부도난 상태로 자산이 전혀 없는데다가 당시 약 1,550,000,000원 상당의 법인세를 부담하고 있어, 원고 교회가 과점주주인 상태에서 이 사건 부동산을 소외 회사로부터 매수할 경우 소외 회사가 부담하고 있던 법인세와 이 사건 부동산의 양도로 인한 법인소득세를 제2차 납세의무자로서 부담하게 되는 사정을 알고, 이를 회피하기 위하여 이 사건 부동산을 취득하기 전인 1994. 12. 31.경부터 1995. 10. 12.경까지 사이에 원고 교회가 소유하고 있던 소외 회사의 주식을 소외 4 등 30인의 원고 교회 교인들에게 위장분산시켜 형식상 과점주주의 지위에서 벗어난 후 앞서 본 바와 같이 1996. 10. 2. 이 사건 부동산을 취득하였다.

㈐ 한편, 원고 교회 목사이던 소외 2는 위와 같은 주식 위장분산의 방법으로 소외 회사와 원고 교회의 법인세 및 특별부가세를 포탈하여 특정범죄 가중처벌 등에 관한 법률위반(조세) 혐의 등으로 기소되어(공소사실에는 위 혐의 외에 제3자뇌물교부, 위증, 사기, 사문서위조 등의 혐의가 포함되어 있다) 1심에서 조세포탈의 점 등에 관하여 유죄판결을 받았으나, 항소심인 서울고등법원(2002노2570 등 사건) 으로부터 2005. 7. 15. 주식의 위장분산 여부에 대한 판단없이 제2차 납세의무의 성립 및 확정에 관한 법리에 따라 납부기한 내에 세액을 모두 납부한 이상 죄가 되지 않는다는 이유 등으로 일부 무죄판결을 받았고, 이에 대한 검사의 상고로 현재 대법원 2005도5567호 로 상고심 계속중이다.

⑵ 판단

위 인정사실에 의하면, 원고 교회는 자신이 소유하던 소외 회사의 주식을 교인들 명의로 위장분산시키고 원고 교회 명의로 보유하지 않았을 뿐, 소외 회사로부터 이 사건 부동산을 취득할 당시 소외 회사의 주식 대부분을 실질적으로 소유한 과점주주의 지위에 있음을 알 수 있으므로, 소외 회사의 주식을 모두 처분하여 소외 회사와 특수관계에 있지 않았다는 원고 교회의 주장은 이유 없다.

나. 시가산정의 부당 여부

앞서 든 증거 및 갑 제12호증 내지 갑 제14호증의 각 기재에 의하면, 이 사건 부동산 중 토지의 개별공시지가 합계는 4,682,026,000원이고, 건물의 과세시가표준액 합계는 103,549,130원으로 이 사건 부동산의 개별공시지가 등 합계는 4,785,575,130원인 사실, 원고 교회가 1995. 3. 23.경 은행에 담보목적으로 제출하기 위하여 한국감정원에 이 사건 부동산 중 서울 도봉구 방학동 706-2 대 128.4㎡를 제외한 나머지 부동산에 대하여 시가감정을 의뢰한 적이 있는데, 위 의뢰일 기준으로 감정가액이 5,376,056,400원이었던 사실 및 원고 교회는 이 사건 부동산의 매수 시점보다 약 1년 6개월 정도 이전인 1995. 4. 7. 대경화학공업 주식회사로부터 서울 도봉구 방학동 706-3 대 340.5㎡를 300,000,000원에 매수한 사실을 인정할 수 있고 반증이 없다.

살피건대, 구 법인세법 시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 전문개정되기 전의 것) 제46조 제2항 제4호 소정의 '시가'라 함은 원칙적으로 일반적이고 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적인 교환가격을 의미하는 것으로 객관적 교환가치를 적정하게 반영하였다고 인정되는 거래의 실례가 있거나 또는 그러한 실례가 없더라도 당해 거래가 일반적이고 정상적인 방법으로 이루어져 당시의 객관적 교환가치를 적정하게 반영하고 있다고 볼 수 있는 경우에는 그 가격을 시가로 보아야 할 것이나, 시가가 불분명한 경우에는 구 법인세법 시행규칙(1999. 5. 24. 재정경제부령 제86호로 전문개정되기 전의 것) 16조의2 에 의하여 지가공시 및 토지등의 평가에 관한 법률(이하 ‘지가공시법’이라 한다)에 의한 감정평가법인이 감정한 가액에 의하고, 감정한 가액이 없는 경우에는 구 상속세법 시행령(1996. 12. 31. 대통령령 제15193호로 전면개정되기 전의 것) 제5조 제2항 내지 제6항 의 규정을 준용하여 평가한 가액 즉 지가공시법에 의한 개별공시지가와 과세시가표준액를 시가로 보아야 할 것인바, 원고 교회의 주장과 같은 사정을 감안하더라도 지가공시법에 의한 감정평가법인이 감정을 실시한 바가 없는 이 사건에서, 앞서 본 바와 같이 원고 교회가 이 사건 부동산을 매수하려 하였으나 너무 고가이어서 우회적인 방법으로 이 사건 부동산 취득하게 된 경위, 인근 토지의 매수시기, 이 사건 부동산의 개별공시지가 등과 양수가격의 차이 및 관계법령의 규정 등을 모두 고려하면, 이 사건 부동산의 시가는 원고 교회가 양수한 가액인 3,800,000,000원으로 볼 수는 없고, 개별공시지가 등 합계 4,785,575,130원으로 보아야 할 것이므로 이와 다른 취지의 원고 교회의 주장은 이유 없다.

다. 제척기간 도과 여부

⑴ 소외 회사에 대한 제척기간의 도과 여부

국세기본법 제26조의2 제1항 제2호 및 제3호 에서, 일반적인 국세부과 제척기간을 5년으로 규정한 반면, 납세자가 법정신고기한 내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 제척기간을 7년으로 규정하고 있는바, 피고가 소외 회사에 대하여 1996년 귀속 법인세 및 특별부과세를 부과한 날인 2003. 12. 2.은 소외 회사에 대하여 위 국세를 부과할 수 있는 날인 1997. 4. 1.( 국세기본법 제26조의2 제4항 , 국세기본법 시행령 제12조의3 제1항 제1호 , 구 법인세법 제26조 제1항 , 제3항 )로부터 5년은 경과하였으나 7년은 경과하지 아니하였음이 역수상 명백하므로, 결국 이 부분 쟁점은 소외 회사가 1996년 귀속 법인세 등에 관한 과세표준신고서를 적법하게 제출하였는지 여부라 할 것이다.

그러므로 살피건대, 갑 제2호증, 갑 제15호증의2의 각 기재 및 증인 소외 3의 증언에 의하면, 피고가 2001. 3. 2. 소외 회사에 대한 법인세 등을 부과할 당시 무신고가산세를 산출하지 아니한 사실 및 원고 교회가 2001. 3. 15.자 부과처분에 관하여 심판을 청구하자, 국세심판원이 심판결정서 5면 첫머리에 ‘소외 회사가 원고 교회에 이 사건 부동산을 3,800,000,000원에 양도하고 이를 처분청에 신고한 사실이 법인세 신고서에 의하여 확인된다’는 취지의 기재를 한 사실 및 소외 회사의 대표이던 소외 3은 이 법정에서 ‘피고가 1997. 1.경 수시부과한 사실을 알지 못한 채 1997. 3.경 전년도 과세신고자료를 기초로 여직원과 함께 1996년 귀속 법인세 및 특별부가세에 관한 과세표준 신고서류를 작성하여 피고에게 제출하였다’는 취지로 증언한 사실이 인정되기는 한다.

그러나 갑 제2호증, 을 제1호증, 을 제9호증의 1, 2의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면, 피고는 1996. 9. 30.경 소외 회사의 1991년도부터 1995년도까지의 법인세 등 탈루혐의에 대한 세무조사를 마치고 조사 종결하였다가 이 사건 부동산의 양도사실이 드러나자 다시 추가조사를 실시하였고, 소외 회사가 이미 폐업상태에 있음을 확인하여 1996 사업연도에 대한 과세표준 신고기한이 도래하기 이전인 1997. 1. 16. 소외 회사에 대하여 1996년 귀속 법인세 709,776,806원(과세표준 2,577,774,308원) 및 특별부가세 513,760,000원(과세표준 2,568,800,000원)을 추계로 결정하여 수시부과하였으나 소외 회사는 이미 폐업상태에 들어가 이를 납부하지 아니한 사실, 그런데 피고가 앞서 본 바와 같이 2001. 3. 2. 소외 회사의 부당행위계산을 부인하여 1996 사업연도에 대한 법인세 및 특별부가세를 추가로 부과할 당시 ‘당초 법인세 과세표준 및 세액’을 위 최초로 수시부과된 금액과 같은 2,577,774,308원 및 709,776,806원으로, ‘당초 특별부가세 과세표준 및 세액’을 위 최초로 수시부과된 금액과 같은 2,568,800,000원 및 513,760,000원으로 놓고 과세표준과 세액을 다시 산출하여 소외 회사 및 원고 교회에게 부과처분을 한 사실, 그런데 만일 소외 회사가 위 최초 수시부과일 이후 정해진 신고기간 이내에 1996 사업연도 법인세 및 특별부가세를 신고하였으면, 그 신고된 과세표준과 세액이 수시부과된 과세표준과 세액과 일치하지 않는 한 피고로서는 증액이든 감액이든 세액조정을 거쳐 경정결정을 하였을 것인데, 피고는 아무런 세액조정을 거치지 아니한 채 위 수시부과처분을 당초처분으로 보고 2001. 3. 2. 위와 같이 경정결정을 한 사실, 한편 피고는 2003. 12. 2. 소외 회사에 대하여 법인세 등을 부과할 당시 위 2001. 3. 2. 부과처분시 무신고가산세를 착오로 부과하지 아니하였던 부분을 바로 잡아 해당 무신고가산세를 함께 부과한 사실이 인정된다.

이러한 사실관계에 소외 회사의 대표이사이던 소외 3이 이 법정에서 스스로 1997. 1.경의 수시부과사실 자체를 모른 상태에서 과세표준신고서를 제출하였다고 증언하고 있는 사정을 종합하면, 소외 3이 아무것도 모르는 상태에서 작성·신고하였다는 소외 회사의 1996년 귀속 법인세 및 특별부가세 과세표준신고서의 내용이 그전에 수시부과된 과세내역과 우연히 일치하였다기보다 이미 소외 회사를 폐업하고 사업을 종결한 소외 3이 위 과세연도에 대한 소외 회사의 법인세 및 특별부가세를 신고하지 않았다고 보는 것이 경험칙에 부합한다고 할 것이다. 한편 무신고가산세의 누락 부분이나 국세심판원의 결정문의 기재는 당시 과세실무에서 수시부과처분이 있는 경우 납세의무자에게 여전히 과세표준 신고의무가 있는지 여부에 관하여 상급기관에 질의를 할 정도로 관행이 확립되지 아니하여 담당 공무원이 착오를 일으켰거나 혹은 이 부분이 주요 쟁점이 아닌 관계로 일상적인 업무처리 과정이나 결정문의 기재과정에서 착오를 일으킨 것으로 보이고, 믿기 어려운 소외 3의 증언 이외에는 달리 소외 회사가 1996년 귀속 법인세 및 특별부가세 과세표준을 신고하였다는 점을 인정할 증거가 없으므로, 소외 회사에 대한 1996년 귀속 법인세 및 특별부가세 부과 제척기간은 7년이라 할 것인바, 피고가 소외 회사에 대하여 부과할 수 있는 날인 1997. 4. 1.부터 실제 부과한 날인 2003. 12. 2.은 제척기간 7년을 도과하지 않았음이 역수상 명백하므로 이와 다른 취지의 원고 교회의 주장은 이유 없다.

⑵ 원고 교회에 대한 제척기간의 도과 여부

제2차 납세의무는 조세징수의 확보를 위하여 원래의 납세의무자의 재산에 대하여 체납처분을 하여도 징수하여야 할 조세에 부족이 있다고 인정되는 경우에 그 원래의 납세의무자와 특수관계에 있는 제3자에 대하여 원래의 납세의무자로부터 징수할 수 없는 액을 한도로 하여 보충적으로 납세의무를 부담케 하는 제도로서, 형식적으로 제3자에 귀속되어 있는 경우라고 하더라도 실질적으로는 원래의 납세의무자에게 그 재산이 귀속되어 있는 것으로 보아도 공평을 잃지 않는 경우 등 형식적 권리의 귀속을 부인하여 사법질서를 어지럽히는 것을 피하면서 그 권리귀속자에게 보충적으로 납세의무를 부담케 하여 징수절차의 합리화를 아울러 도모하려는 제도로서( 대법원 1982. 12. 14. 선고 82누192 판결 등) 제2차 납세의무의 납부고지는 단지 그 의무의 발생을 알리는 징수를 위한 처분에 지나지 아니한다고 할 것이므로 이에 대하여는 제척기간의 적용이 없다고 할 것이고, 설령 제2차 납세의무에 대하여 부과제척기간의 적용이 있다 하더라도 이러한 제2차 납세의무는 주된 납세의무의 체납 등 그 요건에 해당하는 사실의 발생에 의하여 추상적으로 성립하고 납부통지서에 의하여 고지됨으로써 구체적으로 확정된다고 할 것이므로( 대법원 1995. 9. 15. 선고 95누6632 판결 ), 납세의무가 구체적으로 확정되기 전부터 주된 납세의무자와 같은 시기에 제2차 납세의무의 부과 제척기간이 개시된다고 볼 수는 없다.

따라서 소외 회사에 부과할 수 있는 날부터 원고 교회에 대한 제2차 납세의무 부과 제척기간도 함께 개시되어 이 사건 부과처분 당시 신고의무가 없는 원고 교회의 경우 5년의 제척기간이 도과하였다는 취지의 원고 교회 주장은 이유 없다.

라. 가산세 부과의 신의칙 위반 여부

세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상 제재로서 납세자의 고의 과실은 고려되지 않는다고 할 것이고, 납세의무자가 해당 부과처분에 대한 취소소송을 제기하였다거나 이 사건처럼 피고가 원고의 부과처분 취소소송 중에 절차위반을 이유로 선행 부과처분을 취소하고, 다시 부과처분을 하였다 하여 납세의무자인 원고 교회의 납부의무의 이행을 기대할 수 없다거나 그 납부의무를 이행하지 아니한 것이 정당하다고 볼 수 없고, 원고 교회의 주장과 같은 사정만으로 이 사건 부과처분 중 가산세 부분이 신의칙에 위반된다고 볼 수도 없으므로 원고 교회의 이 부분 주장도 이유 없다.

마. 소결

따라서 원고 교회를 소외 회사의 특수관계자로 보아 이 사건 부동산에 대한 양도가액 중 개별공시지가 등을 초과하는 부분을 부당행위계산부인하여 소외 회사의 체납세액 상당에 관하여 원고 교회에게 제2차 납세의무를 부과한 이 사건 부과처분에 원고 교회의 주장과 같은 위법이 있다고 할 수 없다.

4. 결론

그렇다면, 이 사건 부과처분이 위법함을 전제로 그 취소를 구하는 원고 교회의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.