1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2012. 10. 29. 설립된 비영리 의료법인으로서 의료기관의 설치ㆍ운영, 지역영세민 구료 및 무의촌 순회진료, 보건의료에 관한 연구개발, 기타 목적달성에 필요한 부대사업 등을 목적사업으로 영위하고 있다.

원고는 포항시 북구 B에서 C요양병원(이하 ‘C병원’이라고 한다)을 설치ㆍ운영하고 있다.

나. 원고는 2012. 9. 26. D로부터 ① 포항시 북구 E(이하 지번으로만 표시한다) B 대지 8,617㎡, ② B 지상 건물 5,818,01㎡, ③ F 하천 2,400㎡, ④ G 하천 17,182㎡, ⑤ H 하천 660㎡를 출연받아 이를 취득하였다.

다. 원고는 2012. 11. 1. 피고에게 위 각 토지에 대한 취득세를 신고하면서 위 ① 내지 ⑤의 토지 및 건물은 구 지방세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11618호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제38조 제1항에서 정한 ‘의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산’에 해당한다는 이유로 감면신청을 하였다.

원고의 취득세 신고 및 감면신청 내역은 아래 [표 1]과 같다.

과세물건 과세표준 취득세(원) 지방교육세(원) 농어촌특별세(원) 산출세액 감면세액 산출세액 감면세액 ① B(대지) 1,120,210,000 389,260,810 389,260,810 0 77,852,160 77,852,160 ② B(건물) 6,481,290,300 ③ F(하천) 240,000,000 ④ G(하천) 1,890,020,000 ⑤ H(하천) 72,600,000 2,904,000 2,904,000 0 580,800 580,800 소계 9,804,120,300 392,164,810 392,164,810 0 78,432,960 78,432,960 합계 0 [표1] 원고의 취득세 감면신청 내역

라. 그 이후에 2016. 1. 11. G 하천 17,182㎡는 G 하천 13,443㎡, I 대지 430㎡, J 하천 6㎡, K 하천 3,211㎡, L 대지 92㎡ 토지로 분할되었다.

마. 원고는 C병원의 부지로 사용하고 있는 B 대지와 연접한 나머지 F, G, H, I, J, K 각 토지(총 면적 20,150㎡, 이하 ‘이 사건 각 토지’라고 한다)를 야외행사장,...