1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 재단법인 B 총회 산하 교회로서 담임목사인 C으로부터 2004. 6. 11. 서울 강남구 D 제3층(이하 이 사건 부동산이라 한다)을 증여받아 보유하다가 2011. 5. 30. E에게 양도하였는데 양도소득세를 신고하지 않았다.

나. 피고는 국세기본법상 개인으로 보는 종교단체가 부동산을 양도하는 경우 양도소득세 과세대상이 된다고 보고 2014. 1. 13. 원고에게 2011년 귀속 양도소득세 61,385,800원을 결정ㆍ고지하는 이 사건 처분을 하였다.

다. 원고는 이에 불복하여 2014. 8. 18. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2014. 11. 24. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 을 제1호증의 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 원고가 1994. 12. 16.경 사업자 등록을 할 당시부터 비영리법인으로 활동하였고 2012.경까지 피고로부터 세제상 혜택에 관한 아무런 설명을 듣지 못하여서 ‘법인으로 보는 단체’의 승인을 받지 않았을 뿐 실질은 법인으로 보는 단체였고, 한편 원고는 2014. 2. 14. ‘법인으로 보는 단체’의 승인을 받았으므로 2011. 5. 30. 양도한 이 사건 부동산의 양도이익을 법인의 손익에 산입할 수 있다고 하여야 한다.

따라서 원고는 ‘법인으로 보는 단체’로서 이 사건 부동산을 양도한 것으로 양도소득세 납세의무가 없고, 비영리내국법인이므로 법인세 납세의무도 없다.

나. 관계 법령 별지 기재와 같다.

다. 판 단 국세기본법 제13조 제2항은 제1항에 따라 법인으로 보는 사단, 재단, 그 밖의 단체 외의 법인격이 없는 단체 중 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 것으로서 대표자나 관리인이 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 것도 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다.

이 경우 해당 사단, 재단, 그 밖의 단체의...