1. 피고가 2013. 11. 11. 원고에게 한 2008년 2기 부가가치세 24,082,510원, 2009년 1기 부가가치세 22,029...

처분의 경위

원고의 부가가치세 신고 원고는 운수서비스, 예인선업 등을 영위하는 회사로, 국내사업장이 없는 외국선사에 대한 해운중개업을 영위하는 업체(이하 ‘총괄대리점’이라 한다)의 위탁을 받아 외국항행선박에 입ㆍ출항 관련 용역(이하 ‘이 사건 용역’이라 한다)을 제공하고 그에 대한 수수료를 총괄대리점으로부터 받아 왔다.

원고는 이 사건 용역의 공급이 구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 부가가치세법’이라 한다) 제11조 제1항 제4호, 구 부가가치세법 시행령(2013. 6. 28. 대통령령 제24638호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 부가가치세법 시행령‘이라 한다) 제26조 제1항 제3호에서 정한 외국항행선박에 공급하는 용역에 해당한다고 보고 위 규정에 따른 영세율을 적용하여 부가가치세를 신고해 왔다.

원고의 법인세 신고 원고는 예인업무에 사용할 265ton급 선박 대동9호(이하 ‘이 사건 선박’이라 한다)를 건조하기로 하고 2007. 1. 26. 일본국 회사인 니가타파워시스템 주식회사(이하 ‘니가타파워시스템’이라 한다)와 사이에 이 사건 선박에 사용할 엔진(이하 ‘이 사건 엔진’이라 한다)을 대금 일본국 통화 3,500만 엔에 공급받기로 하는 내용의 계약을 체결하고(이하 ‘이 사건 계약‘이라 한다), 2007. 2. 23. 니가타파워시스템에 계약금으로 1,350만 엔을 지급하였다.

원고는 2009 사업연도에 이 사건 엔진의 구매비용 및 이 사건 선박의 건조비용으로 총 3,946,726,320원을 지출하였다.

원고는 이 사건 선박에 대한 투자가 2009 사업연도에 최초 개시되었다고 보고 구 조세특례제한법(2010. 12. 27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조세특례제한법’이라 한다) 제26조 제1항 제2호를...