1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2001. 11. 16. 항공기 및 항공기 관련 부품 제조업 등을 목적으로 설립된 법인이다.

나. 원고는 2004. 1. 2. 원고의 본사를 ‘서울 송파구 B, 2층에서 서울 송파구 C건물, D호’로 이전하였고, 2004. 4. 1. ‘서울 서초구 E빌딩 3층’(이하 ‘E사업장’이라 한다)으로 이전하였고, 2006. 3. 15. ‘성남시 중원구 F 아파트형공장 G호’(이하 ‘성남사업장’이라 한다)로 이전하였다가, 2007. 6. 4. ‘사천시 H’(이하 ‘사천사업장’이라 한다)로 이전하였다.

다. 원고는 원고가 E 및 성남사업장에서 3년 동안 공장시설을 갖추고 항공기 부품 제조업을 영위하다가 사천사업장으로 공장시설을 이전하였으므로, 이는 구 조세특례제한법(2007. 12. 31. 법률 제8827호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제63조의2 소정의 ‘수도권과밀억제권역에 3년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 영위하던 법인이 공장시설의 전부를 수도권 밖으로 이전하여 사업을 개시한 경우’에 해당한다고 보아 피고로부터 2008 사업연도 내지 2011 사업연도 귀속 법인세 전액을, 2012 사업연도 및 2013 사업연도 귀속 법인세 100분의 50을 감면받았다. 라.

부산지방국세청장은 2016. 3.경 원고에 대한 조사를 실시한 후 ① 원고가 E 및 성남사업장에서 공장시설을 갖추고 사업을 영위한 것으로 볼 수 없고, ② 설령 공장시설을 갖추었다고 하더라도 수도권과밀억제권역 안에서 3년 이상 영위하였던 업종(장난감 제조업)은 폐업하고, 수도권 밖에서 사실상 창업하면서 그 전에 1년간 영위한 업종(항공기 부품 제조업)만 계속 영위하고 있다고 보아, 피고에게 구 조세특례제한법 제63조의 2 ‘공장의 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 등 감면 규정’을 배제할 것을 통보하였다....