1. 제1심판결 중 아래에서 취소를 명하는 부분에 해당하는 원고 패소 부분을 취소한다. 가....

1. 처분의 경위

가. 원고는 2001. 11. 16. 항공기 및 항공기 관련 부품 제조업 등을 영위할 목적으로 설립된 법인으로 설립 이후 본점을 아래와 같이 이전하였다.

순번 이전일자 본점 주소지 비고 1 서울 송파구 M빌딩 설립 당시 본점 2 2002. 10. 24. 서울 송파구 B, 2층 3 2004. 1. 2. 서울 송파구 C건물 D호 4 2004. 3. 31. 서울 서초구 E빌딩 3층 이하 ‘E사업장’이라 한다.

5 2006. 3. 15. 성남시 중원구 F 공장 G호 이하 ‘성남사업장’이라 한다

6 2007. 6. 4. 사천시 H 이하 ‘사천사업장’이라 한다

나. 원고는 E 및 성남사업장에서 사천사업장으로 공장시설을 이전함으로써 구 조세특례제한법(2007. 12. 31. 법률 제8827호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조세특례제한법’이라 한다) 제63조의2 소정의 ‘수도권 과밀억제권역 안에 3년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 영위하던 법인이 공장시설의 전부를 수도권 밖으로 이전하여 사업을 개시한 경우’에 해당한다고 인정받아 피고로부터 2008 내지 2011 사업연도 귀속 법인세 전액을, 2012, 2013 사업연도 귀속 법인세의 100분의 50을 감면받았다.

다. 부산지방국세청장은 2016. 3.경 원고에 대한 조사를 실시한 후 ① 원고가 E 및 성남사업장에서 공장시설을 갖추고 사업을 영위한 것으로 볼 수 없고, ② 설령 공장시설을 갖추었다고 하더라도 수도권 과밀억제권역 안에서 3년 이상 영위하였던 업종(장난감 제조업)은 폐업하고, 수도권 밖에서 사실상 창업하면서 그 전에 1년간 영위한 업종(항공기 부품 제조업)만 계속 영위하고 있다고 보아, 피고에게 구 조세특례제한법 제63조의2 소정의 법인세 감면 규정의 적용을 배제할 것을 통보하였다. 라.

피고는 2016. 3. 16. 및 2016. 5. 3. 원고에게 아래 표 기재와 같이 2010 내지 2013...