1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고, B, C, D, 주식회사 종근당 및 E은 성체줄기세포사업을 영위하는 비상장회사인 주식회사 F(이하 ‘F’이라 한다)의 주주들로서 2006. 12. 12. 코스닥 상장회사인 주식회사 G(이하 ‘G’이라 한다)과 사이에 F이 발행한 주식 3,251,652주(전체 발행주식의 100%, 그 중 원고가 보유하고 있던 주식은 664,399주이다. 이하 원고가 양도한 F의 주식을 ‘이 사건 주식’이라 한다)를 합계 35,004,033,780원(주당 10,765원, 그 중 원고의 양도대금은 7,152,255,235원)에 양도하기로 하는 주식 및 경영권양수도계약(갑 제11호증, 을 제2호증과 동일)을 체결하였다.

나. H은 교육용로봇사업을 영위하는 비상장회사인 주식회사 I(이하 ‘I’라 한다)의 주주(이하 H과 원고를 비롯한 F의 주주들을 통틀어 ‘원고 등’이라 한다)로서 2006. 12. 12. G과 사이에 I가 발행한 주식 56,400주(전체 발행주식의 60%)를 15,002,400,000원(주당 266,000원)에 양도하기로 하는 주식 및 경영권양수도계약(갑 제12호증, 이하 F의 주식에 관한 위 양수도계약과 통틀어 ‘이 사건 양수도계약’이라 한다)을 체결하였다.

다. 원고는 2008. 6. 2. 이 사건 주식의 양도가액에 따른 양도소득세 606,551,285원을 신고납부하였다. 라.

중부지방국세청장은 G에 대한 세무조사를 실시하여 구 상속세 및 증여세법(2007. 12. 31. 법률 제8828호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 상증세법’이라 한다)이 정한 보충적 평가방법에 의하면 F의 주식가치는 주당 1,091원, I의 주식가치는 주당 4,328원에 불과함에도 특수관계에 있지 않은 G이 정당한 사유 없이 이를 고가로 매수하였다고 보아 관련 과세자료를 각 과세관청에 통보하였다.

마. 이에 따라 피고는 원고에 대하여 구 상증세법 제35조, 구 상증세법 시행령 2008. 2. 22....