1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 주식회사 A(이하 ‘A’이라 한다)은 각종 의류제조 및 판매업 등을 영위하던 회사이고, 원고는 A이 재정악화로 인하여 2013. 2. 19. 부산지방법원으로부터 파산선고를 받음에 따라 위 회사의 파산관재인으로 선임된 자이다.

나. A은 2009. 7. 8. A의 대표이사인 C의 아들로서 특수관계자에 해당하는 D에게 자신이 보유하고 있던 비상장회사인 주식회사 E(이하 ‘E’이라 한다) 주식 20만주(이하 ‘이 사건 주식’이라 한다)를 구 상속세 및 증여세법(2010. 1. 1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 상증세법’이라 한다)에 따른 비상장주식 평가(평가기준일 2009. 6. 30.)를 거쳐 1주당 1,807원, 합계 361,400,000원에 양도하였다.

다. A은 이 사건 주식을 D에게 361,400,000원에 양도함에 있어, E이 보유하고 있던 비상장회사인 주식회사 F(이하 ‘F’이라 한다) 주식 총 52,009주에 대하여 평가기준일(2009. 6. 30.) 현재 F의 재무상태가 사실상 자본잠식[즉 1주당 순자산가액 및 1주당 순손익액 모두 부(-)의 금액으로 판단] 상태에 있다는 이유로 F의 1주당 평가액을 0원으로 평가하였다.

한편, 위 F 주식에 대한 회계장부상 가액은 13억 원으로 되어 있었다. 라.

피고는 A이 D에게 이 사건 주식을 저가로 양도한 데에 관하여 세무조사를 실시한 결과, F의 순자산가액 평가액(0원)이 장부가액(13억 원)보다 적음을 확인하고 2012. 12. 10. A에 대하여 구 상증세법 제55조 제1항에 따라 F 주식의 가치를 장부가액인 13억 원으로 하여 이 사건 주식의 시가를 구 상증세법 상 보충적 평가방법에 따라 1,011,400,000원(1주당 5,057원)으로 계산한 다음, 법인세법 상 부당행위계산 부인규정을 적용하여 위 시가와 실제 양도대금의 차액인 650,000,000원 = 1,011,400,000원 - 361,400...