1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 소프트웨어 개발 및 판매업을 목적으로 2012. 10. 11. 설립된 회사이다.

나. 원고는 2012 사업연도 법인세 신고 당시 조세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제6조 제2항의 창업벤처중소기업 세액감면 규정과 같은 법 제10조 제1항의 연구ㆍ인력개발비 세액공제 규정을 각 적용하여 법인세를 신고하였다.

이후 서울지방국세청장은 2014. 7. 1. 원고에게 중소기업기준을 초과하였으므로 중소기업 관련 세액공제를 적용할 수 없음에도 중소기업 관련 세액공제를 적용하여 법인세를 신고하였으므로 이를 검토한 후 과다 공제한 것으로 확인될 경우에는 수정신고를 하도록 안내하였다.

다. 원고는 2014. 7. 10. 피고에게 창업벤처중소기업 세액감면 및 연구ㆍ인력개발비 세액공제 규정을 적용하지 않은 금액으로 2012 사업연도 법인세를 수정신고하였고, 1,999,852,230원을 추가로 납부하였다.

이후 원고는 2014. 9. 1. 피고에게 2012 사업연도 법인세 중 1,999,852,230원을 과다하게 납부하였다고 주장하며 감액경정청구를 하였으나, 피고는 2014. 10. 31. 위 감액경정청구에 대한 거부처분(이하 ‘이 사건 거부처분’이라 한다)을 하였다.

이에 원고는 2015. 1. 27. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2015. 4. 16. 기각 결정을 받았다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 4, 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 거부처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 1) 창업벤처중소기업 세액감면에 관하여 조세특례제한법 제6조 제2항, 조세특례제한법 시행령(2012. 12. 28. 대통령령 제24271호로 개정되기 전의 것, 이하 같다

제5조 제4항 제1호에 의하면 '벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조의2의 요건을 갖춘 중소기업이...