1. 피고가 2011. 7. 27. 원고에 대하여 한 2009년 과세연도 법인세 162,528,620원의 부과처분을...

1. 처분의 경위

가. 원고는 계면활성제 등의 제조업을 영위하는 법인으로, 비상장법인인 죽본유지 주식회사(이하 ‘죽본유지’라 한다)가 발생주식 총수의 100분의 40을 소유하고 있다.

나. 원고는 2009년 사업연도(2008. 10. 1. ~ 2009. 9. 30.) 법인세 신고 시 조세특례제한법상 중소기업에 대한 특별세액 감면과 연구인력개발비에 대한 세액공제를 신청하여 법인세를 감면공제받았다.

다. 피고는, 직전 사업연도인 2008년 사업연도(2007. 10. 1. ~ 2008. 9. 30.) 말일을 기준으로 자산총액 5,000억 원 이상인 죽본유지가 원고 발생주식 총수의 100분의 30 이상을 소유하고 있어 원고는 2009년 사업연도에 중소기업 특별세액 감면 및 연구인력개발비 세액공제 대상인 중소기업에 해당하지 않는다는 이유로 조세특례제한법상 중소기업 관련 세액 감면 및 공제 규정의 적용을 배제하고 2011. 7. 27. 원고에 대하여 2009년 귀속 법인세 162,528,620원(가산세 23,627,140원 포함)을 부과하였다

(이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다). 라.

원고는 이에 불복하여 2011. 9. 20. 감사원에 심사청구를 하였으나 2013. 4. 11. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증(가지번호가 있는 것은 가지번호 포함), 을 제1 내지 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장

가. 조세특례제한법 시행령에 따른 유예기간 적용 구 조세특례제한법 시행령(2006. 2. 9. 대통령령 제19329호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조세특례제한법 시행령’이라고만 한다) 제2조 제5항에 따라 기업이 중소기업기본법 시행령 별표의 개정으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 그 사유가 발생한 사업연도와 그 다음 3개 사업연도까지 중소기업 관련 조세특례가 적용된다.

2005년 사업연도 기준...